目的基于網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫中胃癌和癌旁組織的RNA測序數(shù)據(jù)及臨床特征數(shù)據(jù),運(yùn)用系統(tǒng)生物學(xué)方法聯(lián)合機(jī)器學(xué)習(xí)算法進(jìn)行生物信息學(xué)分析,篩選出胃癌預(yù)后長鏈非編碼RNA（long noncoding RNA,lncRNA）分子標(biāo)志物,為研究胃癌發(fā)生發(fā)展的分子學(xué)機(jī)制提供參考。方法1從癌癥基因組圖譜官網(wǎng)下載胃癌和癌旁組織RNA測序數(shù)據(jù)及臨床特征數(shù)據(jù),提取lncRNA數(shù)據(jù)并進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化處理,運(yùn)用“edge R”函數(shù)包篩選胃癌差異表達(dá)lncRNA,采用加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析（Weighted Gene Correlation Network Analysis,WGCNA）鑒定與胃癌總體生存時間相關(guān)的lncRNA模塊。2運(yùn)用最小化絕對收縮和選擇算子（Least Absolute Shrinkage and Selection Operator,LASSO）算法對模塊內(nèi)lncRNA構(gòu)建胃癌預(yù)后lncRNA模型,繪制受試者工作特征曲線（Receiver Operating Characteristic,ROC）并計(jì)算曲線下面積（Area Under Curve,AUC）評價模型。根據(jù)模型計(jì)算胃癌和癌旁樣本對應(yīng)的風(fēng)險評分... 

【文章來源】：華北理工大學(xué)河北省

【文章頁數(shù)】：75 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

鑒定胃癌預(yù)后lncRNA模塊的研究步驟圖

-8-II127(30%)12(37%)III199(64%)20(63%)X9(3%)0(0%)表1中包含5個臨床特征，其中1個臨床特征屬于等級數(shù)據(jù)，即病理分級（Grade），分為病理I級、病理II級、病理III級，分級不能明確的則劃分為病理X級；其中2個臨床特征數(shù)據(jù)屬于分類數(shù)據(jù)，即性別（男/女）、生存狀態(tài)（存活/死亡）；年齡（≥65歲/<65歲）和總體生存時間（≥2000天/<2000天，5年近似于2000天）這2個臨床特征數(shù)據(jù)為連續(xù)性數(shù)值數(shù)據(jù)�！癱hisq.test()”函數(shù)對胃癌和癌旁組織樣本基線特征進(jìn)行卡方（χ2）檢驗(yàn)，發(fā)現(xiàn)在性別、年齡、總體生存時間、最終生存狀態(tài)及病理分級方面胃癌和癌旁組織樣本之間P值均大于0.05，差異不具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。結(jié)果提示研究納入特征與胃癌組織與否無明顯相關(guān)性，該數(shù)據(jù)分布進(jìn)行胃癌預(yù)后lncRNA分子標(biāo)志物的篩選研究較為合理。1.2.2篩選胃癌差異表達(dá)lncRNA針對預(yù)處理得到的14448個lncRNA表達(dá)數(shù)據(jù)，運(yùn)行“edgeR”函數(shù)包進(jìn)行胃癌差異表達(dá)lncRNA的篩選，并繪制胃癌差異表達(dá)lncRNA火山圖（圖2）。本研究共篩選得到3301個胃癌差異表達(dá)lncRNA，其中有2439個lncRNA表達(dá)上調(diào)（紅色），862個lncRNA表達(dá)下調(diào)（綠色）。圖2胃癌差異表達(dá)lncRNA火山圖

-9-將edgeR函數(shù)篩選所得胃癌差異表達(dá)lncRNA對應(yīng)統(tǒng)計(jì)量進(jìn)行匯總，按所得P值從小到大進(jìn)行排序，一般認(rèn)為P值越小代表差異表達(dá)性越顯著，依據(jù)P值選擇差異表達(dá)最顯著的前10個lncRNA，并列表如表2。表2胃癌差異表達(dá)最顯著前10個lncRNAIndexGeneIDLogFCLogCPMP-ValueFDR1IL12A.AS1-3.625.041.17e-621.25e-582ADAMTS9.AS1-2.996.503.43e-511.82e-473RP11-867G23.10-3.326.134.63e-461.64e-424RP11-770J1.3-1.985.481.39e-443.69e-415AL928768.3-4.006.847.19e-441.53e-406AF131217.1-2.755.439.30e-421.65e-387AC090616.2-2.305.941.26e-401.92e-378RP11-613D13.8-2.554.876.16e-388.19e-359AC067959.1-3.843.337.87e-389.32e-3510HCG22-4.667.273.00e-373.20e-341.2.3構(gòu)建加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)以動態(tài)剪切樹法進(jìn)行聚類分析，選取剪切高度50000為標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行剪切，保留高度較為一致的數(shù)據(jù)，繪制聚類圖（如圖3）。紅線代表剪切高度50000，紅線以上代表去除數(shù)據(jù)，去除4例胃癌樣本數(shù)據(jù)，保留紅線以下的373例胃癌和癌旁組織樣本數(shù)據(jù)進(jìn)行加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建。圖3聚類圖

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本文編號：3254673