長鏈非編碼RNA相對定量PCR檢測方法建立及其在非小細(xì)胞肺癌中的初步驗證
發(fā)布時間:2021-12-10 14:30
[目的]肺癌是全世界癌癥相關(guān)死亡最常見的原因,非小細(xì)胞肺癌占所有肺癌病例的85%,盡管目前在治療方面已經(jīng)取得了許多積極進(jìn)展,但患者的總體生存率仍然較低。大多數(shù)患者在診斷時已經(jīng)發(fā)生淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移,預(yù)后不良。急需開發(fā)創(chuàng)傷性小且特異度、靈敏度較高,能夠早期診斷肺癌的新型生物標(biāo)志物。越來越多的證據(jù)證明了 lncRNA參與非小細(xì)胞肺癌發(fā)生發(fā)展的過程,本次課題基于前期研究基礎(chǔ),在lncRNA芯片結(jié)果中挑選一批有潛在價值的lncRNA進(jìn)行研究,構(gòu)建相對定量的實時熒光定量PCR檢測方法,尋找有潛力作為新型的腫瘤診斷生物標(biāo)志物的lncRNA分子,為其進(jìn)一步的功能研究奠定基礎(chǔ),為非小細(xì)胞肺癌早期診斷治療以及預(yù)后評估提供新思路。[方法]應(yīng)用課題組前期LncRNA+mRNA表達(dá)譜芯片結(jié)果,篩選出8條有潛力作為診斷標(biāo)志物的候選lncRNA。隨后發(fā)現(xiàn)其中3條lncRNA分子無法設(shè)計適宜引物探針?biāo)爝M(jìn)行剔除。緊接著,我們構(gòu)建多重?zé)晒舛縋CR檢測方法,驗證5條lncRNA分子在20對非小細(xì)胞肺癌組織和配對組織以及42例非小細(xì)胞肺癌組血清,46例良性肺疾病組血清,48例健康組血清中的表達(dá)情況,使用Mann-Whitney非...
【文章來源】:昆明醫(yī)科大學(xué)云南省
【文章頁數(shù)】:85 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
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2目的基因的篩選??2.1共有表達(dá)基因的篩選??本課題的目的為篩選能夠作為非小細(xì)胞肺癌診斷標(biāo)志物的IncRNA分子,只??有能在大多數(shù)個體中表達(dá)的分子才有潛力作為診斷標(biāo)志物。因此,根據(jù)表達(dá)一致??性原則,我們篩選出在樣本間共有表達(dá)的IncRNA分子,見圖3。圖中篩選出的??IncRNA為在23對肺癌組織和癌旁組織樣本中18對樣本所共有表達(dá)上調(diào)的12??條?IncRNA?〇??§_?390??M,?ENSG00000249859.2?■■??<?ENSG00000256564.1??Z?ENSG000002579241??〇?o?ENSG00000262880?1??—L0C145837?279?I??"S?nc-HOXC9-139??ro?XLOC_005221??|g_?XLOC3〇4441?189?I??^?°?XLOC_009677??=?IENSG0000026358511??〇?LIT3464?117??I?JXLQC-Q0?527?75?■■■■??z〇.?■OULJUU??23?22?21?20?19?18?17?16?15?14?13?12??Number?of?different?samples??圖3共有表達(dá)上調(diào)的IncRNA??2.2目的基因的篩選??2.?2.?1進(jìn)一步挑選出其中基因差異表達(dá)倍數(shù)FC?(abs)彡2以及;?彡0.05的高表達(dá)??IncRNA,最終挑選出8條IncRNA,見表11。(FC由高到低排序)??表11挑選出的差異表達(dá)的IncRNA??LncRNA?Name?P?FC?Regulation?Chromosome
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【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]實時熒光定量PCR技術(shù)及其應(yīng)用研究進(jìn)展[J]. 梁子英,劉芳. 現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科技. 2020(06)
[2]中國城市癌癥早診早治項目進(jìn)展[J]. 陳萬青,李霓,石菊芳,任建松,陳宏達(dá),李江,代敏,赫捷. 中國腫瘤. 2019(01)
[3]全球女性乳腺癌流行情況研究[J]. 師金,梁迪,李道娟,王立群,靳晶,張亞琛,賀宇彤. 中國腫瘤. 2017(09)
[4]長鏈非編碼RNAFENDRR對宣威肺癌XWLC-05細(xì)胞增殖、遷移及侵襲的影響[J]. 陳冉,王玉明,段勇,張艷亮,宋貴波,吳春燕,孫巖,杜娜,肖成. 中國腫瘤生物治療雜志. 2017(07)
[5]長鏈非編碼RNA研究進(jìn)展[J]. 楊峰,易凡,曹慧青,梁子才,杜權(quán). 遺傳. 2014(05)
[6]實時熒光定量PCR技術(shù)研究進(jìn)展及其應(yīng)用[J]. 陳旭,齊鳳坤,康立功,李景富. 東北農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報. 2010(08)
[7]實時熒光定量RT-PCR內(nèi)參基因的選擇[J]. 陳鳳花,王琳,胡麗華. 臨床檢驗雜志. 2005(05)
碩士論文
[1]FENDRR在宣威地區(qū)人群肺癌發(fā)生發(fā)展中分子機(jī)制的初步探討[D]. 趙瑜.昆明醫(yī)科大學(xué) 2019
[2]云南宣威肺癌相關(guān)LncRNAs的初步篩選及表達(dá)研究[D]. 李慶.昆明醫(yī)科大學(xué) 2015
本文編號:3532802
【文章來源】:昆明醫(yī)科大學(xué)云南省
【文章頁數(shù)】:85 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
圖2?IncRNA聚類分析結(jié)果??25??
