研究背景和目的:乳腺癌是一種威脅性極強的惡性腫瘤,嚴重影響女性健康。對晚期的乳腺癌患者來說,轉(zhuǎn)移仍然是臨床上病人死亡的主要原因。蛋白激酶Cζ(Protein kinase Cζ,PKCζ)是非典型蛋白激酶C的異構體,是癌癥中的關鍵調(diào)節(jié)因子。然而,PKCζ蛋白分子在調(diào)控腫瘤發(fā)生和轉(zhuǎn)移的分子和細胞機制尚未完全了解。在這項研究中,我們結(jié)合蛋白質(zhì)組學和生物信息學分析建立了PKCζ的相互作用蛋白質(zhì)(Protein-protein interaction,PPI)網(wǎng)絡,進一步了解PKCζ在乳腺癌中的生物學作用。研究方法:選取乳腺癌細胞MDA-MB-231,通過免疫共沉淀和液相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用(Liquid chromatography tandem mass spectrometry,LC-MS/MS)的方法檢測PKCζ相互作用的蛋白質(zhì)。為了保證實驗的可信性和重復性,我們設定了兩個生物學重復和兩個技術重復。使用CRAPome數(shù)據(jù)庫對原始數(shù)據(jù)進行篩選過濾,其目的是消除潛在的假陽性結(jié)果。下一步將蛋白質(zhì)組學鑒定結(jié)果與數(shù)據(jù)庫檢索結(jié)合起來構建相互作用網(wǎng)絡。通過PANTHER和DAVID數(shù)據(jù)庫進行基因本體論(Gene ontology,GO)分析和信號通路分析。接下來,通過免疫共沉淀、免疫印跡和免疫熒光等方法,驗證PKCζ和蛋白磷酸酶2催化亞基α(Protein phosphatase 2catalytic subunit alpha,PPP2CA)之間的相互作用。此外,在大規(guī)模臨床樣本數(shù)據(jù)庫中進行分析,通過TCGA數(shù)據(jù)庫和COSMIC數(shù)據(jù)庫分析PKCζ和PPP2CA表達量水平并進行生存分析。結(jié)果:建立了以PKCζ為中心的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡,其中包含178個相互作用蛋白和1225個相互作用關系。對該網(wǎng)絡進行生物信息學分析,結(jié)果表明所鑒定的蛋白質(zhì)與調(diào)節(jié)癌癥相關細胞過程的幾個關鍵信號傳導途徑顯著相關。結(jié)論:通過結(jié)合蛋白質(zhì)組學和生物信息學分析,構建了以PKCζ為中心的PPI網(wǎng)絡,使我們對PKCζ在乳腺癌調(diào)節(jié)和細胞生物學方面的作用有了更全面的了解。
【學位單位】：天津醫(yī)科大學
【學位級別】：碩士
【學位年份】：2018
【中圖分類】：Q811.4;R737.9
【部分圖文】：

網(wǎng)絡構建：把數(shù)據(jù)庫檢索和質(zhì)譜分析得到的 v2.8.3，構建蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡圖；信號通路分析：將整理好的蛋白質(zhì)信息導入分析；系統(tǒng)生物學的方法對蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡 工具包（SBEToolbox）和 Cytoscape v2.8.3定度 k，聚類系數(shù)，小世界指數(shù)。發(fā)現(xiàn)，PKCζ 可以作為一種腫瘤標志物[28]KCζ 在乳腺癌臨床樣本中的表達情況�；侔┎∪说� RNA 測序數(shù)據(jù)分析發(fā)現(xiàn)：在乳腺高于正常組織（如圖 1）。

圖 2 PKCζ 生存分析GA 數(shù)據(jù)庫儲存的乳腺癌樣本信息中，PKCζ 高表達組的患者后更差；樣本量 n= 1445，effect size=0.6523，P=0.0011。好地了解 PKCζ 在腫瘤中扮演的角色，我們通過蛋白質(zhì)組學和結(jié)合的方法，建立了 PKCζ 相結(jié)合蛋白的 PPI 網(wǎng)絡�；玖鱅P 和 LC-MS/MS 的方法鑒定出 PKCζ 相互作用蛋白。利用 C假陽性結(jié)果，過濾掉在大多數(shù)質(zhì)譜結(jié)果都存在的背景蛋白，準確。質(zhì)譜鑒定的結(jié)果結(jié)合 PPI 數(shù)據(jù)庫（BioGrid 數(shù)據(jù)庫）檢ytoscape 軟件構建 PKCζ 相互作用網(wǎng)絡。為了進一步研究 PK通過 PANTHER 數(shù)據(jù)庫和 DAVID 數(shù)據(jù)庫對其進行功能分析。

