基于TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)探究甲狀腺癌中Fibronectin 1表達(dá)及臨床意義分析
發(fā)布時(shí)間:2021-10-10 02:25
目的:甲狀腺癌是美國(guó)女性最常見(jiàn)的癌癥,2015年男性和女性的新增病例估計(jì)超過(guò)62萬(wàn)例。全球范圍內(nèi)的發(fā)病率繼續(xù)上升。分化型甲狀腺癌是甲狀腺癌最常見(jiàn)的病理類(lèi)型,絕大多數(shù)患者經(jīng)手術(shù)、放射性碘治療及TSH抑制治療能獲得良好預(yù)后。但仍有部分患者腫瘤復(fù)發(fā)甚至死亡。本研究著重研究Fibronectin 1(FN 1)在甲狀腺癌的表達(dá)情況,探討FN 1與甲狀腺癌臨床病理特征的關(guān)系,以及其在甲狀腺癌發(fā)生、進(jìn)展中的可能機(jī)制,希望為靶向治療研發(fā)提供靶點(diǎn)。方法:從癌癥基因組圖譜(The Cancer Genome Atlas,TCGA)數(shù)據(jù)庫(kù)下載甲狀腺癌中FN 1的RNA SEqV2資料和臨床信息,分別采用SPSS進(jìn)行數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)比較甲狀腺癌組織和非腫瘤甲狀腺組織FN 1的表達(dá),利用linkedomics在線分析系統(tǒng)總結(jié)Fibronectin 1與臨床病理參數(shù)的關(guān)系,使用Kaplan-Meier Plotter進(jìn)行無(wú)復(fù)發(fā)生存期比較,通過(guò)linkedomics在線系統(tǒng)中的基因富集分析(GSEA)分析預(yù)測(cè)可能相關(guān)的信號(hào)通路。結(jié)果:(1)FN 1在甲狀腺癌組織中的mRNA表達(dá)顯著增高(16.6630±0.3786 vs...
【文章來(lái)源】:蘭州大學(xué)甘肅省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】:172 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
中文摘要
Abstract
第一章 緒論
1.1 甲狀腺癌概述
1.2 影響甲狀腺癌預(yù)后的因素
1.2.1 腫瘤組織學(xué)因素
1.2.2 腫瘤大小
1.2.3 淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移
1.2.4 甲狀腺癌的周?chē)䴘?rùn)
1.2.5 遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移
1.2.6 癌基因
1.2.7 年齡
1.2.8 性別
1.2.9 治療相關(guān)因素
1.2.10 腫瘤分期系統(tǒng)
1.3 甲狀腺癌臨床表現(xiàn)
1.3.1 甲狀腺結(jié)節(jié)
1.3.2 濾泡上皮細(xì)胞源性的甲狀腺癌變
1.3.3 甲狀腺髓樣癌
1.3.4 甲狀腺結(jié)節(jié)的超聲特征與細(xì)針穿刺活檢指征
1.3.5 手術(shù)方法
1.4 甲狀腺癌的遺傳學(xué)異常
1.4.1 BRAF
1.4.2 RET/PTC重排
1.4.3 MAPK信號(hào)通路
1.4.4 PI3K/AKT信號(hào)通路
1.4.5 RAS信號(hào)通路
1.4.6 PAX8/PPARγ重排
1.4.7 P53基因變異
1.4.8 Wnt信號(hào)通路
1.4.9 NF-κB信號(hào)通路
1.4.10 HIF-1信號(hào)通路
1.5 甲狀腺癌靶向治療的分子途徑
1.5.1 BRAF靶向治療
1.5.2 RET突變和RET/PTC靶向治療
1.5.3 RAS的點(diǎn)突變靶向治療
1.5.4 PI3K靶向治療
1.5.5 PPAR靶向治療
1.5.6 NF-κB靶向治療
1.6 Fibronectin的概述
1.6.1 自我組裝和原纖維生成
1.6.2 FN和膠原蛋白
1.6.3 FN是臨時(shí)細(xì)胞外基質(zhì)
1.6.4 FN作為細(xì)胞粘附的底物
1.6.5 FN是生長(zhǎng)因子的作用靶點(diǎn)之一
1.6.6 利用FN結(jié)合相關(guān)伴侶分子
1.7 Fibronectin1調(diào)節(jié)腫瘤發(fā)生
1.7.1 腫瘤發(fā)生中FN的構(gòu)象和作用機(jī)制
1.7.2 基于FN腫瘤治療方法的進(jìn)展
第二章 基于TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)探究Fibronectin1與甲狀腺癌臨床病理特點(diǎn)的相關(guān)性分析
2.1 實(shí)驗(yàn)材料工具
2.1.1 實(shí)驗(yàn)材料
2.1.2 工具與軟件
2.2 實(shí)驗(yàn)方法
2.2.1 甲狀腺癌FN1表達(dá)情況分析
2.2.2 甲狀腺癌中FN1與臨床病理特點(diǎn)的相關(guān)性分析
2.2.3 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法
2.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
2.3.1 甲狀腺癌與非腫瘤甲狀腺組織的FN1差異表達(dá)
2.3.2 甲狀腺癌組織FN1表達(dá)及臨床病理相關(guān)性
2.4 討論
第三章 基于TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)探究Fibronectin1與甲狀腺癌患者無(wú)病生存的相關(guān)性分析
3.1 實(shí)驗(yàn)材料
3.2 實(shí)驗(yàn)方法
