結(jié)直腸癌中差異表達(dá)環(huán)狀RNA的鑒定與表達(dá)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)預(yù)測(cè)及初步驗(yàn)證
發(fā)布時(shí)間:2021-12-10 12:02
目的:長(zhǎng)久以來(lái),癌癥一直被譽(yù)為人類健康的“第一大殺手”。結(jié)直腸癌(colorectal cancer,CRC)是第三大常見(jiàn)的腫瘤,也是消化道腫瘤內(nèi)發(fā)病率排名第二位的惡性腫瘤。根據(jù)美國(guó)國(guó)家癌癥研究所的監(jiān)測(cè)數(shù)據(jù),在2019年中,結(jié)直腸癌約有145,600例發(fā)病病例,且有51,012例新增死亡病例。在我國(guó),結(jié)直腸癌發(fā)病率數(shù)十年來(lái)逐漸遞增,位于男性罹患癌癥發(fā)病的第三位,女性中第二位。隨著國(guó)民經(jīng)濟(jì)水平提高,飲食結(jié)構(gòu)的改變,結(jié)直腸癌的發(fā)病年齡逐漸走低,青少年與中青年的患病人數(shù)已然增長(zhǎng)。然而,許多結(jié)直腸癌患者在診斷之時(shí)已經(jīng)發(fā)展為惡性晚期并伴有多發(fā)轉(zhuǎn)移,如果能夠?qū)崿F(xiàn)腫瘤的早期診斷可大大降低腫瘤的發(fā)病率。目前結(jié)直腸癌的治療方式多以外科手術(shù)切除為主輔助化療藥物的應(yīng)用;癌癥患者往往預(yù)后差,復(fù)發(fā)率高,不足40%的患者生存期超過(guò)5年。近些年來(lái),根據(jù)腫瘤特異性篩查靶點(diǎn)研發(fā)的靶向藥物與精準(zhǔn)治療得到巨大突破,在多種腫瘤中得到了較好的療效。但腫瘤的發(fā)生發(fā)展是個(gè)多變復(fù)雜的過(guò)程,受多種因素的影響;目前,結(jié)直腸癌的病理機(jī)制尚未研究透徹,又缺乏有效的治療靶標(biāo)和生物標(biāo)志物。因此,深入研究其發(fā)生機(jī)制、篩選出特異性的治療靶點(diǎn)與生物標(biāo)...
【文章來(lái)源】:中國(guó)醫(yī)科大學(xué)遼寧省
【文章頁(yè)數(shù)】:72 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
1CRC成對(duì)組織中DECs篩選結(jié)果
中國(guó)醫(yī)科大學(xué)碩士學(xué)位論文21圖3.1.2DECs特征分析圖(a)circRNA種類分布(b)circRNA序列長(zhǎng)度分布(c)circRNA的染色體分布。3.1.3DECs親本基因的功能富集分析由于circRNA在功能上可能與其親本基因的功能具有相關(guān)性,我們對(duì)其親本基因進(jìn)行了GeneOntology與KEGG富集分析。根據(jù)GO-bp結(jié)果分析得到,親本基因?qū)?yīng)的生物學(xué)功能主要依次富集在細(xì)胞分化的調(diào)控、組織結(jié)構(gòu)分化、纖毛運(yùn)動(dòng)形成、MAPK聯(lián)級(jí)反應(yīng)的正向調(diào)控、G-蛋白偶聯(lián)受體信號(hào)通路、神經(jīng)元反射發(fā)育的正調(diào)控、細(xì)胞形態(tài)調(diào)節(jié)、促進(jìn)細(xì)胞增殖、炎性反應(yīng)等方面。KEGG通路富集分析得到結(jié)果為:癌癥相關(guān)通路、肌動(dòng)蛋白細(xì)胞骨架調(diào)節(jié)、PIK3-AKT信號(hào)通路、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)中蛋白質(zhì)加工、神經(jīng)配體-受體相互作用、Rap1信號(hào)通路、Ras信號(hào)通路。富集結(jié)果(如圖3.1.3)顯示DECs的親本基因在以上生物學(xué)過(guò)程中發(fā)揮作用,為認(rèn)識(shí)DECs的潛在功能提供參考。
中國(guó)醫(yī)科大學(xué)碩士學(xué)位論文22圖3.1.3DECs親本基因功能分析圖(a)DECs親本基因的GeneOntology分析。(b)DECs親本基因的KEGG途徑富集分析。3.2RNA-seq數(shù)據(jù)和GSE116589聯(lián)合分析為了進(jìn)一步確認(rèn)CRC中潛在的功能性DEC,我們將RNA-seq數(shù)據(jù)和GSE116589(n=2)進(jìn)行聯(lián)合分析。由此,我們發(fā)現(xiàn)兩組測(cè)序數(shù)據(jù)中存在6個(gè)共同上調(diào)的DECs(hsa_circ_0030632、hsa_circ_0004887、hsa_circ_0001550、hsa_circ_0001681、hsa_circ_0002970和hsa_circ_0006528)和17個(gè)共同下調(diào)的
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]嘌呤核苷酸代謝與惡性腫瘤關(guān)系的研究進(jìn)展[J]. 苑小星. 癌癥進(jìn)展. 2019(21)
[2]Circular RNA PIP5K1A promotes colon cancer development through inhibiting mi R-1273a[J]. Qu Zhang,Chi Zhang,Jian-Xin Ma,Hui Ren,Yu Sun,Jiao-Zhen Xu. World Journal of Gastroenterology. 2019(35)
