生信分析探索SPP1與EGFR突變NSCLC免疫逃逸的相關(guān)性
發(fā)布時(shí)間：2021-11-17 01:41
目的:本研究利用TCGA公共數(shù)據(jù)庫肺腺癌患者RNA-seq數(shù)據(jù)集分析EGFR突變對(duì)腫瘤微環(huán)境（Tumor Microenvironment,TME）的影響以及與分泌型磷蛋白1（secreted phosphoprotein 1,SPP1）介導(dǎo)免疫逃逸的相關(guān)性,為指導(dǎo)臨床治療提供新的思路。方法:通過卡方檢驗(yàn)或Fisher確切概率法分析不同臨床特征間在EGFR基因突變率的差異。采用Wilcoxon秩和檢驗(yàn)對(duì)比腫瘤組織和癌旁組織,以及EGFR突變型和野生型患者SPP1的表達(dá)差異。利用CIBERSORT分析TCGA肺腺癌患者22種免疫細(xì)胞浸潤情況,分別對(duì)比EGFR基因突變以及SPP1表達(dá)差異對(duì)免疫細(xì)胞浸潤影響。本研究使用R（3.4.3版本）和SPSS軟件（26.0版本）進(jìn)行分析和作圖,以P<0.05表示差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。結(jié)果:1.EGFR基因突變與患者臨床特征的關(guān)系EGFR基因突變率在不同性別存在差異,女性較男性更容易發(fā)生（P=0.002）。不同年齡組、種族、TNM、Stage分期的患者EGFR基因突變率未發(fā)現(xiàn)統(tǒng)計(jì)學(xué)差異。TP53野生型和突變型患者伴隨EGFR突變概率未觀察到顯著差異（...
【文章來源】：河北醫(yī)科大學(xué)河北省
【文章頁數(shù)】：41 頁
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【部分圖文】：
EGFR野生型（藍(lán)）與EGFR突變型（紅）患者TME中22種免疫細(xì)胞浸潤差異Fig.1Differencesininfiltrationof22typesofimmunecellsinTMEbetween
14圖2.不同組織SPP1表達(dá)情況Fig.2ExpressionofSPP1indifferenttissuesTheexpressionofSPP1intumortissuesaresignificantlyhigherthanparacanceroustissues（A）,andtheexpressionofSPP1inEGFRmutantpatientsaresignificantlyhigherthanEGFRwild-typepatients（B）4.SPP1高表達(dá)組與低表達(dá)組22種免疫細(xì)胞浸潤差異為了研究SPP1的表達(dá)水平對(duì)免疫微環(huán)境的影響，我們運(yùn)用CIBERSORT探索了高和低SPP1表達(dá)組中22種免疫細(xì)胞浸潤比例的差異情況。結(jié)果如圖3所示，低表達(dá)組208例和高表達(dá)組232例符合篩選標(biāo)準(zhǔn)。與低表達(dá)組相比，SPP1高表達(dá)組靜止的NK細(xì)胞（P=0.047），M0型巨噬細(xì)胞（P<0.001），M2型巨噬細(xì)胞（P=0.0014），嗜中性粒細(xì)胞（P<0.001）所占比例更高。相反，與高表達(dá)組相比，SPP1低表達(dá)組幼稚B細(xì)胞（P=0.025），記憶B細(xì)胞（P=0.012），CD8+T細(xì)胞（P<0.001），記憶性CD4+T細(xì)胞（P=0.019），濾泡輔助性T細(xì)胞（P=0.039），激活的NK細(xì)胞（P=0.033），激活的樹突狀細(xì)胞（P=0.0083），靜止的肥大細(xì)胞（P<0.001）所占比例更高。因此，這些發(fā)現(xiàn)表明SPP1高表達(dá)組M2型巨噬細(xì)胞所占比例明顯更高，CD8+T細(xì)胞，B細(xì)胞，濾泡輔助性T細(xì)胞，NK細(xì)胞以及激活的樹突狀細(xì)胞等免疫效應(yīng)細(xì)胞浸潤程度較少。
15圖3SPP1低表達(dá)（藍(lán)）與SPP1高表達(dá)（紅）患者TME中22種免疫細(xì)胞浸潤差異Fig.3Differencesininfiltrationof22typesofimmunecellsinTMEbetweenSPP1lowexpression(blue)vsSPP1highexpression(red)patients5.SPP1表達(dá)與免疫細(xì)胞浸潤的相關(guān)性分析我們對(duì)SPP1表達(dá)與不同免疫細(xì)胞浸潤程度的Spearman相關(guān)性分析發(fā)現(xiàn)，發(fā)現(xiàn)SPP1的表達(dá)增加與CD8+T細(xì)胞（r=-0.374）、中央型CD4+記憶T細(xì)胞（r=-0.236）、濾泡輔助T細(xì)胞（r=-0.276）、激活的NK細(xì)胞（r=-0.208）、激活的樹突狀細(xì)胞（r=-0.157）浸潤程度呈負(fù)相關(guān)；與巨噬細(xì)胞（r=0.405）、M2型巨噬細(xì)胞（r=0.285）、靜止的樹突狀細(xì)胞（r=0.155）呈正相關(guān)。
