背景:表觀遺傳學(xué)是研究不涉及核DNA序列變化的可逆的、可遺傳的表型。表觀遺傳學(xué)是一個(gè)具有穩(wěn)定遺傳特征的遺傳學(xué)分支,一般意義上認(rèn)為的化學(xué)修飾主要包括DNA和RNA甲基化、組蛋白修飾等。與DNA甲基化修飾相似,N⁶-甲基腺苷（m⁶A）作為整個(gè)轉(zhuǎn)錄組中最常見的轉(zhuǎn)錄后RNA修飾在最近幾年中引起了很多的關(guān)注。m⁶A甲基化修飾可由m⁶A“編碼器”發(fā)生甲基化,編碼器是由核心催化組分（METTL3/METTL14/WTAP）和以及其他調(diào)節(jié)劑因子組成的,并由m⁶A甲基化“擦碼器”（FTO和ALKBH5）發(fā)生去甲基化。m⁶A的功能由直接與m⁶A“讀碼器”（主要是包括含有YTH結(jié)構(gòu)域的蛋白質(zhì)）執(zhí)行。材料以及方法:我們選取4對(duì)胃癌組織以及相對(duì)應(yīng)的癌旁組織,借助于MeRIP-seq等實(shí)驗(yàn)技術(shù),首次構(gòu)建胃癌了m⁶A轉(zhuǎn)錄組修飾圖譜,并深度揭示RNA m⁶A甲基化修飾在胃癌和正常癌旁組織間的共性和差異性的調(diào)控功能。結(jié)果:1... 

【文章來源】：江蘇大學(xué)江蘇省

【文章頁數(shù)】：98 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

MeRIP-seq流程圖

胃癌m6A甲基化相關(guān)分子篩選初步研究20*對(duì)于分光光度計(jì)，純RNA的O.D.A260/A280比值應(yīng)接近2.0(可接受1.8和2.1之間的比值)。外徑A260/A230的比值應(yīng)大于1.8。3.1.2RNA完整性質(zhì)控另外進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳實(shí)驗(yàn)檢測(cè)RNA樣本的完整性，完整的RNA樣本的電泳結(jié)果應(yīng)為5S、18S、28S的三條電泳條帶均清晰。而我們電泳結(jié)果顯示各組樣本總RNA的三條帶都清晰完整，表明提取的總RNA樣本非常好的完整性(圖3.1)。圖3.1總RNA電泳圖Figure3.1TotalRNAelectrophoresis3.1.3MeRIP的質(zhì)量評(píng)價(jià)(表3.2)。表3.2NanoDropND-1000用于RNA定量和質(zhì)量保證Table3.2RNAQuantificationandQualityAssurancebyNanoDropND-1000.SampleIDSampleNameConc.(ng/μl)Volume(μl)Quantity(μg)MeRIP-seq1737511T.IP18.86100.192737511N.IP17.9100.183737789T.IP26.67100.274737789N.IP13.48100.135738156T.IP12.58100.136738156N.IP14.79100.157739939T.IP2.78100.038739939N.IP4.96100.05RNA-seq1737511T.Input1568.69148232.172737511N.Input1189.53148176.053737789T.Input1175.56745875.794737789N.Input977.32345337.175738156T.Input973.36345335.816738156N.Input1571.89148232.647739939T.Input543.1814880.398739939N.Input748.03148110.713.1.4RNA文庫質(zhì)控(表3.3-表3.4)

江蘇大學(xué)碩士學(xué)位論文23m6Apeaks，相關(guān)聯(lián)胃癌組織中4259個(gè)基因的轉(zhuǎn)錄本；在正常癌旁組織中有4093個(gè)m6Apeaks，相關(guān)聯(lián)正常胃組織中3174個(gè)基因的轉(zhuǎn)錄本。圖3.2中的Venn圖顯示了個(gè)體間m6ARNA的差異和重疊。其中，在胃癌組織和正常胃組織中都檢測(cè)到1039個(gè)m6Apeaks(僅僅占腫瘤和正常組所有peaks中的12%)以及相關(guān)聯(lián)的1637個(gè)m6A修飾基因(同樣僅僅占腫瘤和正常組所有m6A修飾基因中的28%)，m6A重疊peak的低百分比表明兩組間m6A模式存在差異(圖3.2A-B)。通過分析每個(gè)m6A修飾基因的m6Apeak分布，我們發(fā)現(xiàn)大多數(shù)m6A修飾的基因有一到三個(gè)m6A修飾位點(diǎn)，而相對(duì)較少的基因則含有3個(gè)甚至更多的m6A修飾位點(diǎn)(圖3.2C)。ABC圖3.2轉(zhuǎn)錄本m6A序列與m6Apeak分析。(A)m6Apeaks。(B)m6Apeak相對(duì)應(yīng)的轉(zhuǎn)錄本。C)每個(gè)基因m6A修飾peak的分布；Figure3.2Transcriptomem6A-seqandanalysisofm6Apeaks.(A)m6Apeak.(B)m6Apeaks-representedtranscripts.(C)thedistributionofm6A-modifiedpeakspergene.RNA甲基化區(qū)的motif分析。RNA甲基化和去甲基化始于各種結(jié)合蛋白與甲基化位點(diǎn)的基序結(jié)合。motif本質(zhì)上是具有生物學(xué)意義的核酸序列模式，這些RNA


本文編號(hào)：3306808