[目 的]使用生物信息學方法對Gene Expression Omnibus（GEO）數(shù)據(jù)庫中高通量測序的微陣列數(shù)據(jù)進行了分析,從有淋巴結轉移（N+）與無淋巴結轉移（NO）的宮頸癌組織樣本間差異表達的基因（DEGs）中篩選出參與膜囊泡運輸?shù)南嚓P基因分泌型載體膜蛋白（secretory carrier membrane protein 1,SCAMP1）,并進一步通過在線工具預測,得到可能調控SCAMP1的miRNA-miR-194-5p。基于以上的分析結果,我們進一步在宮頸癌細胞系、N+和NO的宮頸癌組織樣本中檢測miR-194-5p和SCAMP1的表達水平,并擬進一步在宮頸癌細胞系中研究miR-194-5p和SCAMP1分別對細胞遷移和侵襲能力的影響;最后,擬在宮頸癌細胞系中尋找miR-194-5p靶向調控SCAMP1基因的直接證據(jù)。[方 法]1、運用生物信息學的方法對Gene Expression Omnibus（GEO）數(shù)據(jù)庫中高通量測序的微陣列數(shù)據(jù)進行了分析,獲得宮頸癌組織N+和NO之間表達差異基因（DEGs）和差異微小RNA（DEMs）,從DEGs中篩選出參與膜囊泡運輸相關的... 

【文章來源】：昆明醫(yī)科大學云南省

【文章頁數(shù)】：66 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖２鑒定ｓｔａｒＢａｓｅ和ＴａｒｇｅｔＳｃａｎ中調控ＳＣＡＭＰＩ表達的重脅ｍｉＲＮＡ??

ＧＳＥ７４１０／３４８１?２／ＳＣＡＭＰ１??０６?｜???１３?１３?Ｏ?Ｃ３?ａ?ｔ３?Ｃ３ｔ３ａ〇〇ｔ３〇ａｔ３ｔ３ｕｔ３ａ〇ａ?ｔＳＣＪＯａＵａａｏｃａ?ＣＪ?〇?ｔ３?〇?ａ??ｗｉｔｈｏｕｔ?Ｖｍｐｈ?ｎｏｄｅ?ｍｅｔｓｓｔａｓｂ?Ｖｒｎｐｈ?ｎｏｄｅ??？?ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ?ｖａｌｕｅ??圖１?ＧＳＥ７４１０數(shù)據(jù)集中ＳＣＡＭＰＩ在各樣本組織中的表達??１．２預測得到ｍｉＲ－１９４－５ｐ可能靶向調控ＳＣＡＭＰＩ的表達??使用ＴａｒｇｅｔＳｃａｎ預測結果顯示約２７６個ｍｉＲＮＡ可能調控ＳＣＡＭＰＩ；?ｓｔａｒＢａｓｅ??預測結果顯示約５８個ｍｉＲＮＡ可能調控ＳＣＡＭＰＩ?；使用ＦｕｎＲｉｃｈ３．１．３??（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｆｉｍｒｉｃｈ．ｏｒｇ／）功能富集分析工具繪制維恩圖，篩選出３１個在ｓｔａｒＢａｓｅ??和ＴａｒｇｅｔＳｃａｎ中重疊的ｍｉＲＮＡ?（圖２?）；進一步分析比較后發(fā)現(xiàn)ｍｉＲＮＡ?：??ｍｉＲ－１９４－５ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－２００ｃ－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－２００ｂ－３ｐ、ｈｓａ－ｍｉＲ－４２９、ｈｓａ－ｍｉＲ－４４６５??等都有可能與ＳＣＡＭＰＩ相互作用（表３），而其中ｍｉＲ－１９４－５ｐ保守性更高，推測??其最有可能直接靶向調控ＳＣＡＭＰＩ的表達。同時在數(shù)據(jù)集ＧＳＥ１０２９６９中恰巧發(fā)??現(xiàn)ｍｉＲ－１９４－５ｐ在Ｎ＋和ＮＯ的宮頸癌組織之間有明顯差異；與ＮＯ組織相比，??ｍｉＲ－１９４－５ｐ?在?Ｎ＋的組織中表達下調，ｌｏｇＦＣ＝－２．２４，?ｐ＝０．０４７?（圖?３）。??２７６?３１?＆８??Ｖ?＾??圖２鑒定ｓｔａｒＢａｓｅ和ＴａｒｇｅｔＳｃａｎ中調控ＳＣＡＭＰＩ表達的重脅ｍｉ

ｅｄ?ｃｏｎｔｅｘｔ＋＋?ｓｃｏｒｅ：各轉錄本３’?ＵＴＲ??加權分值；ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ?ｂｒａｎｃｈ?ｌｅｎｇｔｈ：每個結合位點在物種之間的系統(tǒng)發(fā)育分支長度的總和；??Ｐｅｔ：物種間進化評分值。??ＧＳＥ１?０２９６９／ｈｓａ－ｍｉＲ－１?９４－５ｐ??ＰＩ??甬藍?Ｋ?Ｋ?Ｒ?Ｋ??ｇ?Ｓ?＾?ｇ?ｇ?ｇ??ＣＯ?ＣＯ?ｔｏ?（Ｏ?＜〇??Ｃ３?Ｃ３?Ｃ３?〇?Ｌ３?Ｃ３??ｗｉｌｈｏｕｔｌ＾ｎｐｈ?ｎｏｄ？?ｌｙｍｐｈ?ｎｏｄｅ??■?ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ?ｖａｌｕｅ??圖３?ＧＳＥ１０２９６９數(shù)據(jù)集中ｍｉＲ－１９４－５ｐ在各樣本組織中的表達??２標本收集??２０１９年２月－２０１９年８月在云南省腫瘤醫(yī)院婦科共采集６６例宮頸癌患者的??初始手術治療后的組織樣本；其中Ｎ＋組織樣本１３例，Ｎ０組織樣本５３例；每例??患者采集６管組織樣本；所采集樣本的臨床資料齊全，患者年齡介于３８－７１歲。??３４??


本文編號：3213599