目的:胃癌(Gastric cancer,GC)是全球第四大最常見的惡性腫瘤,是導(dǎo)致癌癥相關(guān)死亡的第二大原因。據(jù)統(tǒng)計(jì),2018年超100萬例新增胃癌病例,死亡78.3萬人。手術(shù)聯(lián)合放化療仍是胃癌的首選治療手段,D2淋巴結(jié)清掃加胃切除已成為標(biāo)準(zhǔn)治療方法。且近年來,胃鏡檢查的普及有效地提高了胃癌的早期診斷率和長期生存率,但胃癌預(yù)后仍不理想,尤其是腹膜轉(zhuǎn)移患者,其積極治療后的中位總生存期僅為15.6個(gè)月。此外,在臨床中,盡管無遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移(M0期)的胃癌患者預(yù)后較好,但即使在相同的TNM期患者,生存異質(zhì)性也較大。且由于消化道腫瘤的高侵襲性,大多數(shù)患者在晚期才被診斷出來,失去了治愈性切除的機(jī)會。因此,我們迫切需要更好地了解胃癌發(fā)生發(fā)展的機(jī)制,探尋有效的治療靶點(diǎn)。方法:1.首先從GEO數(shù)據(jù)庫中選取GSE79973芯片,探究其中胃癌差異基因表達(dá)。GSE79973共包括了10對胃癌組織和鄰近非腫瘤粘膜組織的表達(dá)數(shù)據(jù)。采用DAVID進(jìn)行GO/KEGG聚類分析,以篩選差異基因富集的通路;并通過STRING進(jìn)行蛋白互作分析,構(gòu)建重要的基因表達(dá)簇。此外,通過GEPIA數(shù)據(jù)庫驗(yàn)證GSE79973芯片中部分差異基因表...

【文章頁數(shù)】：97 頁

【學(xué)位級別】：博士

【部分圖文】：

圖3.4 KLF4靶向結(jié)合mi R-195-5p啟動子區(qū)域。A.KLF4與mi R-195-5p啟動子區(qū)域的潛在結(jié)合位點(diǎn);B.ChIP實(shí)驗(yàn)證實(shí)結(jié)合位點(diǎn);C.雙熒光素酶驗(yàn)證Site1位點(diǎn)結(jié)果。

根據(jù)UCSC及JASPAR結(jié)果,我們明確了KLF4是miR-195-5p的上游轉(zhuǎn)錄因子,并預(yù)測了兩個(gè)可能性最大的結(jié)合位點(diǎn):Site1,位置為Chr17:7019491-7019502,堿基序列為GCCCACACCCAG;Site2,位置為Chr17:7018941-7018952....

圖1.1 GSE79973芯片中1598個(gè)基因在差異基因主要富集的生物學(xué)通路。A.生物學(xué)通路(Biological Pathway);B.分子功能(Molecular Function)

共1598個(gè)基因在GSE79973中被證實(shí)為胃癌中的差異表達(dá)基因(篩選條件:|logFC|>1,adjp<0.01)。通過DAVID數(shù)據(jù)庫對其進(jìn)行GO、KEGG通路富集分析。如圖1.1所示,1598個(gè)差異基因主要富集的生物學(xué)通路(BiologicalPathway)包括:上....

圖1.2 STRING蛋白互作預(yù)測結(jié)果并篩選細(xì)胞粘附相關(guān)的重要基因簇。A.STRING結(jié)合Cytoscape軟件,共126個(gè)細(xì)胞粘附相關(guān)基因,篩選其中重要基因簇(黃色節(jié)點(diǎn));B.Heatmap熱圖顯示上述基因簇中ITGA2、LAMC1、THBS2、NID2、FN1表達(dá)水平

通過蛋白互作預(yù)測工具STRING并結(jié)合Cytoscape軟件,對上述細(xì)胞粘附方面相關(guān)基因(共126個(gè))進(jìn)行本體分析;篩選出其中排名靠前的細(xì)胞粘附相關(guān)基因表達(dá)簇,共包括5個(gè)重要基因,即ITGA2、LAMC1、THBS2、NID2、FN1等(圖1.2A)。如圖1.2B所示,我們通過....

圖1.2 Kaplan-Meier plotter工具評估ITGA2、LAMC1、THBS2、NID2、FN1等5種差異基因的預(yù)后生存價(jià)值。A.ITGA2;B.LAMC1;C.THBS2;D.NID2;E.FN1

如圖1.3所示,通過Kaplan-Meierplotter工具評估了ITGA2、LAMC1、THBS2、NID2、FN1等5種基因的潛在預(yù)后生存價(jià)值。結(jié)果提示,ITGA2(HR=1.35,logrankp=0.037)、LAMC1(HR=1.38,logrankp=0.....

本文編號：4045950