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]常用腫瘤基因分析方法及基于TCGA數(shù)據(jù)庫的分析應(yīng)用[J]. 李鑫,李夢(mèng)瑋,張依楠,徐寒梅. 遺傳. 2019(03)
本文編號(hào)：3499978
【文章來源】：河北醫(yī)科大學(xué)河北省
【文章頁數(shù)】：41 頁
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【部分圖文】：
EGFR野生型（藍(lán)）與EGFR突變型（紅）患者TME中22種免疫細(xì)胞浸潤差異Fig.1Differencesininfiltrationof22typesofimmunecellsinTMEbetween
14圖2.不同組織SPP1表達(dá)情況Fig.2ExpressionofSPP1indifferenttissuesTheexpressionofSPP1intumortissuesaresignificantlyhigherthanparacanceroustissues（A）,andtheexpressionofSPP1inEGFRmutantpatientsaresignificantlyhigherthanEGFRwild-typepatients（B）4.SPP1高表達(dá)組與低表達(dá)組22種免疫細(xì)胞浸潤差異為了研究SPP1的表達(dá)水平對(duì)免疫微環(huán)境的影響，我們運(yùn)用CIBERSORT探索了高和低SPP1表達(dá)組中22種免疫細(xì)胞浸潤比例的差異情況。結(jié)果如圖3所示，低表達(dá)組208例和高表達(dá)組232例符合篩選標(biāo)準(zhǔn)。與低表達(dá)組相比，SPP1高表達(dá)組靜止的NK細(xì)胞（P=0.047），M0型巨噬細(xì)胞（P<0.001），M2型巨噬細(xì)胞（P=0.0014），嗜中性粒細(xì)胞（P<0.001）所占比例更高。相反，與高表達(dá)組相比，SPP1低表達(dá)組幼稚B細(xì)胞（P=0.025），記憶B細(xì)胞（P=0.012），CD8+T細(xì)胞（P<0.001），記憶性CD4+T細(xì)胞（P=0.019），濾泡輔助性T細(xì)胞（P=0.039），激活的NK細(xì)胞（P=0.033），激活的樹突狀細(xì)胞（P=0.0083），靜止的肥大細(xì)胞（P<0.001）所占比例更高。因此，這些發(fā)現(xiàn)表明SPP1高表達(dá)組M2型巨噬細(xì)胞所占比例明顯更高，CD8+T細(xì)胞，B細(xì)胞，濾泡輔助性T細(xì)胞，NK細(xì)胞以及激活的樹突狀細(xì)胞等免疫效應(yīng)細(xì)胞浸潤程度較少。
15圖3SPP1低表達(dá)（藍(lán)）與SPP1高表達(dá)（紅）患者TME中22種免疫細(xì)胞浸潤差異Fig.3Differencesininfiltrationof22typesofimmunecellsinTMEbetweenSPP1lowexpression(blue)vsSPP1highexpression(red)patients5.SPP1表達(dá)與免疫細(xì)胞浸潤的相關(guān)性分析我們對(duì)SPP1表達(dá)與不同免疫細(xì)胞浸潤程度的Spearman相關(guān)性分析發(fā)現(xiàn)，發(fā)現(xiàn)SPP1的表達(dá)增加與CD8+T細(xì)胞（r=-0.374）、中央型CD4+記憶T細(xì)胞（r=-0.236）、濾泡輔助T細(xì)胞（r=-0.276）、激活的NK細(xì)胞（r=-0.208）、激活的樹突狀細(xì)胞（r=-0.157）浸潤程度呈負(fù)相關(guān)；與巨噬細(xì)胞（r=0.405）、M2型巨噬細(xì)胞（r=0.285）、靜止的樹突狀細(xì)胞（r=0.155）呈正相關(guān)。
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]常用腫瘤基因分析方法及基于TCGA數(shù)據(jù)庫的分析應(yīng)用[J]. 李鑫,李夢(mèng)瑋,張依楠,徐寒梅. 遺傳. 2019(03)
本文編號(hào)：3499978
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