目的:神經(jīng)營(yíng)養(yǎng)蛋白3（Neurotrophin 3,NTF3）在許多生物學(xué)過(guò)程中發(fā)揮作用,尤其是對(duì)于神經(jīng)元細(xì)胞的存活與分化。但是,關(guān)于NTF3在實(shí)體腫瘤中的研究?jī)?nèi)容不多,目前也尚未有報(bào)道其在肝細(xì)胞癌（Hepatocellular carcinoma,HCC）中的作用。隨著生物信息技術(shù)的不斷更新與發(fā)展,這項(xiàng)研究通過(guò)大數(shù)據(jù)分析得到NTF3在肝癌中的表達(dá)量以及生存預(yù)后。對(duì)NTF3設(shè)置不同的表達(dá)水平進(jìn)行體外實(shí)驗(yàn),研究NTF3在HCC進(jìn)展中的功能,并揭示了其潛在的分子機(jī)制。方法:通過(guò)對(duì)公開(kāi)獲取的腫瘤基因組圖譜（The Cancer Genome Atlas,TCGA）數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行生物信息學(xué)分析,發(fā)現(xiàn)NTF3在肝癌組織及與其對(duì)應(yīng)的癌旁組織中的表達(dá)量及預(yù)后相關(guān)性分析。取80例臨床標(biāo)本利用實(shí)時(shí)定量PCR（Quantitative real time polymerase chain reaction,qRT-PCR）檢測(cè)技術(shù)用于驗(yàn)證NTF3在肝癌中的表達(dá)水平,同時(shí)將HCC組織的石蠟標(biāo)本進(jìn)行免疫組織化學(xué)研究（immunohistochemistry,IHC）用以察看NTF3的表達(dá)量。通過(guò)細(xì)胞計(jì)數(shù)試劑盒（C... 

【文章來(lái)源】：青島大學(xué)山東省

【文章頁(yè)數(shù)】：50 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)分析NTF3在肝癌中的表達(dá)結(jié)果

青島大學(xué)碩士學(xué)位論文18我們還可以從中分析顯示，與正常組織相比肝細(xì)胞癌組織中NTF3的表達(dá)量（圖1B）。從TCGA數(shù)據(jù)進(jìn)行的生存分析表明，NTF3的低表達(dá)與HCC患者的低生存有關(guān)，而NTF3的高表達(dá)則延長(zhǎng)了患者的生存（圖1C）。然后，我們根據(jù)腫瘤細(xì)胞系百科全書(shū)（CancerCellLineEncyclopedia，CCLE）數(shù)據(jù)庫(kù)查詢到NTF3在多種腫瘤中的表達(dá)情況，結(jié)果顯示，NTF3在肝癌組織中明顯下調(diào)（見(jiàn)圖2）。以上數(shù)據(jù)分析均表明，NTF3在肝癌組織中顯著低表達(dá)。圖2.CCLE數(shù)據(jù)庫(kù)分析NTF3在多種腫瘤中的表達(dá)量1.2臨床組織中驗(yàn)證NTF3在肝癌組織中表達(dá)下調(diào)然而，為了通過(guò)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證計(jì)算機(jī)模擬數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性，我們收集了80例原發(fā)初治肝癌手術(shù)患者的臨床樣本及其相對(duì)應(yīng)的癌旁組織，并通過(guò)qRT-PCR確定了HCC組織和與其對(duì)應(yīng)的鄰近非癌肝組織（adjacentnontumorouslivertissue，ANLT）中的NTF3mRNA的表達(dá)水平。數(shù)據(jù)顯示與生物信息學(xué)分析結(jié)果一致，與ANLT相比，HCC組織中NTF3的表達(dá)水平顯著降低（圖3A）。接下來(lái)我們將通過(guò)IHC來(lái)進(jìn)一步驗(yàn)證NTF3在樣本組織中的表達(dá)情況。HCC和ANLT樣品中NTF3染色的代表性圖像（圖3B）顯示，在肝癌組織中可以觀察到NTF3染色陰性，而與其對(duì)應(yīng)的ANLT組織中NTF3表達(dá)染色陽(yáng)性。qRT-PCR和IHC結(jié)果均表明NTF3在肝癌組織中表達(dá)下調(diào)。

結(jié)果19圖3.NTF3在組織樣本中的表達(dá)（A）實(shí)時(shí)定量PCR檢測(cè)NTF3在肝癌組織標(biāo)本及ANLT中的表達(dá)量（n=80）；（B）IHC檢測(cè)NTF3在肝癌組織及其對(duì)應(yīng)癌旁組織中的表達(dá)情況（n=80）。***代表P＜0.001。2.NTF3的體外表達(dá)及轉(zhuǎn)染效率分析2.1NTF3在肝癌細(xì)胞系中的表達(dá)情況為了探索NTF3的生物學(xué)功能，將使用HCC細(xì)胞系進(jìn)行體外實(shí)驗(yàn)。我們通過(guò)qRT-PCR測(cè)量了四種HCC細(xì)胞系（Huh7，SMMC-7721，HCCLM9和BEL-7402）和一種正常人肝細(xì)胞（HL-7702）中NTF3的mRNA表達(dá)水平。結(jié)果（見(jiàn)圖4）表明，與正常肝細(xì)胞相比，在四種HCC細(xì)胞系中NTF3的表達(dá)顯著下調(diào)。其中SMMC-7721細(xì)胞系中NTF3mRNA的表達(dá)量最低，而Huh-7細(xì)胞系中NTF3的表達(dá)水平最高。圖4.NTF3在5種細(xì)胞系中的表達(dá)量2.2建立過(guò)表達(dá)/干擾細(xì)胞株及效率分析

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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本文編號(hào)：3345208