2目的基因的篩選??2.1共有表達(dá)基因的篩選??本課題的目的為篩選能夠作為非小細(xì)胞肺癌診斷標(biāo)志物的IncRNA分子,只??有能在大多數(shù)個體中表達(dá)的分子才有潛力作為診斷標(biāo)志物。因此,根據(jù)表達(dá)一致??性原則,我們篩選出在樣本間共有表達(dá)的IncRNA分子,見圖3。圖中篩選出的??IncRNA為在23對肺癌組織和癌旁組織樣本中18對樣本所共有表達(dá)上調(diào)的12??條?IncRNA?〇??§_?390??M,?ENSG00000249859.2?■■??<?ENSG00000256564.1??Z?ENSG000002579241??〇?o?ENSG00000262880?1??—L0C145837?279?I??"S?nc-HOXC9-139??ro?XLOC_005221??|g_?XLOC3〇4441?189?I??^?°?XLOC_009677??=?IENSG0000026358511??〇?LIT3464?117??I?JXLQC-Q0?527?75?■■■■??z〇.?■OULJUU??23?22?21?20?19?18?17?16?15?14?13?12??Number?of?different?samples??圖3共有表達(dá)上調(diào)的IncRNA??2.2目的基因的篩選??2.?2.?1進(jìn)一步挑選出其中基因差異表達(dá)倍數(shù)FC?(abs)彡2以及;?彡0.05的高表達(dá)??IncRNA,最終挑選出8條IncRNA,見表11。(FC由高到低排序)??表11挑選出的差異表達(dá)的IncRNA??LncRNA?Name?P?FC?Regulation?Chromosome
6?up?2?+??ENSG00000256564.1?5.30E-04?3.69?up?12?+??XLOC—000527?1.19E-09?3.22?up?1?+??ENSG00000249859.2?1.62E-04?2.90?up?8?+??2.2.2在23對肺癌患者癌組織和癌旁組織中芯片檢測結(jié)果顯示,相對于癌旁組??織,8條IncRNA都呈高表達(dá)狀態(tài),且表達(dá)一致性較好(除個別樣本外,在23??對樣本中都為高表達(dá)狀態(tài)),有作為診斷標(biāo)志物的潛力。見圖4-圖11。??門?XLOC_009677?門??c-|?I?:???I?-??n?n?n?cn??1〇-?■???I???—?—???I?—?1???—????I?I?—??I?—??ha?I?I?i?l?I?n?1???s?i?n??腿:疆lliiiii??v?v-?〇?Cj?CD?O?O?CJ?W?gT>?CD?Q?Q?〇?CD?CD?Q?O?v?Q?Q?Cj?〇?〇??—?v?r ̄?r?w ̄??t-?t-?m?ir>?in?tri?ir>?tri?u ̄>?in?ui?^?rsj?o<i??—??-?rx?(N??v?w""?w- ̄?^?w—?w—?^?^?w—?V?^?^?^?^?^?w ̄?w—?w—?w—??o1?卜1?〇丨卜丨?<_)_?卜_?〇丨卜丨?CJ1?卜_?oV101?卜_?oV1?L)1??-_?〇丨卜1?(J_?卜,uV101?卜1?〇_?卜_?(J11-丨?〇丨?l-'O1?卜1?〇_??-_〇?卜1?〇_卜丨?〇丨》-_?O1??n?廠]廠I廠!廠]廠I廠I
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]實時熒光定量PCR技術(shù)及其應(yīng)用研究進(jìn)展[J]. 梁子英,劉芳. 現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科技. 2020(06)
[2]中國城市癌癥早診早治項目進(jìn)展[J]. 陳萬青,李霓,石菊芳,任建松,陳宏達(dá),李江,代敏,赫捷. 中國腫瘤. 2019(01)
[3]全球女性乳腺癌流行情況研究[J]. 師金,梁迪,李道娟,王立群,靳晶,張亞琛,賀宇彤. 中國腫瘤. 2017(09)
[4]長鏈非編碼RNAFENDRR對宣威肺癌XWLC-05細(xì)胞增殖、遷移及侵襲的影響[J]. 陳冉,王玉明,段勇,張艷亮,宋貴波,吳春燕,孫巖,杜娜,肖成. 中國腫瘤生物治療雜志. 2017(07)
[5]長鏈非編碼RNA研究進(jìn)展[J]. 楊峰,易凡,曹慧青,梁子才,杜權(quán). 遺傳. 2014(05)
[6]實時熒光定量PCR技術(shù)研究進(jìn)展及其應(yīng)用[J]. 陳旭,齊鳳坤,康立功,李景富. 東北農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報. 2010(08)
[7]實時熒光定量RT-PCR內(nèi)參基因的選擇[J]. 陳鳳花,王琳,胡麗華. 臨床檢驗雜志. 2005(05)
碩士論文
[1]FENDRR在宣威地區(qū)人群肺癌發(fā)生發(fā)展中分子機(jī)制的初步探討[D]. 趙瑜.昆明醫(yī)科大學(xué) 2019
[2]云南宣威肺癌相關(guān)LncRNAs的初步篩選及表達(dá)研究[D]. 李慶.昆明醫(yī)科大學(xué) 2015
本文編號:3532802
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