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亞致死照射后大鼠肝癌細(xì)胞基因表達(dá)譜的變化及其生物信息學(xué)分析

發(fā)布時間:2018-05-02 03:55

  本文選題:肝腫瘤 + 放射療法。 參考:《腫瘤》2017年07期


【摘要】:目的 :初步探討亞致死照射后殘存的肝癌細(xì)胞中基因表達(dá)譜和細(xì)胞轉(zhuǎn)移能力的變化,以及其可能的分子作用機制。方法:對肝癌Mc A-RH7777細(xì)胞進(jìn)行一次性照射(6 Gy),篩選殘存細(xì)胞即為McA-RH7777-6Gy細(xì)胞系。采用基因芯片技術(shù)檢測Mc A-RH7777和McA-RH7777-6Gy細(xì)胞中mRNA表達(dá)的變化。然后,利用DAVID數(shù)據(jù)庫對表達(dá)水平有明顯差異的基因進(jìn)行生物信息學(xué)分析,包括GO生物功能富集分析和KEGG信號通路富集分析。采用實時熒光定量PCR法驗證2組細(xì)胞中上述分析差異較大的3個基因基質(zhì)金屬蛋白酶組織抑制因子2(tissue inhibitor of metalloproteinase 2,TIMP2)、SMAD家族成員2(SMAD family member 2,SMAD2)和MET原癌基因m RNA表達(dá)差異。進(jìn)一步采用劃痕愈合實驗和Transwell小室法檢測2組細(xì)胞的遷移和侵襲能力的差異。結(jié)果:基因芯片檢測結(jié)果顯示,照射后殘存Mc A-RH7777-6Gy細(xì)胞與野生型Mc A-RH7777細(xì)胞相比,一系列與腫瘤相關(guān)的基因表達(dá)都發(fā)生了明顯變化。實時熒光定量PCR檢測結(jié)果顯示,與McA-RH7777細(xì)胞相比,Mc A-RH7777-6Gy細(xì)胞中TIMP2、SMAD2和MET mRNA的表達(dá)水平分別上調(diào)13.000、14.516和6.384倍。GO生物信息學(xué)分析發(fā)現(xiàn),這些基因多富集于腫瘤轉(zhuǎn)移相關(guān)的生物學(xué)過程,如Ras蛋白信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、細(xì)胞周期阻滯、細(xì)胞遷移、細(xì)胞黏附、凋亡負(fù)調(diào)控、細(xì)胞增殖正調(diào)控、上皮-間質(zhì)轉(zhuǎn)化正調(diào)控和MAP激酶活性正調(diào)控等。KEGG信號通路分析發(fā)現(xiàn),這些基因多富集在蛋白多糖信號通路、磷脂酰肌醇-3激酶(phosphoinositide-3 kinase,PI3K)-蛋白激酶B(protein kinase B,PKB,又稱Akt)信號通路、病毒致瘤信號通路、FoxO信號通路、Rap1信號通路、Hippo信號通路和Ras信號通路等。劃痕愈合實驗結(jié)果表明,McA-RH7777-6Gy組劃痕愈合率明顯高于McA-RH7777組劃痕愈合率(P0.001)。Transwell小室法檢測結(jié)果顯示,McA-RH7777-6Gy組細(xì)胞侵襲至小室濾膜下的平均細(xì)胞數(shù)明顯多于Mc A-RH7777組(P0.001)。結(jié)論:亞致死照射后殘存的肝癌細(xì)胞的遷移和侵襲能力明顯增強,這可能與腫瘤轉(zhuǎn)移相關(guān)信號通路基因的表達(dá)發(fā)生改變有關(guān)。
[Abstract]:Aim: to investigate the changes of gene expression profile and cell metastasis ability in hepatocellular carcinoma cells after sublethal irradiation and its possible molecular mechanism. Methods: Mc A-RH7777 cells of hepatocellular carcinoma were irradiated for 6 Gy at one time, and the remaining cells were selected as McA-RH7777-6Gy cell lines. The changes of mRNA expression in MC A-RH7777 and McA-RH7777-6Gy cells were detected by gene chip technique. Then, bioinformatics analysis of genes with different expression levels was carried out by using DAVID database, including go biofunctional enrichment analysis and KEGG signaling pathway enrichment analysis. Real-time fluorescence quantitative PCR assay was used to verify the difference of the expression of 2(SMAD family member 2 SMAD2 and MET proto-oncogene m RNA between the three tissue inhibitor of matrix metalloproteinases (2(tissue inhibitor of metalloproteinase 2) and TIMP2SMAD family member (2(SMAD family member 2 SMAD2) and MET proto-oncogene (m RNA) in the two groups. Furthermore, the difference of migration and invasion ability between the two groups was detected by scratch healing test and Transwell chamber assay. Results: compared with wild type Mc A-RH7777-6Gy cells, a series of tumor-related gene expressions were significantly changed in irradiated Mc A-RH7777-6Gy cells. The results of real-time fluorescence quantitative PCR analysis showed that the expression levels of TIMP2SMAD2 and MET mRNA in Mc A-RH7777-6Gy cells were up-regulated by 13.000,14.516 and 6.384 times, respectively, compared with those of McA-RH7777 cells. Bioinformatics analysis showed that these genes were mostly enriched in the biological processes associated with tumor metastasis. For example, signal transduction of Ras protein, cell cycle arrest, cell migration, cell adhesion, negative regulation of apoptosis, positive regulation of cell proliferation, positive regulation of epithelial-mesenchymal transformation and positive regulation of activity of MAP kinase, etc. These genes are mostly enriched in proteoglycan signaling pathway, phosphoinositide-3 kinase- phosphoinosititide-3 kinase- PI3Ka-PKB pathway, virogenic signal pathway Rap1 signal pathway, Ras signal pathway and so on. The results of scratch healing test showed that the rate of scratch healing in McA-RH7777-6Gy group was significantly higher than that in McA-RH7777 group (P0.001N. Transwell chamber method). The results showed that the average number of cells in McA-RH7777-6Gy group was significantly higher than that in Mc A-RH7777 group (P0.001). Conclusion: the migration and invasiveness of residual HCC cells after sublethal irradiation were significantly enhanced, which may be related to the change of gene expression in tumor metastasis related signaling pathway.
【作者單位】: 江南大學(xué)附屬醫(yī)院腫瘤研究所;江南大學(xué)附屬醫(yī)院腫瘤放療科;
【基金】:國家自然科學(xué)基金資助項目(編號:81301920、81301784、81672328) 江蘇省自然科學(xué)基金項目(編號:BK20151108、BK20150004)~~
【分類號】:R735.7

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本文編號:1832271

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