發(fā)布時間：2018-06-24 21:08

  本文選題：CpG島甲基化表型 + 結(jié)直腸癌��； 參考：《第二軍醫(yī)大學(xué)》2015年碩士論文

【摘要】：研究目的：CpG島甲基化表型(CIMP)是一種特殊的結(jié)直腸癌亞型,其特征在于基因啟動子中的CpG島大量甲基化,導(dǎo)致一些腫瘤抑制基因或腫瘤相關(guān)的基因失活。CIMP被發(fā)現(xiàn)與多種不同的臨床和分子特征有關(guān),比如對5-FU和西妥昔單敏感性低,患者預(yù)后更差等。然而,迄今CIMP結(jié)直腸癌的臨床和分子特征之間仍然存在爭議。造成這種爭議的原因包括：研究人群的種族差異、病例對照選擇標(biāo)準(zhǔn),用于定義CIMP甲基化表型的基因marker不同,和DNA甲基化檢測的方法不同。尋找新的CIMP marker和更為靈敏的檢測方法是研究和評估CIMP腫瘤的主要挑戰(zhàn)。本研究選擇了5個新的基因SHISA3, STC2,TMEM200B,CTSL1和LRIF1,從散發(fā)性結(jié)直腸癌中篩選和鑒定CpG島甲基化表型。研究方法：我們前期利用MBP沉淀測序的方法,比較了3對普通結(jié)直腸癌和正常對照,3對CIMP(利用經(jīng)典的CIMP marker)的DNA甲基化譜,最終選擇了5個僅在CIMP腫瘤中甲基化的基因作為標(biāo)記分子,SHISA3,STC2, TMEM200B, C TSL1 LRIF1。分別收集216對結(jié)直腸癌和正常對照組織,抽提DNA后進(jìn)行重亞硫酸鹽處理,分別檢測新的5對分子marker SHISA3, STC2, TMEM200B, CTSL1 LRIF1和經(jīng)典的分子marker CACNAIG, IGF2, NEUROG1, RUNX3,S0CS1的甲基化情況。為了更準(zhǔn)確地量化甲基化,我們使用數(shù)字PCR(ddPCR)新技術(shù)來檢測甲基化情況。結(jié)果：在我們分析的216個腫瘤,我們選擇新的基因SHISA3, STC2, TMEM200B, CTSL1 LRIF1敏感性,特異性,PPV和NPV分別是80%,95.3%,85.7%和93.2%,比之前驗證5個經(jīng)典的基因CACNA1G,IGF2, NEUROG1, RUNX3,SOCS1有更高的敏感性和特異性：CIMP腫瘤中BRAF突變更為常見,但K-RAS突變低于非CIMP腫瘤。CIMP生存率顯著低于非CIMP腫瘤。結(jié)論：新CIMP基因組合比經(jīng)典5個基因組合具有更高的敏感性和特異性。
[Abstract]:Objective: CpG island methylation phenotype (CIMP) is a special subtype of colorectal cancer characterized by CpG island methylation in gene promoter. Inactivation of some tumor suppressor genes or tumor-related genes. CIMP has been found to be associated with a variety of clinical and molecular characteristics such as low sensitivity to 5-FU and cetuximab and worse prognosis in patients. However, the clinical and molecular characteristics of CIMP colorectal cancer are still controversial. The reasons for this controversy include ethnic differences in the study population, case-control selection criteria, different genes used to define the methylation phenotype of CIMP, and different methods for methylation detection. Finding new CIMP marker and more sensitive detection methods are the main challenges in the study and evaluation of CIMP tumors. In this study, five new genes, SHISA3, STC2TMEM200BnCTSL1 and LRIF1, were selected to screen and identify CpG island methylation phenotypes from sporadic colorectal cancer. Methods: we compared the methylation spectra of 3 pairs of normal colorectal cancer and 3 pairs of normal controls (using the classical CIMP marker) by MBP precipitation sequencing. Finally, five methylated genes were selected as marker molecules such as SHISA3, TMEM200B, C TSL1 LRIF1. Two hundred and sixteen pairs of colorectal cancer and normal control group were collected and treated with heavy sulfite. The methylation of five new molecules, marker SHISA3, STC2, TMEM200B, CTSL1 LRIF1 and classical molecules marker CACNAIGI, IGF2, neurogl, RUNX3S0CS1, were detected. In order to quantify methylation more accurately, we use digital PCR (ddPCR) to detect methylation. Results: in our analysis of 216 tumors, we selected new genes SHISA3, STC2, TMEM200B, CTSL1 LRIF1 sensitivity. The specificity of PPV and NPV were 85.7% and 93.2%, respectively. The BRAF mutation was more sensitive and specific in the tumor than that in the non-CIMP tumor, but the survival rate of the K-RAS mutation was significantly lower than that of the non-CIMP tumor .CIMP survival rate was significantly lower than that of the non-CIMP tumor. The sensitivity and specificity of BRAF mutation were higher than those of the five classical genes CACNA1GfIGF2, NEUROG1 and RUNX3nSOCS1, but the K-RAS mutation was significantly lower than that of the non-CIMP tumor. Conclusion: the new CIMP gene combination has higher sensitivity and specificity than the classical five gene combinations.
【學(xué)位授予單位】：第二軍醫(yī)大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號】：R735.34

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本文編號：2062964