【摘要】：1研究背景和目的食管癌(esophageal cancer,EC)是全球范圍內排名第六的惡性腫瘤,在癌癥相關致死性腫瘤中位居第四位,預后極差,中晚期EC的5年生存率僅為15%-25%[1]。中國是世界上食管癌發(fā)病率和死亡率最高的國家之一,全球每年新增食管癌患者超過50萬例,其中一半以上發(fā)生在中國。但是目前可以運用于食管癌早期診斷和人群篩查的手段非常有限,各種胃鏡技術的開展對食管癌的早期診斷有重要貢獻。但是使用胃鏡普查有很多局限性:其一胃鏡對醫(yī)師操作經驗的高要求和病人自身的耐受性差等問題;其次為胃鏡活檢在無癥狀人群中操作的盲目性和不規(guī)范現象;再次胃鏡在無癥狀人群篩查中食管癌及癌前病變的檢出率均較低[2],這使得該項檢測手段很難在食管癌高發(fā)區(qū)的無癥狀人群中大范圍開展。如何找到一項無創(chuàng)性的食管癌檢測手段,即對于預測食管癌患病風險具有較高特異性和敏感性的分子靶標對食管癌的早期發(fā)現、高危人群預警和精準篩查都具有十分重要的意義。食管癌的全基因組關聯分析(genome-wide association study,GWAS)是從遺傳因素方面對食管癌發(fā)病機制的研究,迄今為止已發(fā)現多個單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism,SNP)及相關易感基因與食管癌(esophageal cancer,EC)高風險易感性有密切關系[3-5]。但是已被發(fā)現的SNP位點均未能在臨床實踐中得到廣泛應用,如何利用這些易感SNP位點建立食管癌發(fā)病風險預測的分子學指標是后GWAS時代的重要課題。本課題組著重在食管癌遺傳學方向進行研究,試圖建立高發(fā)區(qū)醫(yī)院患者和無癥狀人群隊列,對入組患者或人群均進行食管癌高風險SNP檢測并計算遺傳風險評分(genetic risk score,GRS),通過定期胃鏡檢查和長期隨訪,探索GRS與食管癌發(fā)病的關系,驗證SNP對食管癌高風險預警的價值,以期為臨床食管癌的早期診斷和普查提供適宜的分子指標。本研究主要內容為建立高發(fā)區(qū)醫(yī)院門診患者和高發(fā)區(qū)無癥狀人群兩組隊列,完成入組對象的SNP檢測和GRS計算,然后初步分析兩組隊列的GRS分布差異,明確SNP對高危人群預警中的作用,旨在為課題后續(xù)研究提供可行性依據。2材料與方法2.1研究對象2.1.1隊列1(醫(yī)院門診患者隊列)醫(yī)院門診患者隊列來源于河南省安陽市腫瘤醫(yī)院、山西長治醫(yī)學院附屬和平醫(yī)院和河北省磁縣人民醫(yī)院門診胃鏡患者(2012-2014年)。所有研究對象均為漢族人,且均為中國食管癌高發(fā)區(qū)居民。共入組1834例患者,其中男性879例,女性955例,男女比例為0.92:1;平均年齡為52±12歲,中位年齡為53歲,年齡范圍18-86歲。在1834例研究對象中,共1503例人群檢測到SNP位點的完整數據,其中男性708例,女性795例,男女比例為0.89:1;平均年齡為53±12歲,中位年齡為53歲,年齡范圍23-86歲。2.1.1隊列2(高發(fā)區(qū)無癥狀人群隊列)該隊列來源于河南省食管癌重點開放實驗室下鄉(xiāng)流行病學調查結果,均為河南省新鄉(xiāng)市輝縣區(qū)域內無癥狀人群。研究對象共3157例,其中男性1484例,女性1673例,男性比例為0.89:1;平均年齡為56±9歲,中位年齡為56歲,年齡范圍23-86歲。在3157例研究對象中,共3147例人群檢測到SNPs位點的完整數據,其中男性1477例,女性1670例,男女比例為0.88:1;平均年齡為56±9歲,中位年齡為56歲,年齡范圍23-86歲。所有患者均為漢族人,且為食管癌高發(fā)區(qū)人群。2.2研究對象資料的收集和整理在現場對研究對象進行流行病學調查問卷,包括其年齡、地址、職業(yè)、吸煙、飲酒和家族史等基本情況;所有入選對象均抽取3-5ml外周靜脈血于EDTA抗凝或枸椽酸鈉抗凝管收集后迅速置于-20℃冰箱冷藏,為后續(xù)DNA提取和SNP檢測做準備。