YWHAE在大腸癌中的表達(dá)及其生物信息學(xué)分析
發(fā)布時間:2022-01-09 15:51
背景及目的:大腸癌(CRC)是我國常見的惡性腫瘤之一,其發(fā)病率及死亡率在近年呈上升趨勢,多數(shù)病人發(fā)病時已處于中晚期,轉(zhuǎn)移及復(fù)發(fā)是患者死亡的主要原因。目前,手術(shù)治療輔以放、化療為主要的治療手段,因此早期篩查與診斷大腸癌尤為重要。隨著分子診斷學(xué)的不斷發(fā)展,分子標(biāo)記物逐漸用來早期篩查及診斷惡性腫瘤,其具有高靈敏度及特異性的特點。大量研究證明酪氨酸3-單加氧酶/色氨酸5-單加氧酶激活蛋白,ε肽(Tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation activation protein,epsilon,YWHAE)參與細(xì)胞的多種生理活動,在腫瘤的發(fā)生、發(fā)展、轉(zhuǎn)移中發(fā)揮一定的作用。本文研究YWHAE在大腸癌中的表達(dá)情況以及對其生物信息學(xué)進(jìn)行分析。通過挖掘相關(guān)專業(yè)數(shù)據(jù)庫,探索YWHAE在大腸癌發(fā)生、發(fā)展、轉(zhuǎn)移中的作用,旨為臨床早期診斷大腸癌提供新型腫瘤標(biāo)志物以及基因治療靶點。方法:本實驗方法涉及以下3個方面:(1)采用色譜與質(zhì)譜聯(lián)用技術(shù)來篩選差異表達(dá)的蛋白。(2)查閱大量相關(guān)文獻(xiàn),篩選出YWHAE作為本次實驗的目標(biāo)蛋白。應(yīng)用We...
【文章來源】:吉林大學(xué)吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:60 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
圖3.2?YWHAE的質(zhì)譜圖??
?第4章免疫。咣E試驗驗證YWHAE在大腸癌中的表達(dá)情況???根據(jù)試劑盒說明書進(jìn)行ECL顯色壓膠片,然后用凝膠圖像分析系統(tǒng)??對膠片進(jìn)行掃描,選擇自動吸光度分析,根據(jù)目標(biāo)蛋白YWHAE與之??相對應(yīng)的內(nèi)參P?-actin條帶的比值,從而來評價YWHAE的表達(dá)水??平。??4.2結(jié)果??免疫印跡實驗驗證了?YWHAE在大腸癌組織中表達(dá)高于癌旁組??織,結(jié)果如圖4.2所示,其中,A為大腸癌組織,B為癌旁組織。??A?B??YWHAE?30KD??43KD??圖4.2?YWHAE在大腸癌及癌旁組織中的表達(dá)??4.3討論??免疫印跡實驗(蛋白質(zhì)印跡法)即Western?Blot是分子生物學(xué)、生??物化學(xué)和免疫遺傳學(xué)中經(jīng)常使用的一種實驗方法。其基本原理是通過??特異性抗體對凝膠電泳處理過的細(xì)胞或組織標(biāo)本進(jìn)行著色。通過分析??著色的位置和著色深度獲得特定蛋白質(zhì)在所分析的細(xì)胞或組織中表??達(dá)情況的信息。蛋白質(zhì)印跡技術(shù)逐漸從對復(fù)雜混合物中的特定蛋白質(zhì)??的鑒定演變?yōu)橹苯訉蝹細(xì)胞中蛋白質(zhì)檢測,使其成為臨床研究中重??要分析工具。蛋白質(zhì)印跡技術(shù)可以用于作為HIV、寄生蟲和真菌病的??臨床診斷[45]。??19??
?l?5k"?1?.?〇.?〇???mutated??i4k-??畫?3k-?。?,???B—u_??i?2k-。細(xì)歉。,。、9?—??■?ik_。戮,-???1?o??2?〇-??a.??LU??<??,?,?,?,?,?r??§?5k?10k?15k?20k?25k?30k??E??mRNA?Expression,?RSEM?(Batch?normalized?from?lllumina?HiSeq_RNASeqV2):?YWHAE??圖5.5?YWHAE與TP53之間的表達(dá)相關(guān)性??5.2.3?COSMIC數(shù)據(jù)庫分賭果??通過分析COSMIC數(shù)據(jù)庫,我們可以得到YWHAE總突變類型??及其比例,如圖3.5所示,該圖顯示了具有突變的所有類型,一共有??331例樣本參與研究,括號中的數(shù)據(jù)表示具有特定突變類型的比率,??因為一種樣本不止有一種突變類型,所示說各種突變類型樣本數(shù)量總??和不等于總體樣本數(shù)量。在表中,我們可以觀察到,在各種突變類型??中,無義突變所占比例最小,占0.91%,錯義突變所占比例最高,達(dá)??17.52%。其他突變類型所占比列較小,占比區(qū)間為0.00%-6.04%。具??體數(shù)據(jù)信息如圖5.6所示。??27??
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]14-3-3蛋白與腫瘤發(fā)生發(fā)展的研究進(jìn)展[J]. 楊建軍,秦環(huán)龍. 世界華人消化雜志. 2010(28)
本文編號:3579006
【文章來源】:吉林大學(xué)吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:60 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
圖3.2?YWHAE的質(zhì)譜圖??
?第4章免疫。咣E試驗驗證YWHAE在大腸癌中的表達(dá)情況???根據(jù)試劑盒說明書進(jìn)行ECL顯色壓膠片,然后用凝膠圖像分析系統(tǒng)??對膠片進(jìn)行掃描,選擇自動吸光度分析,根據(jù)目標(biāo)蛋白YWHAE與之??相對應(yīng)的內(nèi)參P?-actin條帶的比值,從而來評價YWHAE的表達(dá)水??平。??4.2結(jié)果??免疫印跡實驗驗證了?YWHAE在大腸癌組織中表達(dá)高于癌旁組??織,結(jié)果如圖4.2所示,其中,A為大腸癌組織,B為癌旁組織。??A?B??YWHAE?30KD??43KD??圖4.2?YWHAE在大腸癌及癌旁組織中的表達(dá)??4.3討論??免疫印跡實驗(蛋白質(zhì)印跡法)即Western?Blot是分子生物學(xué)、生??物化學(xué)和免疫遺傳學(xué)中經(jīng)常使用的一種實驗方法。其基本原理是通過??特異性抗體對凝膠電泳處理過的細(xì)胞或組織標(biāo)本進(jìn)行著色。通過分析??著色的位置和著色深度獲得特定蛋白質(zhì)在所分析的細(xì)胞或組織中表??達(dá)情況的信息。蛋白質(zhì)印跡技術(shù)逐漸從對復(fù)雜混合物中的特定蛋白質(zhì)??的鑒定演變?yōu)橹苯訉蝹細(xì)胞中蛋白質(zhì)檢測,使其成為臨床研究中重??要分析工具。蛋白質(zhì)印跡技術(shù)可以用于作為HIV、寄生蟲和真菌病的??臨床診斷[45]。??19??
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【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]14-3-3蛋白與腫瘤發(fā)生發(fā)展的研究進(jìn)展[J]. 楊建軍,秦環(huán)龍. 世界華人消化雜志. 2010(28)
本文編號:3579006
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