發(fā)布時間：2017-04-01 17:14

  本文關(guān)鍵詞：識別早期非小細(xì)胞肺癌不同亞型間差異表達(dá)基因的Meta分析，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：非小細(xì)胞肺癌(NSCLC)是一種對人類健康造成嚴(yán)重威脅的惡性腫瘤,主要包括兩種病理組織學(xué)亞型,肺腺癌(AC)和肺鱗狀細(xì)胞癌(SCC)。已經(jīng)有研究證明,這兩種疾病雖然都是肺癌的表現(xiàn)形式,但它們在基本的癌癥發(fā)生機(jī)制以及腫瘤的生長、組織浸潤等過程中均存在著根本的差異。然而,長期以來,人們卻對不同的肺癌亞型采取了無差別的治療手段,使得非小細(xì)胞肺癌的治療效果差強(qiáng)人意。若想要對非小細(xì)胞肺癌的兩種主要亞型采用不同的治療策略,必須從分子水平上理解和區(qū)分它們的不同。而對兩種疾病之間差異表達(dá)基因(DEGs)的識別以及深入的研究是必要的研究手段之一。在此次研究中,我們用兩種不同的Meta分析方法分析四個微陣列實驗的表達(dá)譜數(shù)據(jù),識別兩種不同類型的肺癌樣本之間的差異表達(dá)基因。164個肺腺癌以及161個肺鱗狀細(xì)胞癌早期樣本組成了全部的樣本集合。進(jìn)行Meta分析之前,原始的基因表達(dá)數(shù)據(jù)被轉(zhuǎn)換成兩種形式,分別是基因表達(dá)的概率(POE)數(shù)據(jù)用以代表基因的差異表達(dá)概率,以及基因的條形碼(barcode)數(shù)據(jù),用以表示基因表達(dá)的狀態(tài)(開/關(guān))。研究結(jié)果表明,相對于使用POE數(shù)據(jù)進(jìn)行的分析,使用barcode數(shù)據(jù)進(jìn)行Meta分析不僅能更好地降低基因在不同實驗間存在的異質(zhì)性,還能得到更多的有效信息。兩種Meta分析方法所識別的差異表達(dá)基因集合能夠顯著的重合(P=1.3?10-4),但使用barcode數(shù)據(jù)得到了更低的全局假陽性發(fā)現(xiàn)率(FDR)。因此,基于這一結(jié)果及其它我們所使用的評價Meta分析性能的指標(biāo),我們認(rèn)為,將基因表達(dá)的原始數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為barcode的形式來進(jìn)行Meta分析比轉(zhuǎn)換為POE形式更具優(yōu)越性。最后,我們對識別到的差異表達(dá)基因的功能進(jìn)行了分析和討論。結(jié)果表明,許多差異基因功能的改變以及其所參與的生物通路的異常都顯示出與不同的非小細(xì)胞型肺癌亞型具有的密切相關(guān)性。
【關(guān)鍵詞】：Meta分析 差異表達(dá)基因 早期非小細(xì)胞肺癌 肺腺癌 肺鱗癌
【學(xué)位授予單位】：吉林大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：R734.2;Q78
【目錄】：

• 摘要4-5
• ABSTRACT5-8
• 第一章 緒論8-15
• 1.1 非小細(xì)胞肺癌8
• 1.2 基因表達(dá)譜與差異表達(dá)8-10
• 1.3 Meta分析及異質(zhì)性10-14
• 1.4 本論文的研究目的14-15
• 第二章 材料和方法15-21
• 2.1 微陣列數(shù)據(jù)15-17
• 2.1.1 GEO數(shù)據(jù)庫15-16
• 2.1.2 數(shù)據(jù)的預(yù)處理16-17
• 2.2 數(shù)據(jù)分析模型17-20
• 2.2.1 Meta分析模型17-18
• 2.2.2 POE模型18-19
• 2.2.3 Barcode模型19-20
• 2.3 統(tǒng)計學(xué)軟件和包20-21
• 第三章 利用Meta分析方法識別差異表達(dá)基因21-40
• 3.1 差異表達(dá)基因的識別21-33
• 3.1.1 用POE數(shù)據(jù)進(jìn)行Meta分析21-27
• 3.1.2 用Barcode數(shù)據(jù)進(jìn)行Meta分析27-31
• 3.1.3 兩種方法之間的比較31-33
• 3.2 差異表達(dá)基因的功能分析33-37
• 3.3 結(jié)果討論37-40
• 結(jié)論40-41
• 參考文獻(xiàn)41-46
• 附錄46-47
• 作者簡介47-48
• 致謝48

【參考文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前3條

1 李艷華;魏素菊;王俊艷;洪雷;崔利格;王彩;;非小細(xì)胞肺癌患者凝血功能異常的相關(guān)因素與預(yù)后分析[J];中國肺癌雜志;2014年11期

2 王丹;翟俊霞;牟振云;宗紅俠;趙曉東;王學(xué)義;顧平;;Meta分析中的異質(zhì)性及其處理方法[J];中國循證醫(yī)學(xué)雜志;2009年10期

3 趙晉平;徐平麗;孟靜靜;李新國;;從結(jié)構(gòu)基因組學(xué)到功能基因組學(xué)[J];生命科學(xué)研究;2006年S1期

  本文關(guān)鍵詞：識別早期非小細(xì)胞肺癌不同亞型間差異表達(dá)基因的Meta分析，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

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本文編號：281002