2.3本研究中SNP的篩選和基因分型2.3.1 SNP篩選我們首先納入本課題組GWAS研究發(fā)現的9個SNP位點,再對本室前期GWAS數據進行imputation分析,與2010.1-2013.12期間基于中國人群的食管癌GWAS研究所發(fā)現的SNP位點交叉對比,去除文獻報道中明確有高度關聯的SNP位點,最終確定34個SNP位點納入本研究(見表2.2)。2.3.2 SNP基因分型本研究兩組隊列共4991例樣本均進行34個SNP檢測,采用Sequenom Mass array SNP技術進行這些SNPs的基因分型和等位基因頻率計算。由于rs1045485、rs2244438和rs3769823檢出率較低,故最終納入31個SNP基因分型數據計算相應參數。2.4食管癌遺傳風險評分(genetic risk score,GRS)計算我們根據Che研究[6]中GRS的算法,通過文獻查找風險比例(odds ratio,OR)和最小等位基因頻率(minor allele frequency,MAF),計算方差可釋性遺傳風險評分(Explained variance weighted genetic risk score,EV-GRS)。2.5統(tǒng)計分析方法本研究資料中SNP位點的篩選和EV-GRS的計算采用PLINK統(tǒng)計軟件,SPSS 21.0軟件進行余下統(tǒng)計學分析,其中隊列間EV-GRS分布比較采用獨立樣本的t檢驗,采用X2檢驗分析EV-GRS組間差異。檢驗水準α=0.05。3結果3.1食管癌高發(fā)區(qū)無癥狀人群胃鏡結果分析本資料共收集隊列1患者1834例,檢出各類食管疾病616例,檢出率高達33.6%。檢出各類食管疾病中,食管炎癥占據絕大多數(33.6%,535/1834),其中慢性食管炎的檢出率最高(24.6%,452/1834),其次為反流性食管炎(2.9%,53/1834);食管癌檢出率較高(1.5%,27/1834)。本研究檢出的616例各類食管疾病在不同年齡組間存在差異(P0.05),食管癌在60-69歲組檢出率最高(51.9%),慢性食管炎為50-59歲最高(35.2%),而反流性食管炎和食管平滑肌瘤在40-49歲組檢出率最高(32.1%,36.4%)。3.2 EV-GRS在隊列1和隊列2中分布比較3.2.1 EV-GRS在隊列1和隊列2中分布隊列1中,將SNP位點基因分型數據均完整的1503例患者計算EV-GRS,平均值為2.65±0.55,中位值2.65,范圍0.51-5.05。K-S檢驗顯示EV-GRS服從正態(tài)分布(Z值=0.964,P值(sig 2-tailed)=0.310);隊列2中,計算SNP位點基因分型數據均完整的3147例研究對象的EV-GRS,平均值為2.57±0.52,中位值2.58,范圍0.94-4.36。K-S檢驗顯示EV-GRS服從正態(tài)分布(Z值=0.804,P值(sig 2-tailed)=0.537)。3.2.2 EV-GRS在隊列1和隊列2中分布差異EV-GRS在兩組隊列中均服從正態(tài)分布,且兩總體方差齊(F=1.727,P=0.189);采用兩獨立樣本的t檢驗顯示隊列1中患者平均EV-GRS高于隊列2中的研究對象(t=3.755,P=0.000,95%CI=0.09-0.03)。本研究中以5%及95%為分界依據將EV-GRS分為三組,分別為低風險組(EV-GRS1.77)、中風險組(EV-GRS為1.77-3.48)及高風險組(EV-GRS3.48)。隊列1中高風險患者比例高于隊列2,同時低風險患者高于隊列2中人群,差異有統(tǒng)計學意義(X2=8.5,P=0.014)。4結論1)食管癌高發(fā)區(qū)無癥狀人群胃鏡篩查中,食管疾病檢出率較高,其中食管炎癥居多數,其各類食管疾病不同年齡間存在明顯差異;2)遺傳風險評分在高發(fā)區(qū)醫(yī)院門診患者和無癥狀人群間的分布存在差異,可將高發(fā)區(qū)人群分為不同亞群,本研究為本課題后續(xù)工作奠定作用,通過隨訪為進一步評價高風險SNP的意義提供重要基礎。
[Abstract]:......
【學位授予單位】：鄭州大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2016
【分類號】：R735.1

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本文編號：2305492