本文的研究是基于基因表達(dá)數(shù)據(jù),采用計(jì)算的方法進(jìn)行腫瘤標(biāo)志物的預(yù)測(cè)及其發(fā)生機(jī)理分析。具體工作如下:1.本文對(duì)乳腺癌相關(guān)的標(biāo)志物進(jìn)行了識(shí)別和分析。基于TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)乳腺癌的RNA-Seq表達(dá)數(shù)據(jù),應(yīng)用Wilcoxon符號(hào)秩檢驗(yàn)識(shí)別差異表達(dá)基因;應(yīng)用基于支持向量機(jī)的遞歸特征消除方法,識(shí)別乳腺癌及其分化度和分期的基因標(biāo)志物;對(duì)識(shí)別出的基因標(biāo)志物應(yīng)用分泌入血液和尿液的蛋白預(yù)測(cè)方法,識(shí)別出乳腺癌及其分化度和分期的血液和尿液蛋白標(biāo)志物;采用GEO數(shù)據(jù)庫(kù)的乳腺癌基因表達(dá)數(shù)據(jù)對(duì)識(shí)別出的標(biāo)志物進(jìn)行驗(yàn)證,驗(yàn)證了識(shí)別出的標(biāo)志物的可信性。2.本文對(duì)慢性炎癥導(dǎo)致癌癥發(fā)生的機(jī)理進(jìn)行了分析。基于慢性炎癥的基因表達(dá)數(shù)據(jù),應(yīng)用差異表達(dá)檢驗(yàn)識(shí)別出各類炎癥的差異表達(dá)基因,并進(jìn)行pathway富集分析;基于免疫和組織修復(fù)相關(guān)細(xì)胞的基因表達(dá)數(shù)據(jù),應(yīng)用基于主成分回歸為基礎(chǔ)開(kāi)發(fā)的去卷積分析工具,評(píng)估各類炎癥中的細(xì)胞比例變化;基于缺氧的基因表達(dá)數(shù)據(jù),開(kāi)發(fā)了一個(gè)缺氧水平預(yù)測(cè)器,用來(lái)預(yù)測(cè)各類炎癥的缺氧情況;基于基因表達(dá)數(shù)據(jù),分析了各類炎癥的氧化壓力水平、鐵離子代謝和線粒體功能;此外,分析了糖胺聚糖及其他細(xì)胞間質(zhì)組分在易致癌的慢性炎癥中的作... 

【文章來(lái)源】：吉林大學(xué)吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：84 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
提要
摘要
Abstract
第1章 緒論
    1.1 本文的研究目的和意義
    1.2 本文的主要工作
    1.3 本文的結(jié)構(gòu)
第2章 數(shù)據(jù)來(lái)源和相關(guān)方法介紹
    2.1 生物數(shù)據(jù)概述
        2.1.1 生物數(shù)據(jù)定義與分類
        2.1.2 本文相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介
    2.2 數(shù)據(jù)挖掘概述
        2.2.1 數(shù)據(jù)挖掘定義
        2.2.2 數(shù)據(jù)挖掘過(guò)程
    2.3 本文使用的數(shù)據(jù)挖掘方法
        2.3.1 Wilcoxon符號(hào)秩檢驗(yàn)
        2.3.2 相關(guān)性分析法
        2.3.3 基于支持向量機(jī)的遞歸特征消除法
        2.3.4 主成分分析方法
第3章 乳腺癌的基因標(biāo)志物和蛋白標(biāo)志物的識(shí)別
    3.1 本章提要
    3.2 研究背景
    3.3 研究方法
        3.3.1 數(shù)據(jù)來(lái)源及處理
        3.3.2 乳腺癌差異表達(dá)基因的識(shí)別
        3.3.3 表達(dá)變化與分化度和分期相關(guān)的基因的識(shí)別
        3.3.4 分化度和分期相關(guān)基因的Pathway富集分析
        3.3.5 區(qū)分各分化度和分期的基因標(biāo)志物的識(shí)別
        3.3.6 分泌入血液和尿液的蛋白的編碼基因的識(shí)別
        3.3.7 評(píng)估過(guò)程
    3.4 研究結(jié)果
        3.4.1 乳腺癌的基因標(biāo)志物的識(shí)別與分析
        3.4.2 乳腺癌的蛋白標(biāo)志物的識(shí)別與分析
    3.5 本章小結(jié)
第4章 慢性炎癥導(dǎo)致癌癥發(fā)生的機(jī)理分析
    4.1 本章提要
    4.2 研究背景
    4.3 研究方法
        4.3.1 數(shù)據(jù)來(lái)源及處理
        4.3.2 數(shù)據(jù)整合、差異表達(dá)基因識(shí)別和pathway富集分析
        4.3.3 免疫和組織修復(fù)相關(guān)細(xì)胞的去卷積分析方法
        4.3.4 組織中缺氧水平和氧化壓力水平的預(yù)測(cè)方法
        4.3.5 評(píng)估過(guò)程
    4.4 研究結(jié)果
        4.4.1 慢性炎癥的差異表達(dá)基因識(shí)別及pathway富集分析
        4.4.2 慢性炎癥的免疫和組織修復(fù)相關(guān)細(xì)胞的去卷積分析
        4.4.3 慢性炎癥的缺氧水平預(yù)測(cè)及分析
        4.4.4 慢性炎癥的氧化壓力水平、鐵離子代謝和線粒體功能分析
        4.4.5 糖胺聚糖及其他細(xì)胞間質(zhì)組分在慢性炎癥中的作用
        4.4.6 慢性炎癥導(dǎo)致癌癥發(fā)生的機(jī)理模型構(gòu)建與分析
    4.5 本章小結(jié)
第5章 總結(jié)與展望
    5.1 研究總結(jié)
    5.2 研究展望
參考文獻(xiàn)
作者簡(jiǎn)介及在學(xué)期間所取得的科研成果
致謝



本文編號(hào)：3146207