研究目的:我國近年來結(jié)直腸癌發(fā)病率呈穩(wěn)步上升趨勢。目前亞太共識中已將吸煙這一因素列為需要加強結(jié)直腸癌篩查的危險因素之一。同時,另有文獻指出,在正常人群中戒煙可使腸道菌群構(gòu)成發(fā)生改變;以及在正常人群和炎癥性腸病患者中,吸煙與不吸煙者之間腸道菌群構(gòu)成不同。但現(xiàn)今,在結(jié)直腸腺瘤以及結(jié)直腸癌患者中,吸煙對于腸道菌群的影響仍不明確。綜上,本課題擬對吸煙、腸道菌群及結(jié)直腸腫瘤之間的關(guān)系做進一步研究。研究方法:選取2016年7月至2017年6月間于××醫(yī)院擬行結(jié)腸鏡檢查及擬行外科手術(shù)的男性患者,其中正常健康對照組20例、結(jié)直腸腺瘤組20例和結(jié)直腸腺癌組14例,每組中吸煙者與非吸煙者比例為1:1。收集其糞便標(biāo)本和臨床信息,抽提糞便基因組DNA后進行Illumina Miseq高通量測序,并行生物學(xué)信息分析,以研究各組間腸道菌群是否存在差異。研究結(jié)果:1、在腸道菌群豐富度及多樣性方面,結(jié)直腸腺癌組較正常健康對照組和結(jié)直腸腺瘤組存在顯著升高;而在吸煙組與非吸煙組之間,腸道菌群的豐富度和多樣性均無差異。2、在組間物種差異分析中,從菌門至菌屬水平,正常健康對照組和結(jié)直腸腺癌組之間腸道菌群豐度均發(fā)生了明顯變化;...

【文章頁數(shù)】：98 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
abstract
中文
    第一章 緒論
        1.1 研究背景
    第二章 研究內(nèi)容與方法
        2.1 研究對象
            2.1.1 納入標(biāo)準(zhǔn)
            2.1.2 排除標(biāo)準(zhǔn)
            2.1.3 標(biāo)本收集
            2.1.4 信息采集
        2.2 主要試劑與儀器
            2.2.1 主要試劑
            2.2.2 主要儀器
        2.3 實驗方法
            2.3.1 DNA抽提
            2.3.2 16SrDNA測序
        2.4 生物學(xué)信息分析
            2.4.1 Reads拼接質(zhì)控和OTU聚類
            2.4.2 樣本量分析
            2.4.3 α 多樣性分析
            2.4.4 偏最小二乘法判別分析(PLS-DA)
            2.4.5 物種組成圖
            2.4.6 組間顯著性差異檢驗
            2.4.7 LefSe多級物種差異判別分析
        2.5 統(tǒng)計學(xué)方法
    第三章 研究結(jié)果
        3.1 研究對象一般情況
        3.2 數(shù)據(jù)優(yōu)化質(zhì)控
            3.2.1 Reads拼接質(zhì)控和OTU聚類
            3.2.2 樣本量分析
        3.3 HC-CRA-CRC組間腸道菌群差異分析
            3.3.1 α 多樣性
            3.3.2 偏最小二乘法判別分析(PLS-DA)
            3.3.3 物種組成分析
            3.3.4 組間物種差異分析
            3.3.5 LefSe多級物種差異判別分析
        3.4 吸煙與非吸煙組間腸道菌群差異分析
            3.4.1 α 多樣性
            3.4.2 偏最小二乘法判別分析(PLS-DA)
            3.4.3 物種組成分析
            3.4.4 組間物種差異分析
            3.4.5 LefSe多級物種差異判別分析
    第四章 分析討論
英文對照
    Chapter Ⅰ Introduction
        1.1 Research Background
    Chapter Ⅱ Research Content and Method
        2.1 Research Subjects
            2.1.1 Inclusion Criteria
            2.1.2 Exclusion Criteria
            2.1.3 Specimen Collection
            2.1.4 Information Collection
        2.2 Main Reagents and Instruments
            2.2.1 Main Reagents
            2.2.2 Main Instruments
        2.3 Experimental Method
            2.3.1 DNA Extraction
            2.3.2 16SrDNA Sequencing
        2.4 Biological Information Analysis
            2.4.1 Reads Splicing and Quality Control and OTU Clustering
            2.4.2 Sample Size Analysis
            2.4.3 Analysis of Alpha Diversity
            2.4.4 Partial Least Square Discriminant Analysis (PLS-DA)
            2.4.5 Species Composition Diagram
            2.4.6 Significant Differences between Groups
            2.4.7 Linear Discriminant Analysis Effect Size (LefSe)
        2.5 Statistical Methods
    Chapter Ⅲ Research Results
        3.1 General Situation of the Research Subjects
        3.2 Data Optimization and Control
            3.2.1 Reads Splicing and Quality Control and OTU Clustering
            3.2.2 Analysis of Sample Size
        3.3 Analysis of Intestinal Microflora Differences among HC-CRA-CRC Groups
            3.3.1 Alpha Diversity
            3.3.2 Partial Least Square Discriminant Analysis (PLS-DA)
            3.3.3 Analysis of Micribial Composition
            3.3.4 Analysis of Microbial Differences between Groups
            3.3.5 Linear Discriminant Analysis Effect Size (LefSe)
        3.4 Analysis of Intestinal Microflora Difference between Smoking Group and Nonsmoking Group
            3.4.1 Alpha Diversity
            3.4.2 Partial Least Square Discriminant Analysis (PLS-DA)
            3.4.3 Analysis of Species Composition
            3.4.4 Analysis of Microbial Differences between Groups
            3.4.5 Linear Discriminant Analysis Effect Size (LefSe)
    Chapter Ⅳ Discussion
參考文獻
致謝
攻讀博士學(xué)位期間已發(fā)表或錄用的論文



本文編號：3836978