目的:利用生物信息學(xué)方法在TCGA數(shù)據(jù)庫中篩選與腎透明細胞癌(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)具有密切關(guān)聯(lián)的基因及信號通路,分析其生物學(xué)功能。構(gòu)建ccRCC中基于差異表達的lncRNA、miRNA和mRNA的ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò),探討調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中關(guān)鍵基因表達情況及與患者臨床預(yù)后之間的關(guān)系,分析可能的分子機制,為ccRCC靶向治療的選擇提供理論依據(jù)。材料與方法:從TCGA數(shù)據(jù)庫下載ccRCC的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)及其臨床隨訪信息,并將原始數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為lncRNA、miRNA、mRNA的基因表達譜矩陣。利用內(nèi)置“R”的軟件包分別提取三種RNA的差異基因,繪制差異基因的火山圖。使用STRING 11.0軟件構(gòu)建ccRCC差異mRNA的蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò),篩選出與其它節(jié)點關(guān)系度最高的前25個基因,分析其生物學(xué)功能。對篩選得到的差異mRNA進行GO分析及KEGG通路富集分析,探索其生物學(xué)功能、細胞定位及所參與的生物學(xué)過程。利用LncBase Predicted v.2數(shù)據(jù)庫下載lncRNA與miRNA相互作用的關(guān)系對,在miRWalk網(wǎng)站對差異miRNA的靶基因進行預(yù)測,...

【文章來源】： 蘭州大學(xué)甘肅省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

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【文章目錄】：
中文摘要
ABSTRACT
中英文縮略詞參照表
第一部分 緒論
    1.1 生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫
        1.1.1 腫瘤生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫
        1.1.2 TCGA數(shù)據(jù)庫
        1.1.3 GEO數(shù)據(jù)庫
    1.2 CERNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
        1.2.1 lncRNA
        1.2.2 miRNA
第二部分 基于TCGA數(shù)據(jù)庫篩選腎透明細胞癌關(guān)鍵基因及其功能預(yù)測
    2.1 前言
        2.1.1 腎細胞癌研究現(xiàn)狀
        2.1.2 基因本體分析及KEGG分析
        2.1.3 蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)
    2.2 實驗數(shù)據(jù)和方法
        2.2.1 數(shù)據(jù)來源
        2.2.2 數(shù)據(jù)處理
        2.2.3 差異表達基因的篩選
        2.2.4 差異mRNA的 PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
        2.2.5 差異mRNA的基因本體分析
        2.2.6 差異mRNA的 KEGG通路富集分析
    2.3 研究結(jié)果
        2.3.1 ccRCC三種RNA的提取結(jié)果
        2.3.2 ccRCC差異基因的篩選
        2.3.3 基于差異mRNA的 PPI網(wǎng)絡(luò)分析
        2.3.4 ccRCC差異mRNA的 GO分析結(jié)果
        2.3.5 ccRCC差異mRNA的 KEGG分析結(jié)果
    2.4 討論
        2.4.1 ccRCC的關(guān)鍵基因
        2.4.2 ccRCC的主要信號通路
    2.5 結(jié)論
第三部分 基于TCGA數(shù)據(jù)腎透明細胞癌ceRNA網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建
    3.1 研究背景
    3.2 數(shù)據(jù)來源及研究方法
        3.2.1 ccRCC差異RNA的篩選
        3.2.2 ceRNA網(wǎng)絡(luò)差異RNA的生存預(yù)后分析
        3.2.3 ceRNA網(wǎng)絡(luò)中差異mRNA的表達水平驗證
        3.2.4 差異mRNA與 ccRCC患者臨床病理特征分析
        3.2.5 差異mRNA在 ccRCC患者組織中的表達水平驗證
    3.3 研究結(jié)果
        3.3.1 三種差異RNA的比對結(jié)果
        3.3.2 腎透明細胞癌ceRNA網(wǎng)絡(luò)的可視化
        3.3.3 ceRNA網(wǎng)絡(luò)中差異RNA的生存分析
        3.3.4 ceRNA網(wǎng)絡(luò)差異mRNA表達水平驗證
        3.3.5 差異mRNA與 ccRCC患者臨床病理相關(guān)性分析
        3.3.6 差異mRNA在 ccRCC患者腎組織中的表達水平驗證
    3.4 討論
        3.4.1 參與腎透明細胞癌ce RNA網(wǎng)絡(luò)的lncRNA
        3.4.2 參與腎透明細胞癌ce RNA網(wǎng)絡(luò)的miRNA
        3.4.3 參與腎透明細胞癌ce RNA網(wǎng)絡(luò)的mRNA
        3.4.4 差異mRNA表達水平相關(guān)性分析
    3.5 結(jié)論
        3.5.1 主要結(jié)論
        3.5.2 研究不足及展望
參考文獻
綜述
    參考文獻
附錄
在學(xué)期間的研究成果
致謝


【參考文獻】：
期刊論文
[1]腫瘤數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)在肺癌研究中的應(yīng)用 [J]. 葉萬林,盧婉婷,蔡琳,何斐.  中國預(yù)防醫(yī)學(xué)雜志. 2019(04)
[2]醫(yī)療大數(shù)據(jù)應(yīng)用需求分析與平臺建設(shè)構(gòu)想 [J]. 汪鵬,吳昊,羅陽,王毅琳,王飛.  中國醫(yī)院管理. 2015(06)



本文編號：3552631