胃癌XELOX、肺癌GP化療對腸道微生物的影響及口服地衣芽孢桿菌干預(yù)的研究
【學(xué)位單位】:中國人民解放軍醫(yī)學(xué)院
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【學(xué)位年份】:2016
【中圖分類】:R735.2;R734.2
【部分圖文】:
兩個(gè)樣品間數(shù)P-多樣性的數(shù)值越低,他們之間在物種構(gòu)成比則越為類逡逑,反之亦然。本部分運(yùn)算同樣使用QIIME軟件完成,結(jié)果使用主坐標(biāo)分析命令逡逑圖展示(具體運(yùn)算方法及公式見產(chǎn)品使用說明書)逡逑(4)生物信息學(xué)分析流程及結(jié)果表達(dá)逡逑
圖2.1.糞便樣品的DNA提取結(jié)果(部分展示)逡逑2.高通量測序初步結(jié)果逡逑(1)測序數(shù)據(jù)處理逡逑使用Illumina邋Hiseq高通量測序平臺(tái)所測得的初始數(shù)據(jù)(Raw邋Data)控制后所計(jì)算出的平均末端配對數(shù)(RawP巧:279541;邋Combinednum為2QuaKfied邋為邋235649;邋Nochime邋為邋212496;邋Base邋(nt)邋578963;平均測(AvgNen):254;邋Q20和Q30值分別為98.6和93.3;GC堿基所占的示Clean邋Tags中的中GC堿基的含量)為53.4%。逡逑)稀釋度曲線及Rank邋Abundance曲線逡逑
如圖所示,隨著物種組成豐富稱度的增加,曲線越平坦。當(dāng)樣品中相逡逑對豐度在10?"時(shí),曲線的走勢趨于水平。不同樣本在不同的OTUs豐度達(dá)到平臺(tái)逡逑期(圖2.3)。逡逑§1邐r^—邋H逡逑'?邐00?邐0P19逡逑OQ。QP3,逡逑004邐0P22逡逑00?邐?邋V2A逡逑oOlC邋ora邋4逡逑W,邋?邋OPJ,逡逑-on*邋0f>??逡逑009邐?邋an.7逡逑—邐-?邋0i邋1逡逑8 ̄邐0,3邋*邋an?逡逑■邐.邋?邋■邐々邋Ql邋S邐OP91逡逑*邐a邐oi4邐?邋opss逡逑2".??一:邐?邋a"邐QP3,逡逑.?冰私I;::以!邐?邋S;;邋?其;逡逑菱邐-公;邐\邐,巖邋*邋潔,逡逑||邐播?邋^"1品古:勊逡逑I邋冷。海儒义希赶模姡椋榻赃姡迤鳎;;;逡逑著i邐0邐多邋C邐OPO邋一逡逑S邐-?邋OH3?邐FZ3逡逑?邐OP09邋?邋n.*逡逑Sr邐<■/"邐?邋OF%2邋PZA逡逑U邐gm.邐onj邋*邋ns逡逑gg:邐A邋w_4邐n7逡逑5V邐OF15邋P94逡逑I雪邐^—逡逑0邐10000邐20000邐30000邐40000邐50000邐60000逡逑Sequ色nces邋Number逡逑圖2.2稀釋曲線逡逑(橫坐標(biāo)代表隨機(jī)生成的序列數(shù),縱坐標(biāo)代表observed邋species邋number)逡逑33逡逑
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本文編號(hào):2813404
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