目的篩選并驗(yàn)證與食管鱗癌相關(guān)的miRNA,探索miRNA與食管鱗癌患者生存及術(shù)后生命質(zhì)量變化的關(guān)系,以期發(fā)現(xiàn)食管鱗癌患者術(shù)后預(yù)后情況的生物標(biāo)志物。方法收集食管鱗癌手術(shù)患者的組織標(biāo)本,采用miRNA基因芯片技術(shù)篩選食管鱗癌患者癌與癌旁組織中差異表達(dá)的miRNA。利用TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)食管鱗癌患者癌與癌旁差異表達(dá)的miRNA進(jìn)行分析,對(duì)差異表達(dá)的miRNA進(jìn)行單因素COX回歸分析。結(jié)合miRNA基因芯片分析與TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)分析結(jié)果,初步探索與食管鱗癌患者預(yù)后相關(guān)的miRNA,并進(jìn)行靶基因預(yù)測(cè)與基因功能富集,為后續(xù)進(jìn)一步的分析與實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證提供基礎(chǔ)。利用qPCR技術(shù)對(duì)miRNA在食管鱗癌患者癌與癌旁組織中的差異表達(dá)以及食管鱗癌組織中miRNA的表達(dá)水平與食管鱗癌患者生存的關(guān)系進(jìn)行驗(yàn)證。采用EORTC QLQ-C30量表與QLQ-OES18量表,對(duì)食管鱗癌患者進(jìn)行生命質(zhì)量的隨訪調(diào)查,研究食管鱗癌患者術(shù)前生命質(zhì)量情況,并結(jié)合TTD模型,初步探討食管鱗癌患者術(shù)后生命質(zhì)量變化情況以及miRNA與生命質(zhì)量變化的關(guān)系。結(jié)果1、通過(guò)miRNA基因芯片分析發(fā)現(xiàn)了69個(gè)食管鱗癌患者癌與癌旁組織中差異表達(dá)的miRNA... 

【文章來(lái)源】：福建醫(yī)科大學(xué)福建省

【文章頁(yè)數(shù)】：97 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

中分化鱗狀細(xì)胞癌HE染色病理切片圖（樣本編號(hào)001）

意為每百萬(wàn) reads 中來(lái)自于某基因的 reads 數(shù)，考慮了測(cè)序深度對(duì)讀段計(jì)數(shù)的影響。排除在超過(guò)一半患者樣品中不表達(dá)的 miRNA，最后共對(duì) 709 個(gè) miRNA與食管鱗癌患者的預(yù)后關(guān)系進(jìn)行研究，輸出單因素COX回歸分析的P值與HR值。3.6 結(jié)合芯片與 TCGA 數(shù)據(jù)庫(kù)分析結(jié)果篩選目標(biāo) miRNA結(jié)合 miRNA 基因芯片分析結(jié)果與 TCGA 數(shù)據(jù)庫(kù)分析結(jié)果，共同確認(rèn)將要進(jìn)行后續(xù)驗(yàn)證的 miRNA。定義篩選標(biāo)準(zhǔn)為：1.在基因芯片分析結(jié)果中滿(mǎn)足 P＜0.05，F(xiàn)old-change＞3；2.TCGA 數(shù)據(jù)庫(kù)分析結(jié)果中滿(mǎn)足 FDR＜0.01，F(xiàn)old-change＞3；3.基因芯片分析結(jié)果與 TCGA 數(shù)據(jù)庫(kù)分析結(jié)果的 miRNA 表達(dá)調(diào)整方向一致；4.在利用 TCGA 數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行的單因素 COX 回歸分析中 P＜0.05。篩選流程的簡(jiǎn)明示意圖如圖 1.2 所示。

20圖 1.3 基于基因芯片分析的食管鱗癌組織與癌旁組織差異表達(dá)的 miRNA 熱圖。色越深代表表達(dá)量越高。001C、002C、003C、004C、005C 為食管鱗癌組織，001N、00003N、004N、005N 為癌旁組織。TCGA 數(shù)據(jù)庫(kù)分析結(jié)果應(yīng)用 TCGA 數(shù)據(jù)庫(kù)中 96 例食管鱗癌組織樣本以及 13 例癌旁組織樣本RNA-seq 數(shù)據(jù)，利用 R 語(yǔ)言的 edgeR 包[24; 31]進(jìn)行分析，以 FDR＜0.01 且差倍數(shù)大于 3 為篩選標(biāo)準(zhǔn)，得到差異表達(dá)的 miRNA 共 110 個(gè)，其中上調(diào)的 58


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