發(fā)布時間：2017-08-27 13:10

  本文關(guān)鍵詞：PTPN11基因3’UTR短串聯(lián)重復(fù)序列與肝細(xì)胞肝癌易感性關(guān)聯(lián)研究及初步功能分析

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【摘要】：目的:研究PTPN11(protein tyrosine phosphatase,non-receptor type 11)基因3'非翻譯區(qū)(3'untranslated regions,3'UTR)的一個三核苷酸重復(fù)序列多態(tài)(rs199618935)與中國人群肝細(xì)胞肝癌(HCC)易感性的關(guān)聯(lián),并利用基因型-表型關(guān)聯(lián)研究及生物信息學(xué)方法探討該多態(tài)參與肝細(xì)胞肝癌發(fā)生的功能及意義。方法:(1)運(yùn)用生物信息學(xué)工具篩選出PTPN11基因3'非翻譯區(qū)內(nèi)的多態(tài),并從中選取一個具有潛在功能的短串聯(lián)重復(fù)序列(STR)多態(tài)基因座(rs199618935)作為候選多態(tài);(2)采用病例對照研究方法(705HCC病例和723正常對照),PCR擴(kuò)增結(jié)合非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳技術(shù)對候選多態(tài)(rs199618935)進(jìn)行基因分型,Logistic回歸統(tǒng)計分析基因多態(tài)位點(diǎn)與HCC的關(guān)聯(lián)性;(3)運(yùn)用Realtime PCR研究肝細(xì)胞肝癌組織、癌旁組織和肝癌細(xì)胞系(HepG2,Huh-7,Hep3B)中rs199618935多態(tài)與PTPN11表達(dá)量的基因型-表型關(guān)聯(lián);(4)構(gòu)建含有12、14、15等位基因的報告載體,導(dǎo)入四種肝癌細(xì)胞系(HepG2,Huh-7,Hep3B和sk-Hep-1),通過雙熒光素酶報告基因檢測,進(jìn)一步探討基因型與表型關(guān)聯(lián);(5)運(yùn)用生物信息學(xué)的方法預(yù)測rs199618935多態(tài)對PTPN11mRNA空間構(gòu)象的影響。結(jié)果:(1)基因分型結(jié)果顯示,位于PTPN11基因3'非翻譯區(qū)的rs199618935位點(diǎn)具有較好的多態(tài)性,病例組和對照組中rs199618935位點(diǎn)的等位基因頻率分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。(2)調(diào)整性別、年齡、吸煙、飲酒、HBV感染等主要風(fēng)險因素后,運(yùn)用Logistic回歸分析的方法對實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計分析,統(tǒng)計結(jié)果顯示:個體帶等位基因13/14或帶等位基因15/16的基因型相對于帶等位基因11/12的基因型患HCC風(fēng)險性明顯降低(OR=0.72,95%CI:0.59-0.88,P=0.00101;OR=0.51,95%CI:0.37-0.69,P0.0001);等位基因水平分析顯示,與等位基因11/12相比,攜帶等位基因13/14或攜帶等位基因15/16的個體患HCC風(fēng)險性明顯降低(OR=0.63,95%CI:0.53-0.76,P0.0001;OR=0.46,95%CI:0.34-0.62,P0.0001)�；贖BV感染情況分層分析,結(jié)果顯示HBV感染情況并不影響rs199618935多態(tài)與HCC易感性的陽性關(guān)聯(lián)。(3)Real-time RT-PCR結(jié)果顯示,癌旁組織中PTPN11 mRNA的表達(dá)量比肝癌組織高2.39倍。rs199618935位點(diǎn)基因型與其mRNA表達(dá)有關(guān)聯(lián),與12-12基因型組相比,14-14/14-15基因型組在肝癌組織和癌旁組織中的PTPN11 mRNA表達(dá)水平分別增高2.36倍和2.02倍。在三種肝癌細(xì)胞系(HepG2,Huh-7,Hep3B)中,與帶有一個等位基因12的基因型為12-15的HepG2細(xì)胞系相比,具有14-14基因型的Huh-7和Hep3B細(xì)胞系中PTPN11的mRNA表達(dá)水平顯著增加。(4)雙熒光素酶報告基因檢測結(jié)果顯示,在四種肝癌細(xì)胞系(HepG2,Huh-7,Hep3B和sk-Hep-1)中,含有長等位基因(14、15)報告質(zhì)粒的熒光強(qiáng)度均顯著高于含有短等位基因(12)報告質(zhì)粒的熒光強(qiáng)度。(5)生物信息學(xué)預(yù)測結(jié)果提示,rs199618935多態(tài)可能導(dǎo)致PTPN11 mRNA空間構(gòu)象發(fā)生變化,從而影響PTPN11的表達(dá)。結(jié)論:(1)中國人群中rs199618935多態(tài)與肝細(xì)胞肝癌易感性存在顯著關(guān)聯(lián);(2)HCC組織及癌旁組織中rs199618935多態(tài)與PTPN11表達(dá)量之間存在顯著的基因型-表型關(guān)聯(lián);(3)rs199618935多態(tài)可能通過影響PTPN11的空間構(gòu)象,從而調(diào)控PTPN11的表達(dá),進(jìn)而參與HCC發(fā)生。
【關(guān)鍵詞】：PTPN11基因 3'非翻譯區(qū) rs199618935 短串聯(lián)重復(fù)序列 肝細(xì)胞肝癌
【學(xué)位授予單位】：蘇州大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號】：R735.7
【目錄】：

• 摘要4-6
• Abstract6-9
• 引言9-11
• 材料與方法11-22
• 結(jié)果22-31
• 討論31-33
• 結(jié)論33-34
• 論文創(chuàng)新點(diǎn)34-35
• 問題與展望35-36
• 參考文獻(xiàn)36-40
• 綜述40-59
• 參考文獻(xiàn)48-59
• 附錄59-69
• 縮略詞表69-70
• 攻讀碩士學(xué)位期間發(fā)表論文70-71
• 致謝71-72

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本文編號：745604