我們通過蛋白質(zhì)組學和生物信息學分析相結(jié)合的方法，建立了 PKCζ 相結(jié)合蛋白的 PPI 網(wǎng)絡�；玖鞒倘鐖D3，通過 Co-IP 和 LC-MS/MS 的方法鑒定出 PKCζ 相互作用蛋白。利用 CRAPome數(shù)據(jù)庫去除假陽性結(jié)果，過濾掉在大多數(shù)質(zhì)譜結(jié)果都存在的背景蛋白，使得到的結(jié)果更加準確。質(zhì)譜鑒定的結(jié)果結(jié)合 PPI 數(shù)據(jù)庫（BioGrid 數(shù)據(jù)庫）檢索的結(jié)果，通過 Cytoscape 軟件構建 PKCζ 相互作用網(wǎng)絡。為了進一步研究 PKCζ 相互作用蛋白，通過 PANTHER 數(shù)據(jù)庫和 DAVID 數(shù)據(jù)庫對其進行功能分析。

【相似文獻】

相關期刊論文 前10條

1 ;第六屆中國蛋白質(zhì)組學大會在我市召開[J];泰州科技;2009年08期

2 王彥青;韓菲;;蛋白質(zhì)組學研究熱點及展望[J];中學生物教學;2006年03期

3 周倩;朱宏建;;蛋白組學教學內(nèi)容與教學方式的改革初探[J];課程教育研究;2017年10期

4 彭昌文;蛋白質(zhì)組學研究進展[J];中學生物教學;2003年03期

5 陳龍;蛋白質(zhì)組學[J];生物學教學;2000年11期

6 黃毅;萬瑛;;第三軍醫(yī)大學第二屆蛋白質(zhì)組學和代謝組學論壇會訊[J];第三軍醫(yī)大學學報;2016年22期

7 田瑞軍;;蛋白質(zhì)組學�？蜓訹J];生命的化學;2017年01期

8 劉幸;王慧;周虎;;基于質(zhì)譜的藥物蛋白質(zhì)組學研究[J];生命的化學;2017年01期

9 余樂正;柳鳳娟;吳正雨;冉小強;;分泌蛋白質(zhì)組學在腫瘤標志物中的研究進展[J];生物技術通報;2017年03期

10 張輝;白晨;王華忠;張惠忠;李曉東;付增娟;趙尚敏;鄂圓圓;張自強;王良;;甜菜蛋白質(zhì)組學研究進展[J];中國糖料;2017年02期

相關會議論文 前10條

1 羅琦;劉鳳斌;廖榮鑫;;蛋白質(zhì)組學與中醫(yī)病、證的相關性[A];中華中醫(yī)藥學會脾胃病分會第十九次全國脾胃病學術交流會論文匯編[C];2007年

2 李克;茍黎明;邵小寶;朱慧;;蛋白質(zhì)組學研究中高豐度蛋白去除方法的研究進展[A];中華醫(yī)學會第八次全國檢驗醫(yī)學學術會議暨中華醫(yī)學會檢驗分會成立30周年慶典大會資料匯編[C];2009年

3 李伽諾;姜子濤;李榮;;二氧化鈦在磷酸蛋白質(zhì)組學研究中的應用[A];2009食品科技(北京)論壇會議指南[C];2009年

4 李學任;魏路清;;蛋白質(zhì)組學技術在肺部疾病應用及進展[A];中華醫(yī)學會第三屆全國間質(zhì)性肺病暨彌漫性泛細支氣管炎學術會議論文匯編[C];2010年

5 張薇;楊拴盈;尚文麗;劉曉麗;周丹菲;蔣梅花;;定量蛋白質(zhì)組學研究肺腺癌細胞及正常支氣管上皮細胞線粒體[A];中華醫(yī)學會第五屆全國胸部腫瘤及內(nèi)窺鏡學術會議論文匯編[C];2011年

6 李學軍;;蛋白質(zhì)組學—藥物發(fā)現(xiàn)的新途徑[A];中國藥理學會第八次全國代表大會論文摘要集（第一部分）[C];2002年

7 曾嶸;夏其昌;;蛋白質(zhì)組學的國內(nèi)外進展[A];華東六省一市生物化學與分子生物學會2003年學術交流會論文摘要集[C];2003年

8 曾嶸;夏其昌;;蛋白質(zhì)組學研究的一些體會[A];中國蛋白質(zhì)組學首屆學術大會論文摘要集[C];2003年

9 郝佩;劉琪;黃音;林建;楊少友;李亦學;;整合的蛋白質(zhì)組學數(shù)據(jù)分析系統(tǒng)[A];中國蛋白質(zhì)組學首屆學術大會論文摘要集[C];2003年

10 梁宋平;張麗軍;柳亦松;曹銳;謝錦云;;細胞質(zhì)膜蛋白質(zhì)組學研究方法與應用[A];中國蛋白質(zhì)組學首屆學術大會論文摘要集[C];2003年

