本文選題：肺腫癌 + 癌��； 參考：《解放軍醫(yī)學(xué)雜志》2017年05期

【摘要】：目的繪制肺鱗癌中細(xì)胞程序性死亡配體1(PD-L1)共表達(dá)基因關(guān)系網(wǎng)絡(luò),篩選潛在的PD-L1協(xié)同檢測(cè)生物標(biāo)志物,尋找可能參與PD-L1調(diào)控腫瘤免疫狀態(tài)的基因及通路。方法采用TCGA肺鱗癌數(shù)據(jù)集,利用c Bio Portal數(shù)據(jù)分析平臺(tái)進(jìn)行共表達(dá)基因集檢索,從全基因轉(zhuǎn)錄組水平對(duì)PD-L1的共表達(dá)基因進(jìn)行Venny分析,篩選目標(biāo)基因,進(jìn)行多種類型的聚類和分子關(guān)系網(wǎng)絡(luò)分析,并建立PD-L1調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。結(jié)果共獲得PD-L1中等程度表達(dá)相關(guān)基因126個(gè),主要為質(zhì)膜定位型基因,功能集中在免疫調(diào)節(jié)過程,其中IRF2/NFKB1/IRF1三個(gè)轉(zhuǎn)錄因子參與了對(duì)PD-L1基因集30%以上基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控。經(jīng)過PD-L1共表達(dá)基因集的核心分子篩選,分析網(wǎng)絡(luò)節(jié)點(diǎn)連接度,得到具有最高連接度的前6個(gè)節(jié)點(diǎn)基因,依次為IFNG、JAK2、STAT1、CTLA4、CD80和CCR5,對(duì)這些基因不同表達(dá)水平的肺癌患者的生存情況進(jìn)行分析,結(jié)果顯示CCR5是一個(gè)有意義的預(yù)后指標(biāo)分子。進(jìn)一步對(duì)PD-L1和CCR5的表達(dá)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行相關(guān)性分析,結(jié)果顯示CCR5與PD-L1表達(dá)譜水平的Pearson相關(guān)系數(shù)為0.47(P0.05);GO-BP聚類分析顯示,CCR5的功能主要聚集在免疫調(diào)控、T細(xì)胞調(diào)控、細(xì)胞信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)等領(lǐng)域,與PD-L1調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的功能相符。結(jié)論 PD-L1共表達(dá)基因集內(nèi)的主要節(jié)點(diǎn)均為免疫相關(guān)分子,其中IFNG、CCR5、NFKB1分子對(duì)PD-L1共表達(dá)基因網(wǎng)絡(luò)具有最廣泛的調(diào)控作用,該發(fā)現(xiàn)為肺鱗癌免疫治療的研究和應(yīng)用奠定了一定基礎(chǔ)。
[Abstract]:Objective to map the coexpression network of programmed cell death ligand 1 (PD-L1) in lung squamous cell carcinoma, screening potential PD-L1 CO detection biomarkers and searching for genes and pathways that may participate in the regulation of tumor immune state by PD-L1. Methods using the data set of TCGA lung squamous cell carcinoma and using C Bio Portal data analysis platform for co expression gene collection detection. Venny analysis of CO expressed genes of PD-L1 from all gene transcriptome levels, screening target genes, conducting a variety of types of clustering and molecular relationship network analysis, and establishing a PD-L1 regulatory network. The results obtained a total of 126 related genes expressed in the middle degree of PD-L1, mainly the membrane location-type gene, and the function concentrated in the immunomodulatory process. IRF2/NFKB1/IRF1 three transcription factors participated in the transcriptional regulation of more than 30% genes of the PD-L1 gene set. Through the screening of the core molecules of the PD-L1 co expression gene set, the connectivity of the network nodes was analyzed, and the top 6 node genes with the highest connectivity were obtained, which were respectively IFNG, JAK2, STAT1, CTLA4, CD80 and CCR5. The survival of the patients with lung cancer was analyzed. The results showed that CCR5 was a meaningful prognostic indicator. Further correlation analysis of the expression profiles of PD-L1 and CCR5 showed that the Pearson correlation coefficient of CCR5 and PD-L1 expression profiles was 0.47 (P0.05); GO-BP clustering analysis showed that the function of CCR5 was mainly concentrated in the exemption. The regulation of pestilence, T cell regulation, cell signal transduction, and other fields are consistent with the functions of the PD-L1 regulatory network. Conclusion the main nodes in the PD-L1 co expressed gene set are all immune related molecules, in which IFNG, CCR5, and NFKB1 molecules have the most extensive regulation for the PD-L1 co expression gene network. This discovery is the research and application of the immunotherapy of lung squamous cell carcinoma. A certain foundation has been laid.
【作者單位】： 國家癌癥中心/中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院腫瘤醫(yī)院胸外科;國家癌癥中心/中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院分子腫瘤學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;
【基金】：國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃項(xiàng)目(2016YFC0905400)~~
【分類號(hào)】：R734.2

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本文編號(hào)：2071599