研究背景與目的根據(jù)全球癌癥統(tǒng)計報告2018年公布的數(shù)據(jù)顯示,肺癌新發(fā)病例在腫瘤中排名第二,死亡病例排名第一,是重大的公共衛(wèi)生問題。肺鱗癌是肺癌主要組織學(xué)類型之一,好發(fā)于男性,并與吸煙關(guān)系密切,目前肺鱗癌缺乏有效而準(zhǔn)確的早期診斷和預(yù)后的生物標(biāo)志物,臨床上早診率低而晚期復(fù)發(fā)轉(zhuǎn)移率高,患者總體生存率較低。因此,發(fā)現(xiàn)可以早期診斷、改善預(yù)后的肺鱗癌生物標(biāo)志物非常重要。microRNA（miRNA）是重要表觀遺傳分子,越來越多的證據(jù)表明miRNA參與調(diào)控腫瘤的發(fā)生發(fā)展,可作為新型的腫瘤標(biāo)志物。隨著測序技術(shù)的發(fā)展,越來越多高通量測序數(shù)據(jù)庫的產(chǎn)生為腫瘤研究提供了良好的平臺。腫瘤基因組圖譜（The Cancer Genome Atlas,TCGA）是目前最大的和最重要的癌癥基因信息數(shù)據(jù)庫,對其進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘,有利于發(fā)現(xiàn)更可靠的腫瘤生物標(biāo)志物,為更好地探索腫瘤發(fā)生發(fā)展的生物學(xué)機(jī)制提供線索。因此,本研究首先對TCGA數(shù)據(jù)庫中大樣本肺鱗癌測序數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,篩選肺鱗癌關(guān)鍵miRNAs及相關(guān)生物標(biāo)志,并在人群樣本中對TCGA數(shù)據(jù)分析結(jié)果進(jìn)行驗證。在此基礎(chǔ)上,選取在肺鱗癌中顯著下調(diào)、與肺鱗癌診斷和預(yù)后都相關(guān)的miR-... 

【文章來源】：東南大學(xué)江蘇省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：93 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

TCGA數(shù)據(jù)庫肺鱗癌相關(guān)miRNA生物信息學(xué)分析流程

根據(jù)是否有淋巴轉(zhuǎn)移數(shù)據(jù)統(tǒng)計：1轉(zhuǎn)移患者；此外，根據(jù)病理組織學(xué)數(shù)據(jù)統(tǒng)計： 243 例，進(jìn)展期肺鱗癌（Ⅲ-Ⅳ stage）為 50 例相關(guān)關(guān)鍵 miRNA 的篩選NA 測序數(shù)據(jù)按照圖 1 進(jìn)行分組比較，若 fold<0.05，則認(rèn)為是差異表達(dá)的 miRNA。結(jié)果顯織和癌旁對照組織之間呈現(xiàn)差異化表達(dá)，其中在四組比較中差異表達(dá)。為了進(jìn)一步提高生物組交集的 42 個異常表達(dá) miRNA 作為關(guān)鍵 m、肺鱗癌的淋巴轉(zhuǎn)移和分期三者都相關(guān)的 miR有 25 種（見圖 1.2、1.3 和表 1.1）。

圖 1.3 肺鱗癌差異化表達(dá)的 miRNAs 聚類分析Figure 1.3. Cluster analysis of consistently differential miRNA expression. Red indicates that the miRNA hashigher expression level; green indicates that the miRNA has lower expression. The samples at the end of“01” are cancerous tissues and the samples at the end of “11” are adjacent non-tumorous tissues.表 1.1 肺鱗癌差異化表達(dá)的交集 miRNAs 基本信息Table 1.1. Abnormal expression of intersection miRNAs in LUSC.miRNA Regulation miRNA_sequencing Fold-change*hsa-miR-144-5phsa-miR-486-5phsa-miR-144-3phsa-miR-338-5phsa-miR-133a-3phsa-miR-451adowndowndowndowndowndownGGAUAUCAUCAUAUACUGUAAGUCCUGUACUGAGCUGCCCCGAGUACAGUAUAGAUGAUGUACUAACAAUAUCCUGGUGCUGAGUGUUUGGUCCCCUUCAACCAGCUGAAACCGUUACCAUUACUGAGUU0.0850.090.0960.10.110.11

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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本文編號：2936259