相關重要報紙文章 前10條

1 李吉亮;何大澄：“享受探索,享受奮斗”[N];科學時報;2011年

2 路秀廣;“不安分”的逐夢者[N];科學時報;2011年

3 吳志軍　沈基飛;唱響東方紅 再攬九天月[N];科學時報;2011年

4 記者 付東紅 通訊員 李紫藝;單細胞蛋白質(zhì)組學研究獲突破[N];健康報;2018年

5 本報記者 白毅 通訊員 沈基飛;行進在蛋白質(zhì)組學的“登月之旅”[N];中國醫(yī)藥報;2014年

6 通訊員 吳志軍 王來國;“人類重大疾病的蛋白質(zhì)組學研究”項目啟動[N];光明日報;2002年

7 本報記者 李雪墨;專家看好蛋白質(zhì)組學研究[N];中國高新技術產(chǎn)業(yè)導報;2002年

8 李江;第六屆中國蛋白質(zhì)組學大會召開[N];醫(yī)藥經(jīng)濟報;2009年

9 郝成濤;我國蛋白質(zhì)組學研究勢頭強勁[N];中國醫(yī)藥報;2009年

10 記者 王庭君;600多名蛋白質(zhì)組學專家來泰研討[N];泰州日報;2009年

相關博士學位論文 前10條

1 蘇剛;分泌蛋白及外泌體對肝癌細胞影響的蛋白質(zhì)組學研究[D];蘭州大學;2018年

2 霍yN;腫瘤細胞順鉑耐藥機制的蛋白質(zhì)組學研究[D];清華大學;2017年

3 谷麗曉;NAD依賴的去乙�；讣癝OX10功能的蛋白質(zhì)組學研究[D];清華大學;2017年

4 孫欣;鴨坦布蘇病毒感染細胞蛋白質(zhì)組學分析及DDX3X對復制的影響[D];華中農(nóng)業(yè)大學;2017年

5 郭金菊;辣椒細胞質(zhì)雄性不育花藥的蛋白質(zhì)組學分析及CaSEP5基因的功能分析[D];中國農(nóng)業(yè)大學;2018年

6 周毛天;通過定量蛋白質(zhì)組學研究細菌病原體蛋白MgtC功能以及宿主對SeV病毒感染的應答[D];武漢大學;2015年

7 張勤;基于轉(zhuǎn)錄組學、蛋白質(zhì)組學和代謝組學技術探討天皰瘡發(fā)病機制的研究[D];安徽醫(yī)科大學;2018年

8 孫金龍;基于蛋白質(zhì)組學探討補腎中藥對高齡腎虛不孕婦女生育力影響的研究[D];山東中醫(yī)藥大學;2017年

9 王秀臻;柔嫩艾美耳球蟲入侵DF1細胞的轉(zhuǎn)錄組學及蛋白質(zhì)組學分析[D];山東農(nóng)業(yè)大學;2018年

10 周荃;精原干細胞（SSCs）的建系及蛋白質(zhì)組學分析[D];南京醫(yī)科大學;2015年

相關碩士學位論文 前10條

1 劉燁;基于密度峰值聚類和全卷積網(wǎng)絡的道路檢測[D];西安電子科技大學;2018年

2 闞斌;古浪10萬千瓦槽式光熱電站系統(tǒng)方案研究[D];蘭州理工大學;2018年

3 陳秀婷;基于蛋白質(zhì)組學方法探WDR45蛋白在小鼠腦區(qū)功能的研究[D];華東師范大學;2017年

4 侯春宇;利用蛋白質(zhì)組學和生物信息學研究PKCζ相互作用蛋白網(wǎng)絡[D];天津醫(yī)科大學;2018年

5 鄭春歌;中藥通光散提取物C_(21)甾體酯類化合物尋靶研究[D];廣州中醫(yī)藥大學;2018年

6 羅迪;野牛草葉、根對差異光周期的生理應答及其蛋白質(zhì)組學研究[D];中國林業(yè)科學研究院;2018年

7 裘乃麒;基于質(zhì)譜數(shù)據(jù)的蛋白質(zhì)水平質(zhì)量控制工具的分析研究[D];華東師范大學;2018年

8 李忠晴;橡膠草響應茉莉酸的蛋白質(zhì)組學研究[D];石河子大學;2018年

9 韓雪;甜菜細胞質(zhì)雄性不育系的線粒體蛋白質(zhì)組學分析[D];哈爾濱工業(yè)大學;2018年

10 裴悅;豬偽狂犬病毒感染PK15細胞的蛋白質(zhì)組學研究[D];浙江農(nóng)林大學;2018年

本文編號：2827292