本文選題：人乳頭瘤病毒 + E蛋白��； 參考：《中國病原生物學雜志》2017年01期

【摘要】：目的預測并分析我國人群常見人乳頭瘤病毒HPV16、18、33、52與58亞型E7蛋白的線性B細胞表位。方法在NCBI數(shù)據(jù)庫中獲取5種高危型HPVE7蛋白氨基酸序列,采用ClustalX2軟件進行多序列比對;運用ExPASY服務(wù)器SOPMA和GOR4法預測二級結(jié)構(gòu),采用Kyte-Doolittle方案和Hopp-Wood方案預測親水性;運用Bepipred和ABCpred軟件預測B細胞表位,輔以抗原性指數(shù),綜合評判幾率較大的B細胞優(yōu)勢表位。結(jié)果綜合多參數(shù)分析,5種HPV亞型的B細胞表位均集中在蛋白質(zhì)的N端2-50位附近,其中預測的HPV16與52亞型的第16-21位氨基酸序列一致性為100%,均為QPETTD;HPV16型第28-41位(LNDSSEEEDEIDGP)與HPV52型第28-38位(LGDSSDEEDTD)的氨基酸序列一致性為78%;HPV16型第42-50位(AGQADEPRA),HPV33型第31-46位(SSDEDEGLDRP),HPV52型第36-46位(DTDGVDRPDGQ)和HPV58型第73-78位(TTTDVR)為各自的特異B細胞表位。結(jié)論生物信息學方法預測5種HPV的B細胞表位均集中在蛋白質(zhì)的N端2-50位附近,同時具有特異的B細胞表位(18型除外),可為宮頸癌的診斷、預防和新型疫苗的研制提供參考。
[Abstract]:Objective to predict and analyze the linear B cell epitopes of human papillomavirus (HPV16), HPV16, HPV16, HPV16, HPV16, and E7, subtype E7, which are common in human papillomavirus in China. Methods five kinds of high risk HPVE7 protein amino acid sequences were obtained from NCBI database, and the multiple sequence alignment was carried out by ClustalX2 software. The secondary structure was predicted by ExPASY server SOPMA and GOR4, and the hydrophilicity was predicted by Kyte-Doolittle and Hopp-Wood schemes. B cell epitopes were predicted by Bepipred and ABCpred software, supplemented by antigenicity index, and B cell dominant epitopes with higher probability were comprehensively evaluated. Results the B cell epitopes of five HPV subtypes were all located at the N-terminal 2-50 position of the protein. The predicted amino acid sequence of HPV16 and 52 subtype is 100, and the amino acid sequence of QPETTDV / HPV16 / LNDSSEEEDEIDGP) and HPV52 / 28-38 / GDSSDEEDTD) is 78-50 / 42-50 of AGQADEPRAPRACEN / HPV33 and 36-46 / 36-46 of HPV58 and 73-78 / 73-78 / 73-78, respectively. TTTDVR is their specific B cell epitopes. Conclusion the bioinformatics method for predicting the B cell epitopes of five kinds of HPV is concentrated near the N-terminal 2-50 position of the protein, and has a specific B-cell epitope type 18, which can be used as a reference for the diagnosis, prevention and development of new vaccines for cervical cancer.
【作者單位】： 濟南大學山東省醫(yī)學科學院醫(yī)學與生命科學學院;山東省醫(yī)學科學院山東省醫(yī)藥生物技術(shù)研究中心;山東青島正方元信公共衛(wèi)生檢測有限公司;
【分類號】：R737.33

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本文編號：1809372