肺癌是一種具有高侵襲性、高轉(zhuǎn)移率和高發(fā)病率的癌癥,死亡率占世界首位。肺腺癌（Lung Adenocarcinoma,LUAD）是診斷最多的肺癌亞型,在其早期階段沒有明顯的癥狀,并且在可被檢測時已經(jīng)發(fā)生了腫瘤的侵襲和轉(zhuǎn)移。LUAD生物學(xué)的深入研究有助于研發(fā)出更有效和更具有針對性的藥物。三維染色質(zhì)結(jié)構(gòu)在基因表達調(diào)控、細(xì)胞多樣性與同一性以及組織發(fā)育中都有著不可或缺的作用。其中TAD是兆堿基尺度上的結(jié)構(gòu)單元,特點是區(qū)域內(nèi)相比區(qū)域外具有更高水平的相互作用。作為染色體組織的模塊化和動態(tài)單位,TAD邊界的破壞會影響長距離的基因調(diào)控,進而引起致病性的表型。在這項研究中,我們通過整合肺部細(xì)胞系的Hi-C數(shù)據(jù)和LUAD患者的高通量數(shù)據(jù)集,建立了LUAD預(yù)后評估模型。該模型篩選出了34個預(yù)后相關(guān)邊界特征（prognostic-related boundary features,PRBFs）,將其表達量水平和危險系數(shù)用于構(gòu)建LUAD患者的風(fēng)險評分系統(tǒng)。研究提出交互頻率加權(quán)DLR值（the interaction frequency-weighted DLR,WDLR）的概念表征給定區(qū)域內(nèi)的染色質(zhì)結(jié)構(gòu)緊縮水平,... 

【文章來源】：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：56 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
縮略語表
1 前言
    1.1 肺腺癌概述
    1.2 染色體三維結(jié)構(gòu)概述
        1.2.1 染色體三維結(jié)構(gòu)
        1.2.2 染色質(zhì)構(gòu)象捕獲技術(shù)及其衍生技術(shù)
        1.2.3 Hi-C技術(shù)及其數(shù)據(jù)分析方法
    1.3 癌癥中三維基因組的異常結(jié)構(gòu)
    1.4 DNA甲基化修飾影響染色體三維結(jié)構(gòu)
    1.5 本文中所用的算法——隨機森林簡介
    1.6 研究的目的與意義
2 材料和方法
    2.1 實驗主要軟件
        2.1.1 Cytoscape
        2.1.2 TCGA
    2.2 數(shù)據(jù)來源
    2.3 實驗方法
        2.3.1 TAD邊界的富集分析
        2.3.2 LUAD預(yù)后模型的構(gòu)建
        2.3.3 風(fēng)險評分公式的建立和驗證
        2.3.4 染色質(zhì)3D空間結(jié)構(gòu)分析
        2.3.5 PRBFs的網(wǎng)絡(luò)生成和可視化
3 結(jié)果與分析
    3.1 TAD邊界的富集分析
    3.2 確定TAD邊界的預(yù)后相關(guān)性
    3.3 染色質(zhì)3D空間結(jié)構(gòu)分析
    3.4 PRBFS的網(wǎng)絡(luò)表征和可視化
4 討論
5 總結(jié)與展望
參考文獻
附錄
    附錄 A
    附錄 B
    附錄 C
    附錄 D
致謝



本文編號：3469312