本文選題：長(zhǎng)鏈非編碼RNA + 結(jié)直腸癌�。� 參考：《蚌埠醫(yī)學(xué)院》2015年碩士論文

【摘要】：目的:篩選并驗(yàn)證結(jié)直腸癌相關(guān)lnc RNA和m RNA表達(dá)譜同時(shí)進(jìn)行初步生物信息學(xué)分析。方法:1.lncRNA芯片雜交與數(shù)據(jù)提取:選取5對(duì)結(jié)直腸癌組織,提取RNA,質(zhì)量檢測(cè)合格后,合成c DNA、純化標(biāo)記,標(biāo)記效率檢測(cè)合格后,進(jìn)行芯片雜交,芯片掃描、圖像數(shù)字轉(zhuǎn)換、數(shù)據(jù)歸一化處理,設(shè)置fold change≥2為篩選標(biāo)準(zhǔn),獲得lnc RNA和m RNA差異表達(dá)譜。2.q RT-PCR驗(yàn)證芯片結(jié)果的可靠性:選取變化倍數(shù)較大并且在基因座中相對(duì)位置為intronic antisense、natural antisense或bidirectional的6個(gè)lnc RNAs(2個(gè)上調(diào)的lnc RNAs:ENST00000421055、ENST00000441270;4個(gè)下調(diào)的lnc RNAs:uc003hws.1、ENST00000565575、ENST00000563660、NR_040058)進(jìn)行SYGB Green I q RT-PCR檢測(cè),并用GAPDH做內(nèi)參照。3.差異表達(dá)m RNAs集合的GO分析:GO分類依據(jù)Gene Ontology(www.geneontolo gy.org),分為基因的生物學(xué)進(jìn)程、細(xì)胞組件和分子功能,GO功能的顯著程度用P值表示,P值越小,功能富集程度越顯著(P0.05有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義)。4.差異表達(dá)m RNAs集合的KEGG分析:生物學(xué)途經(jīng)分析基于KEGG數(shù)據(jù)庫(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,http://www.genome.jp/kegg),KEGG生物學(xué)途徑的富集程度用P值表示,P值越小,生物學(xué)富集途徑越顯著(P0.05有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義)。結(jié)果:1.lncRNA與mRNA差異表達(dá)譜:差異表達(dá)lncRNAs共有11724個(gè)(上調(diào)4908個(gè)lnc RNAs,下調(diào)6816個(gè)lnc RNAs),差異表達(dá)m RNAs共有7339個(gè)(上調(diào)3860個(gè)m RNAs,下調(diào)3479個(gè)m RNAs)。2.q RT-PCR驗(yàn)證芯片結(jié)果的可靠性:GAPDH、ENST00000421055、ENST00000441270、uc003hws.1、ENST00000565575、ENST00000563660、NR_040058的PCR反應(yīng)均呈特異性擴(kuò)增,2-△△CT法計(jì)算其在5對(duì)結(jié)直腸癌組織中的表達(dá)結(jié)果與芯片檢測(cè)結(jié)果一致。3.差異表達(dá)m RNAs集合的GO分析:差異表達(dá)的m RNAs集合主要富集在20個(gè)細(xì)胞生物學(xué)進(jìn)程、20個(gè)細(xì)胞組件和20個(gè)分子功能中,上調(diào)m RNAs集合富集度最高的生物學(xué)進(jìn)程是mitotic cell cycle,含有m RNAs210個(gè),富集度最高的細(xì)胞組件是cytosol,含有m RNAs508個(gè),富集度最高的分子功能是protein binding,含有m RNAs1386個(gè);下調(diào)m RNAs集合富集度最高的生物學(xué)進(jìn)程是multicellular o rganismal process,含有m RNAs962個(gè),富集度最高的細(xì)胞組件是extracellul ar region,含有m RNAs421個(gè),富集度最高的分子功能是actin binding,含有m RNAs81個(gè)。4.差異表達(dá)m RNAs集合的KEGG分析:差異表達(dá)的m RNAs集合主要富集在20條信號(hào)通路中。上調(diào)m RNAs集合富集度最高的生物學(xué)通路是Cell cycle(human),含有m RNAs124個(gè),下調(diào)m RNAs集合富集度最高的生物學(xué)通路是Systemic lupus erythematosus(human),含有m RNAs137個(gè)。結(jié)論:1.獲得結(jié)直腸癌相關(guān)lnc RNAs和m RNAs差異表達(dá)譜:通過lnc RNA芯片技術(shù)獲得了11724個(gè)lnc RNAs和7339個(gè)m RNAs。2.q RT-PCR驗(yàn)證芯片結(jié)果的可靠性:運(yùn)用SYGB Green I q RT-PCR檢測(cè)ENST00000421055、ENST00000441270、uc003hws.1、ENST00000565575、ENST00000563660、NR_040058在5對(duì)結(jié)直腸癌組織中的表達(dá)結(jié)果與芯片檢測(cè)結(jié)果一致,證明了芯片檢測(cè)結(jié)果可靠。3.差異表達(dá)m RNAs集合的GO分析及KEGG分析:GO分析顯示:差異表達(dá)的m RNAs集合主要富集在20個(gè)細(xì)胞生物學(xué)進(jìn)程、20個(gè)細(xì)胞組件及20個(gè)分子功能中,KEG G分析顯示:差異表達(dá)的m RNAs集合主要富集在20條信號(hào)通路中,研究與結(jié)直腸癌相關(guān)的m RNAs,有望發(fā)現(xiàn)更多作為潛在診斷標(biāo)志物和治療靶點(diǎn)的lnc RNAs。
[Abstract]:Objective : To screen and verify the expression profiles of lnc RNA and mRNA in colorectal cancer . The results were as follows : 1.lncRNA and mRNA differential expression profiles : 1 . lncRNA and mRNA differential expression profiles : 1 . lncRNA and mRNA differential expression profiles : 1 . lncRNAs have 11724 ( up to 4908 lnc RNAs , down - regulated 6816 lnc RNAs ) . The results were as follows : 1 . The results were obtained by using SYGB Green I q RT - PCR .
【學(xué)位授予單位】：蚌埠醫(yī)學(xué)院
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：R735.34

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本文編號(hào)：1958054