本文選題：乙肝病毒 + 人乳頭瘤病毒��； 參考：《華南理工大學》2016年博士論文

【摘要】：人乳頭瘤病毒高危型持續(xù)感染為宮頸上皮癌變的重要誘因,乙肝病毒則為肝炎的主要引起病毒,并且與肝癌的關系密切。在生化層面上來看人乳頭瘤病毒及乙肝病毒致癌與病毒蛋白表達及宿主自身的免疫反應密切相關。在基因組層面上來看,人乳頭瘤病毒,乙肝病毒已經被證實可以插入到人類基因組中,并且可促發(fā)基因組不穩(wěn)定性,各類結構變異。由于缺少高通量,廉價且精確的檢測技術,關于兩類病毒插入到人類基因組的規(guī)律性,一直沒有得到深入的研究。二代測序技術具有大通量,用時短,高精度,節(jié)省成本的明顯優(yōu)勢,因此對于大規(guī)模病毒整合規(guī)律性研究,它是非常合適及有力的工具�；谝陨弦蛩�,我們發(fā)明了一種液相芯片捕獲,二代測序技術以及信息分析相結合的方法,檢測病毒整合的位置,并對病毒HPV,HBV整合規(guī)律進行研究。本研究首先通過液相芯片捕獲技術,捕獲到既含有病毒也含有人類基因組的片段序列,而后將捕獲到的序列進行高通量二代測序平臺測序,最后利用高通量信息分析技術,對病毒整合位點進行檢測。我們采用了28個經過全基因組測序得到HBV整合位點信息的樣本,進行新方法的再次檢測,發(fā)現(xiàn)89%的全基因組檢測到的HBV整合位點可以被再次檢測到,并且可以發(fā)現(xiàn)許多新的整合位置。而后對大量肝癌樣本的整合位置規(guī)律性進行研究,發(fā)現(xiàn)乙肝病毒整合明顯趨向于TERT,KMT2B,CCNA2等熱點基因,同時對TERT有整合的樣本進行預后分析,發(fā)現(xiàn)TERT基因上有整合樣本預后較差,說明乙肝病毒整合不但具有規(guī)律性,且有潛力作為臨床應用的新指標。采用相似的方法,我們對人乳頭瘤病毒引起的宮頸癌樣本的整合規(guī)律性進行了調查,發(fā)現(xiàn)宮頸癌中也存在病毒整合熱點,例如FHIT基因,并且在HPV基因組上也存在著容易發(fā)生整合的區(qū)域,例如E1基因。同時初步探索了人乳頭瘤病毒整合對蛋白表達的影響,發(fā)現(xiàn)病毒整合影響了FHIT基因蛋白表達水平。雖然兩類病毒(HPV,HBV)整合的基因有明顯差別,但通過基因通路分析,發(fā)現(xiàn)整合基因在癌通路上都顯著富集,說明病毒整合與癌具有密切的關系。通過對液相捕獲技術改進,我們又開發(fā)了一種可以檢測三種病毒整合的芯片探測技術,同時一次可以檢測三個種類的病毒整合。并且通過這種芯片對癌前病變患者宮頸脫落細胞進行整合檢測,可以有效發(fā)現(xiàn)整合現(xiàn)象;同時也對肝癌患者血漿游離DNA進行檢測,也可以發(fā)現(xiàn)病毒整合。本研究中我們開發(fā)了一種新的探測病毒整合的方法,該方法具有低成本,高可靠性,高敏感性及精確性特點,并且對肝癌中HBV病毒整合及宮頸癌中HPV病毒整合規(guī)律進行了研究,為病毒整合應用于臨床奠定了理論及技術基礎。
[Abstract]:High risk continuous infection of human papillomavirus is an important cause of cervical carcinogenesis. Hepatitis B virus is the main cause of hepatitis and is closely related to liver cancer. At the biochemical level, human papillomavirus and HBV are closely related to the expression of HBV and viral proteins and host immune responses. In view of the human papillomavirus, HBV has been proved to be inserted into the human genome and can promote genomic instability and various structural variations. Due to the lack of high flux, cheap and accurate detection techniques, the regularity of the insertion of two types of viruses into the human genome has not been deeply studied. The two generation of the virus has not been studied. Sequence technology has the obvious advantages of large flux, short time, high precision, and cost saving. Therefore, it is a very suitable and powerful tool for the study of large-scale viral integration regularity. Based on the above factors, we invented a liquid chip capture. The two generation sequencing technology combined with information analysis to detect virus integration bits. In this study, the HPV, HBV integration law of virus was studied. First, by liquid chip capture technology, the sequence of fragments containing both the virus and the human genome was captured, and then the captured sequence was sequenced by high throughput two generation sequencing platform. Finally, the virus integration site was detected by high throughput information analysis. We used 28 samples of the whole genome sequencing to get the information of the HBV integration site. We re detected the new method. We found that 89% of the whole genome detected in the whole genome can be detected again, and many new integration positions can be found. Then, the regularity of the integrated location of a large number of liver cancer samples is studied. The integration of hepatitis B virus (HBV) tends to TERT, KMT2B, CCNA2 and other hot genes. At the same time, the prognosis of TERT integrated samples is analyzed. It is found that the prognosis of the integrated samples of the TERT gene is poor. It shows that the integration of HBV is not only regular, but also has the potential as a new index for clinical application. The integration regularity of cervical cancer samples caused by the virus was investigated. It was found that there were also virus integration hotspots in cervical cancer, such as the FHIT gene, and the HPV genome, such as E1 gene, was also found in the genome of the cervical cancer, and the effect of human papillomavirus integration on protein expression was also explored and the integration of virus was found. The expression level of FHIT gene protein was rounded. Although the genes of the two type virus (HPV, HBV) were significantly different, the integration gene was significantly enriched in the cancer pathway by gene pathway analysis, indicating that the integration of the virus was closely related to the cancer. By improving the technology of liquid phase capture, we also developed a kind of three viruses to detect the virus. Integrated chip detection technology, at the same time, can detect the integration of three kinds of viruses at the same time. And through the integrated detection of cervical exfoliative cells of precancerous lesions, the integration can be detected effectively. At the same time, the plasma free DNA of the patients with liver cancer can also be detected, and the integration of the virus can be found. A new method for detecting virus integration is introduced. This method has the characteristics of low cost, high reliability, Gao Min's sensibility and accuracy. It also studies the integration of HBV virus in liver cancer and the integration of HPV virus in cervical cancer. It lays a theoretical and technical basis for the application of virus integration in clinical practice.
【學位授予單位】：華南理工大學
【學位級別】：博士
【學位授予年份】：2016
【分類號】：R737.33;R735.7

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