本文選題：RNA-Seq + 肺癌��； 參考：《蘇州大學(xué)》2015年碩士論文

【摘要】：肺癌是發(fā)病率和死亡率增長速度最快的惡性腫瘤之一,當(dāng)前關(guān)于肺癌的病理機(jī)制尚未完全清楚,分子生物學(xué)研究將有助于肺癌的早期診斷。RNA編輯是一種重要的轉(zhuǎn)錄后調(diào)控事件,對腫瘤的發(fā)生和發(fā)展、侵襲轉(zhuǎn)移、化療耐藥以及預(yù)后等有著重要的調(diào)節(jié)作用。目前關(guān)于肺癌內(nèi)RNA編輯機(jī)制的研究尚不完善,本文將基于龐大的RNA-Seq數(shù)據(jù)集合挖掘肺癌中RNA編輯事件,分析特異性RNA編輯位點(diǎn)的生物學(xué)功能。研究基于一套R(shí)NA編輯識(shí)別算法以精確定位肺癌中的RNA編輯位點(diǎn),該算法涵蓋模式識(shí)別中聚類分析算法、二項(xiàng)分布、T-test、BenjaminiHochberg多重校正等統(tǒng)計(jì)學(xué)方法。此外,算法通過排除單核苷酸多態(tài)性、癌突變、測序錯(cuò)誤、簡單重復(fù)序列和旁系同源序列等干擾性因素以降低候選位點(diǎn)集合中的假陽性。根據(jù)RNA編輯位點(diǎn)在癌與癌旁組織中的編輯水平差異,研究最終識(shí)別149個(gè)特異性編輯位點(diǎn),其中位于CDS區(qū)的位點(diǎn)有11個(gè),位于3’UTR區(qū)的位點(diǎn)有97個(gè)。在特異性RNA編輯與肺癌機(jī)制的相關(guān)性的系統(tǒng)研究中,存在9個(gè)編輯位點(diǎn)改變氨基酸序列,其中IGFBP7和AZIN1的編輯事件潛在地影響肺癌的生物學(xué)進(jìn)程,位于3’UTR區(qū)的78個(gè)編輯位點(diǎn)破壞、新建、削弱或增強(qiáng)mi RNA與m RNA的靶向結(jié)合,其中多個(gè)mi RNA與肺癌的病理機(jī)制相關(guān)。從RNA編輯角度分析肺癌的病理機(jī)制,為尋找潛在的藥物靶標(biāo)作用點(diǎn)以及更好的肺癌診斷指標(biāo)、預(yù)后指標(biāo)以及治療方法提供理論基礎(chǔ)。
[Abstract]:Lung cancer is one of the most rapidly increasing morbidity and mortality of malignant tumors. The pathological mechanism of lung cancer is not fully understood. Molecular biology research will contribute to the early diagnosis of lung cancer. RNA editing is an important post-transcriptional regulation event. It plays an important role in tumorigenesis and development, invasion and metastasis, chemotherapeutic resistance and prognosis. At present, the research on the mechanism of RNA editing in lung cancer is not perfect. Based on the huge RNA-Seq data set, we will mine RNA editing events in lung cancer and analyze the biological functions of specific RNA editing sites. Based on a set of RNA editing and recognition algorithms to accurately locate RNA editing sites in lung cancer, this algorithm includes cluster analysis algorithm in pattern recognition, binomial distribution T-test Benjamini Hochberg multiple correction and other statistical methods. In addition, the algorithm reduces false positivity in candidate locus by excluding interference factors such as single nucleotide polymorphism, cancer mutation, sequencing error, simple repeat sequence and homologous sequence. According to the difference of editing level between cancer and paracancerous tissues, 149 specific editing sites were identified, of which 11 were located in the CDS region and 97 in the 3'UTR region. In the systematic study of the relationship between specific RNA editing and lung cancer mechanism, nine editing sites changed amino acid sequence. Among them, the editing events of IGFBP7 and AZIN1 potentially affected the biological process of lung cancer. 78 editing sites located in the 3'UTR region were destroyed, resulting in new, weakened or enhanced targeted binding of mi RNA to m RNA, many of which were related to the pathological mechanism of lung cancer. The pathological mechanism of lung cancer is analyzed from the point of view of RNA editing, which provides a theoretical basis for finding potential drug target sites and better diagnostic indicators, prognostic indicators and treatment methods for lung cancer.
【學(xué)位授予單位】：蘇州大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：R734.2

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