[3]Effect of exercise on colorectal cancer prevention and treatment[J]. Zeynep Oru?,Muhammed Ali Kaplan. World Journal of Gastrointestinal Oncology. 2019(05)
[4]磷酸戊糖途徑——腫瘤治療的新視角[J]. 何子豪,姚競(jìng)月,郭青龍. 世界最新醫(yī)學(xué)信息文摘. 2018(09)
[5]Genomic diversity of colorectal cancer: Changing landscape and emerging targets[J]. Daniel H Ahn,Kristen K Ciombor,Sameh Mikhail,Tanios Bekaii-Saab. World Journal of Gastroenterology. 2016(25)
[6]大腸癌篩查研究進(jìn)展[J]. 胡水清,張玫. 中國(guó)腫瘤. 2012(05)
本文編號(hào):3532589
【文章來(lái)源】:中國(guó)醫(yī)科大學(xué)遼寧省
【文章頁(yè)數(shù)】:72 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
1CRC成對(duì)組織中DECs篩選結(jié)果
中國(guó)醫(yī)科大學(xué)碩士學(xué)位論文21圖3.1.2DECs特征分析圖(a)circRNA種類分布(b)circRNA序列長(zhǎng)度分布(c)circRNA的染色體分布。3.1.3DECs親本基因的功能富集分析由于circRNA在功能上可能與其親本基因的功能具有相關(guān)性,我們對(duì)其親本基因進(jìn)行了GeneOntology與KEGG富集分析。根據(jù)GO-bp結(jié)果分析得到,親本基因?qū)?yīng)的生物學(xué)功能主要依次富集在細(xì)胞分化的調(diào)控、組織結(jié)構(gòu)分化、纖毛運(yùn)動(dòng)形成、MAPK聯(lián)級(jí)反應(yīng)的正向調(diào)控、G-蛋白偶聯(lián)受體信號(hào)通路、神經(jīng)元反射發(fā)育的正調(diào)控、細(xì)胞形態(tài)調(diào)節(jié)、促進(jìn)細(xì)胞增殖、炎性反應(yīng)等方面。KEGG通路富集分析得到結(jié)果為:癌癥相關(guān)通路、肌動(dòng)蛋白細(xì)胞骨架調(diào)節(jié)、PIK3-AKT信號(hào)通路、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)中蛋白質(zhì)加工、神經(jīng)配體-受體相互作用、Rap1信號(hào)通路、Ras信號(hào)通路。富集結(jié)果(如圖3.1.3)顯示DECs的親本基因在以上生物學(xué)過(guò)程中發(fā)揮作用,為認(rèn)識(shí)DECs的潛在功能提供參考。
中國(guó)醫(yī)科大學(xué)碩士學(xué)位論文22圖3.1.3DECs親本基因功能分析圖(a)DECs親本基因的GeneOntology分析。(b)DECs親本基因的KEGG途徑富集分析。3.2RNA-seq數(shù)據(jù)和GSE116589聯(lián)合分析為了進(jìn)一步確認(rèn)CRC中潛在的功能性DEC,我們將RNA-seq數(shù)據(jù)和GSE116589(n=2)進(jìn)行聯(lián)合分析。由此,我們發(fā)現(xiàn)兩組測(cè)序數(shù)據(jù)中存在6個(gè)共同上調(diào)的DECs(hsa_circ_0030632、hsa_circ_0004887、hsa_circ_0001550、hsa_circ_0001681、hsa_circ_0002970和hsa_circ_0006528)和17個(gè)共同下調(diào)的
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]嘌呤核苷酸代謝與惡性腫瘤關(guān)系的研究進(jìn)展[J]. 苑小星. 癌癥進(jìn)展. 2019(21)
[2]Circular RNA PIP5K1A promotes colon cancer development through inhibiting mi R-1273a[J]. Qu Zhang,Chi Zhang,Jian-Xin Ma,Hui Ren,Yu Sun,Jiao-Zhen Xu. World Journal of Gastroenterology. 2019(35)
[3]Effect of exercise on colorectal cancer prevention and treatment[J]. Zeynep Oru?,Muhammed Ali Kaplan. World Journal of Gastrointestinal Oncology. 2019(05)
[4]磷酸戊糖途徑——腫瘤治療的新視角[J]. 何子豪,姚競(jìng)月,郭青龍. 世界最新醫(yī)學(xué)信息文摘. 2018(09)
[5]Genomic diversity of colorectal cancer: Changing landscape and emerging targets[J]. Daniel H Ahn,Kristen K Ciombor,Sameh Mikhail,Tanios Bekaii-Saab. World Journal of Gastroenterology. 2016(25)
[6]大腸癌篩查研究進(jìn)展[J]. 胡水清,張玫. 中國(guó)腫瘤. 2012(05)
本文編號(hào):3532589
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