目的通過研究三陰性乳腺癌（TNBC）患者中的免疫微環(huán)境細(xì)胞浸潤情況,從免疫微環(huán)境層面對TNBC患者的預(yù)后進(jìn)行分析,提出新的TNBC免疫預(yù)后相關(guān)生物學(xué)標(biāo)志物并描述其在TNBC中的生物學(xué)過程,為臨床治療TNBC提供新的治療靶點(diǎn)。方法檢索GEO TNBC相關(guān)公開數(shù)據(jù)庫并下載樣本的轉(zhuǎn)錄組學(xué)信息,通過CIBERSORT分析TNBC患者的免疫細(xì)胞成分,再通過無監(jiān)督聚類對TNBC患者的免疫細(xì)胞成分進(jìn)行聚類,尋找最佳的分類類型。采用差異基因分析探索TNBC中表達(dá)量異常的基因;通過lasso-logistic模型進(jìn)行降維篩選免疫亞型的生物標(biāo)志物;通過WGCNA進(jìn)行基因共表達(dá)分析,并通過GSEA分析基因模塊的主要富集的通路注釋其參與的生物學(xué)過程。結(jié)果通過整理下載的GSE103091數(shù)據(jù),共納入包含mRNA數(shù)據(jù)和完整總生存數(shù)據(jù)TNBC患者100例,其免疫細(xì)胞成分可分兩類:低免疫浸潤組43例,其中轉(zhuǎn)移19例（44.2%）;高免疫浸潤組57例,其中轉(zhuǎn)移11例（19.3%）,兩組轉(zhuǎn)移患者比例差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義（χ2=6.09,P=0.01）。低免疫浸潤主要受到正向免疫調(diào)節(jié)相關(guān)通路和細(xì)胞刺激因子相關(guān)通路的調(diào)控,患者總... 

【文章來源】：中國腫瘤外科雜志. 2020,12(04)

【文章頁數(shù)】：8 頁

【部分圖文】：

三陰性乳腺癌免疫成分的一致性聚類分析

為了描述上述分析得到的5個(gè)免疫分組生物學(xué)標(biāo)志物(FOLH1、WDR18、LINC00638、OAS3、SETDB2)，我們采用WGCNA進(jìn)行共表達(dá)分析，再通過基因富集分析描述與此5個(gè)基因共表達(dá)模塊的生物學(xué)功能，推測此5個(gè)基因的生物學(xué)功能。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，F(xiàn)OLH1共表達(dá)在黑色模塊中，WDR18共表達(dá)在天青色模塊中，這兩個(gè)基因主要生物學(xué)功能與腫瘤增殖相關(guān);LINC00638共表達(dá)在棕色模塊中，主要生物學(xué)功能與T細(xì)胞激活等免疫相關(guān);OAS3共表達(dá)在黃綠色模塊中，主要生物學(xué)功能與病毒基因降解通路相關(guān);SETDB2被分類在灰色模塊中，由于灰色模塊為非聚類基因集合，所以SETDB2在TNBC中發(fā)揮的作用還需要進(jìn)一步研究。見圖7。圖3 低免疫浸潤組的功能富集分析

低免疫浸潤組的功能富集分析


本文編號：3521012