肺癌作為發(fā)病率與病死率最高的癌癥類型之一,其致病機理與治療方法受到全世界研究者的廣泛關(guān)注。其中靶向治療與免疫治療是肺癌治療領(lǐng)域的熱點問題。發(fā)現(xiàn)癌癥的驅(qū)動基因與潛在靶點,與理解肺癌的成因、進行靶向藥物開發(fā)密切相關(guān),而治療性腫瘤疫苗的研究也被認為是個性化醫(yī)療的新方向。因此,本文利用高通量測序數(shù)據(jù)先對肺癌的驅(qū)動基因和特異性突變進行研究,然后建立了基于個體化突變序列的表位抗原預(yù)測分析平臺。本文首先重新搭建了對癌組織個體化突變序列進行獲取的分析流程,對肺癌樣本的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)以及全外顯子組數(shù)據(jù)進行分析。該分析流程與已有的高通量測序分析方法相比,更換了全新版本的參考序列,并引入了根據(jù)已知位點對測序比對文件的堿基值進行矯正的模型,使測序比對結(jié)果更加完整;在突變比對方面,使用了 GATK4與Varscan2兩個主流軟件進行突變發(fā)現(xiàn),同時使用MuSE作為輔助軟件以保證突變位點的完整性;而且該分析流程輸出的maf格式文件方便用于后續(xù)的進一步分析。之后本文繼續(xù)對得到的肺鱗癌與肺腺癌樣本的突變信息做了驅(qū)動基因分析。本文使用了基于聚類的OncodriveCLUST算法與基于通路富集的Multi-dendrix算法來... 

【文章來源】：北京化工大學(xué)北京市 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：74 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖１－１人類的ＭＨＣ的位置與分類??

?北京化工大學(xué)碩士學(xué)位論文???ＡＭＨＣ＂料ｔｆｉｗｉｙ??Ｐｒｐｔ＾ｍ?Ｓｎ?Ｃｅｉｍ＜Ｎｉ＊ｆｓＡｅ??ｔｉｈｅ?＜ｆＵ？ｏｌ?ｍ??ｍｍ！ｋｍ?？??Ｉ?ｉ??￣?ｉ??ｌ?／?＼?Ｎ??ｉＡ?—＾Ｍ?巨Ｕ?）??＼?ｙ?ｆ?－ｖｖ??ｉ??會??擊??馨??￥??圖１－２?ＭＨＣ－Ｉ類分子引發(fā)免疫的過程［３９］??Ｆｉｇｕｒｅ?１－２?Ｔｈｅ?ｐｒｏｃｅｓｓ?ｏｆ?ＭＨＣ－Ｉ?ｍｏｌｅｃｕｌｅ－ｉｎｄｕｃｅｄ?ｉｍｍｕｎｉｔｙ??如圖１－２，在組裝肽－ＨＬＡ－Ｉ復(fù)合物的情況下，內(nèi)源抗原蛋白被蛋白酶體切割，??所得肽通過與抗原加工相關(guān)的轉(zhuǎn)運蛋白（Ｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒ?ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ?ｗｉｔｈ?Ａｎｔｉｇｅｎ??Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ，ＴＡＰ）被帶到ＥＲ，最后將它們裝載到ＭＨＣ－Ｉ分子上。然后將生成??的復(fù)合物轉(zhuǎn)運到細胞表面，在ＣＤ８＋Ｔ淋巴細胞（ＣｙｔｏｔｏｘｉｃＴｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅ，ＣＴＬ）??上的ＴＣＲ識別該復(fù)合物。如圖１－３，?ＨＬＡ－ＩＩ分子的構(gòu)成性ａ鏈和Ｐ鏈在ＡＰＣ的??內(nèi)皮網(wǎng)（ＥＲ）中連接在一起，并與不變鏈（Ｉｉ）結(jié)合，以防止內(nèi)源性抗原進入結(jié)??合槽。然后，ＨＬＡ－ＩＩ分子在ＨＬＡ－ＩＩ隔室（ＭＩＩＣ）中載有源自蛋白水解消化外??源抗原的表位。產(chǎn)生的肽－ＨＬＡ－ＩＩ復(fù)合物被轉(zhuǎn)運到ＡＰＣ的表面，從而被ＣＤ４＋??Ｔ細胞上的ＴＣＲ識別［３８＼?ＣＴＬ在清除病毒感染的細胞和分泌趨化因子與細??胞因子以聚集其他免疫細胞作為細胞免疫的一部分方面發(fā)揮著至關(guān)重要的作用。??在人類和靈長類動物中進行的研究表明，它在鑒定細菌感染［４｜］和誘導(dǎo)腫瘤細胞??凋亡方面也起著

?第一章緒論???４ＤｅＳｆ？＾ｍｂｒ？ｎｒ??Ｉ??６．ＭＭＣ？Ｍ＿ｈｗ？ｙ?ｊ??ＡＰｔ?？??ｌ??ｉ??？??ＩＸＯｆＣＯＯＵ＊?ｍＫｍ?ＯＨＳ＾Ｘ?Ｉ?．．??一?Ｕ??＂?，?６＝Ｌ＿Ｌｓ＝５ｒ?ＣＷｔ１＾?＼??＾?ｕ?）??？??Ｃｏ％ｌ?Ｓ??ｉ??（／?＼?！??ｒ?＾－ｊ?＼?｜??圖１－３?ＭＨＣ－ＩＩ類分子引發(fā)免疫反應(yīng)的過程??Ｆｉｇｕｒｅ?１－３?Ｔｈｅ?ｐｒｏｃｅｓｓ?ｏｆ?ＭＨＣ－ＩＩ?ｍｏｌｅｃｕｌｅ－ｉｎｄｕｃｅｄ?ｉｍｍｕｎｉｔｙ??Ｔ細胞必須掃描多個細胞上的大量肽－ＭＨＣ復(fù)合物，以便盡快識別和消除威??脅，因此有效的免疫力要求最小的ＴＣＲ掃描時間和最大的抗原覆蓋率。因此，??ＴＣＲ和肽－ＭＨＣ復(fù)合物之間的親和力（以結(jié)合強度衡量）相對較弱，半衰期通常??以秒或微秒作為單位Ｐ＾Ｄａｓｈ等人［４５１根據(jù)識別特定肽－ＨＬＡ復(fù)合物的一系列ＴＣＲ??之間共享的序列相似性，開發(fā)了一種距離測量方法，該方法可根據(jù)存在的ＴＣＲ??進行鑒定和分類那些負責(zé)與肽－ＭＨＣ復(fù)合體互補的區(qū)域之一中的序列基序ｔ４６］。??需要注意的是，所有抗原多肽都必須與ＨＬＡ分子結(jié)合才能成為Ｔ細胞表位，??但并非所有ＨＬＡ結(jié)合多肽都是Ｔ細胞表位，因為并非所有抗原多肽都能真正激??活免疫系統(tǒng)。因此，抗原性肽和免疫原性肽之間的區(qū)別在于幾個關(guān)鍵的標(biāo)志性步??驟。第一個，是能夠?qū)㈦某蔬f到細胞表面的ＨＬＡ分子，第二個是可以提供合適??的ＴＣＲ［４７］。因此，免疫原性可以理解為Ｔ細胞識別并將其ＴＣＲ與特定肽ＨＬＡ??復(fù)合物結(jié)合并觸發(fā)免疫應(yīng)答，而抗原性僅僅是指ＴＣＲ與肽ＨＬＡ復(fù)合物的分子相??


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