發(fā)布時(shí)間：2024-02-29 22:43

　　第一部分氫氣干預(yù)肺癌細(xì)胞的蛋白質(zhì)組學(xué)分析目的:探究氫氣干預(yù)對(duì)肺癌細(xì)胞A549蛋白表達(dá)水平的影響,以探究氫氣抑制肺癌進(jìn)展的相關(guān)機(jī)制。方法:將A549細(xì)胞分為2組,對(duì)照組和60%氫氣組,每組設(shè)置三個(gè)重復(fù)實(shí)驗(yàn)。氫氣處理72 h后收集蛋白,對(duì)兩組A549細(xì)胞中提取的蛋白進(jìn)行非標(biāo)記定量蛋白組測(cè)序確定2組差異表達(dá)蛋白,隨后對(duì)照這些差異蛋白進(jìn)行基因本體(Gene Ontology)、KEGG pathway和蛋白-蛋白相互作用(Protein-protein interaction)分析。此外,選取肺癌A549和H1975細(xì)胞,均分為對(duì)照組和60%氫氣處理組,分別應(yīng)用實(shí)時(shí)熒光定量逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈反應(yīng)(Real-time fluorescent quantitative reverse transcription polymerase chain reaction,q RT-PCR)和蛋白免疫印跡技術(shù)(western blotting)檢測(cè)2組細(xì)胞中CD47 m RNA和蛋白的相對(duì)表達(dá)水平。結(jié)果:1.較對(duì)照組相比,氫氣處理可造成58個(gè)蛋白表達(dá)差異,其中包含35個(gè)上調(diào)蛋白,23個(gè)下調(diào)蛋白;2.58個(gè)差異表...

【文章頁(yè)數(shù)】：120 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

圖1蛋白豐度分布圖。y軸代表蛋白的絕對(duì)量,不同顏色代表該蛋白是否差異表達(dá)

如下圖1所示,本研究中細(xì)胞樣本中蛋白的動(dòng)態(tài)范圍大于6個(gè)數(shù)量級(jí)。3.定量重復(fù)性

圖2對(duì)照組(NC)和氫氣處理組(H)蛋白的定量重復(fù)性

定量重復(fù)性決定了定量實(shí)驗(yàn)的靈敏度和可靠性,無(wú)需技術(shù)重復(fù),故這里只對(duì)生物學(xué)重復(fù)進(jìn)行重復(fù)性評(píng)估。組間定量變異系數(shù)越小,表明定量重復(fù)性高。如下圖2所示,本研究中2組樣本中絕大部分蛋白沒有表達(dá)差異,表明樣品之間具有很高的一致性。4.差異表達(dá)蛋白分析

圖3兩組樣本中差異蛋白的火山圖。深綠色表示下調(diào)的蛋白,橙黃色表示上調(diào)的蛋白,淺黃色表示無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)差異的蛋白

本次實(shí)驗(yàn)中,多肽和蛋白水平FDR均控制在0.01,差異倍數(shù)選擇鑒定及定量結(jié)果統(tǒng)計(jì)如下:當(dāng)?shù)鞍椎谋磉_(dá)倍數(shù)差異(ratioA/B>1.5),Pvalue<0.05時(shí)認(rèn)為蛋白在不同組間的表達(dá)具有顯著性差異。據(jù)統(tǒng)計(jì),本研究共檢測(cè)27184個(gè)多肽、3395種蛋白、2510個(gè)可定量蛋白,....

圖4差異蛋白的層次聚類分析圖。頂端顏色條代表樣品分組情況,底端為對(duì)應(yīng)樣品名稱,右側(cè)圖例Z-score以顏色代表蛋白的相對(duì)表達(dá)水平,紅色表示上調(diào),藍(lán)色表示下調(diào)

圖3兩組樣本中差異蛋白的火山圖。深綠色表示下調(diào)的蛋白,橙黃色表示上調(diào)的蛋白,淺黃色表示無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)差異的蛋白此外,表1列出了5個(gè)上調(diào)(HIST1H1C、HIST1H2AH、A0A024R4F1、hCG_24991、LSM2)和下調(diào)(BAT3、CD47、ACOT13、CLPP、CHM....

本文編號(hào)：3915042