3.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
3.4 討論
第四章 基于GSEA的KEGGpathway結(jié)合既往甲狀腺癌的經(jīng)典研究靶點(diǎn)進(jìn)行FN1的基因富集分析
4.1 實(shí)驗(yàn)材料
4.2 實(shí)驗(yàn)方法
4.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
4.3.1 FN1的相關(guān)通路分析和熱圖資料
4.3.2 正相關(guān)通路
4.3.3 負(fù)相關(guān)通路
4.3.4 富集基因集的優(yōu)化篩選結(jié)果
4.4 討論
第五章 結(jié)論
5.1 主要結(jié)論
5.2 研究展望
參考文獻(xiàn)
在學(xué)期間的研究成果
致謝
本文編號(hào):3427463
【文章來(lái)源】:蘭州大學(xué)甘肅省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】:172 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
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Abstract
第一章 緒論
1.1 甲狀腺癌概述
1.2 影響甲狀腺癌預(yù)后的因素
1.2.1 腫瘤組織學(xué)因素
1.2.2 腫瘤大小
1.2.3 淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移
1.2.4 甲狀腺癌的周?chē)䴘?rùn)
1.2.5 遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移
1.2.6 癌基因
1.2.7 年齡
1.2.8 性別
1.2.9 治療相關(guān)因素
1.2.10 腫瘤分期系統(tǒng)
1.3 甲狀腺癌臨床表現(xiàn)
1.3.1 甲狀腺結(jié)節(jié)
1.3.2 濾泡上皮細(xì)胞源性的甲狀腺癌變
1.3.3 甲狀腺髓樣癌
1.3.4 甲狀腺結(jié)節(jié)的超聲特征與細(xì)針穿刺活檢指征
1.3.5 手術(shù)方法
1.4 甲狀腺癌的遺傳學(xué)異常
1.4.1 BRAF
1.4.2 RET/PTC重排
1.4.3 MAPK信號(hào)通路
1.4.4 PI3K/AKT信號(hào)通路
1.4.5 RAS信號(hào)通路
1.4.6 PAX8/PPARγ重排
1.4.7 P53基因變異
1.4.8 Wnt信號(hào)通路
1.4.9 NF-κB信號(hào)通路
1.4.10 HIF-1信號(hào)通路
1.5 甲狀腺癌靶向治療的分子途徑
1.5.1 BRAF靶向治療
1.5.2 RET突變和RET/PTC靶向治療
1.5.3 RAS的點(diǎn)突變靶向治療
1.5.4 PI3K靶向治療
1.5.5 PPAR靶向治療
1.5.6 NF-κB靶向治療
1.6 Fibronectin的概述
1.6.1 自我組裝和原纖維生成
1.6.2 FN和膠原蛋白
1.6.3 FN是臨時(shí)細(xì)胞外基質(zhì)
1.6.4 FN作為細(xì)胞粘附的底物
1.6.5 FN是生長(zhǎng)因子的作用靶點(diǎn)之一
1.6.6 利用FN結(jié)合相關(guān)伴侶分子
1.7 Fibronectin1調(diào)節(jié)腫瘤發(fā)生
1.7.1 腫瘤發(fā)生中FN的構(gòu)象和作用機(jī)制
1.7.2 基于FN腫瘤治療方法的進(jìn)展
第二章 基于TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)探究Fibronectin1與甲狀腺癌臨床病理特點(diǎn)的相關(guān)性分析
2.1 實(shí)驗(yàn)材料工具
2.1.1 實(shí)驗(yàn)材料
2.1.2 工具與軟件
2.2 實(shí)驗(yàn)方法
2.2.1 甲狀腺癌FN1表達(dá)情況分析
2.2.2 甲狀腺癌中FN1與臨床病理特點(diǎn)的相關(guān)性分析
2.2.3 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法
2.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
2.3.1 甲狀腺癌與非腫瘤甲狀腺組織的FN1差異表達(dá)
2.3.2 甲狀腺癌組織FN1表達(dá)及臨床病理相關(guān)性
2.4 討論
第三章 基于TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)探究Fibronectin1與甲狀腺癌患者無(wú)病生存的相關(guān)性分析
3.1 實(shí)驗(yàn)材料
3.2 實(shí)驗(yàn)方法
3.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
3.4 討論
第四章 基于GSEA的KEGGpathway結(jié)合既往甲狀腺癌的經(jīng)典研究靶點(diǎn)進(jìn)行FN1的基因富集分析
4.1 實(shí)驗(yàn)材料
4.2 實(shí)驗(yàn)方法
4.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
4.3.1 FN1的相關(guān)通路分析和熱圖資料
4.3.2 正相關(guān)通路
4.3.3 負(fù)相關(guān)通路
4.3.4 富集基因集的優(yōu)化篩選結(jié)果
4.4 討論
第五章 結(jié)論
5.1 主要結(jié)論
5.2 研究展望
參考文獻(xiàn)
在學(xué)期間的研究成果
致謝
本文編號(hào):3427463
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