【摘要】：利用SUPPA(a super-fast pipeline for alternative splicing)軟件分析癌癥基因組數(shù)據(jù)庫癌基因組圖譜中肺腺癌和肺鱗癌樣本的RNA-Seq數(shù)據(jù),發(fā)現(xiàn)在鑒定的7種主要可變剪接轉錄本中外顯子跳躍轉錄本發(fā)生頻率最高.通過癌組織與癌旁組織的比較,系統(tǒng)地鑒定了肺腺癌和肺鱗癌中差異表達的可變剪接轉錄本,發(fā)現(xiàn)約60%的差異可變剪接轉錄本是兩種肺癌亞型所共有的.功能富集分析表明,癌組織特異的可變剪接轉錄本主要富集在細胞周期調控、脫氧核糖核酸代謝和核糖核酸代謝等生物過程中,而癌旁組織特異的可變剪接轉錄本則主要富集在囊泡介導轉運、多肽轉運和脂質轉運等生物過程中.通過肺癌驅動基因可變剪接轉錄本的比較分析,鑒定了兩種肺癌亞型共有或特有的可能具有癌驅動功能的可變剪接轉錄本.
[Abstract]:The SUPPA (a super-fast pipeline for alternative splicing) software was used to analyze the RNA-Seq data of lung adenocarcinoma and lung squamous cell carcinoma samples from the cancer genome map of cancer genome database. It was found that the exon jumping transcripts were the most frequent among the 7 major mutable splicing transcripts identified. The variable splicing transcripts of differential expression in lung adenocarcinoma and lung squamous cell carcinoma were systematically identified by comparing cancer tissues with adjacent tissues. It was found that about 60% of the differentially expressed variant splicing transcripts were common to two subtypes of lung cancer. Functional enrichment analysis showed that the specific variable splicing transcripts were mainly concentrated in cell cycle regulation, deoxyribonucleic acid metabolism and ribonucleic acid metabolism, and other biological processes, such as cell cycle regulation, deoxyribonucleic acid metabolism and ribonucleic acid metabolism. The specific variant splicing transcripts of paracancerous tissues were mainly concentrated in vesicular mediated transport, polypeptide transport and lipid transport. Based on the comparative analysis of variant splicing transcripts of lung cancer driving genes, two types of lung cancer subtypes were identified.
【作者單位】： 深圳大學醫(yī)學部呼吸疾病國家重點實驗室深圳大學變態(tài)反應分室;中國科學院遺傳與發(fā)育生物學研究所;
【基金】：國家高技術研究發(fā)展計劃資助項目(2012AA020409) 深圳市知識創(chuàng)新計劃基礎研究資助項目(JCYJ20150525092941055)~~
【分類號】：R734.2

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