本文選題：食管鱗癌　切入點：表觀遺傳學　出處：《北京協(xié)和醫(yī)學院》2016年博士論文

【摘要】：目的：發(fā)現食管鱗癌中組蛋白修飾基因突變組和野生型組之間差異表達的基因,探究其可能的功能；研究組蛋白修飾基因突變對食管鱗癌細胞功能的影響。方法：獲取癌癥基因組圖譜(TCGA)計劃公布的食管鱗癌體細胞突變和基因表達數據,綜合使用4款生物信息學軟件辨識組蛋白修飾基因突變組和野生型組間差異表達的基因,并分析其功能；使用本實驗室前期構建的KYSE-150 EP300 KO細胞系,以EP300為代表,研究組蛋白修飾基因突變對食管鱗癌細胞增殖、遷移、侵襲功能的影響。結果：綜合4款生物信息學軟件,共發(fā)現了兩組間差異表達的129個基因,主要富集與細胞膜,參與信號傳導、細胞對刺激反應等生物過程,涉及p53、Wnt等信號通路；EP300敲除顯著降低了KYSE-150細胞系的遷移和侵襲能力。討論：本實驗使用生物信息學的方法辨識了與組蛋白修飾基因突變相關的差異表達基因,食管鱗癌中組蛋白修飾基因的突變可能與抑癌基因的下調、處理氧化還原壓力的能力上調、血管新生調節(jié)失衡有關,并可能通過以上途徑促進食管鱗癌的發(fā)生發(fā)展。
[Abstract]:Objective: to find the differentially expressed genes between histone modified gene mutation group and wild type group in esophageal squamous cell carcinoma and to explore its possible function. Effects of protein-modified gene mutations on the function of esophageal squamous cell carcinoma cells. Methods: somatic mutation and gene expression data of esophageal squamous cell carcinoma were obtained from the cancer genome map (TCGA) project. Four bioinformatics softwares were used to identify differentially expressed genes between mutant group and wild type group of histone modified gene, and to analyze their functions. EP300 was used as the representative of KYSE-150 EP300 KO cell line constructed in our laboratory. The effect of protein-modified gene mutation on the proliferation, migration and invasion of esophageal squamous cell carcinoma cells was studied. Results: 129 differentially expressed genes were found in four bioinformatics software groups, which were mainly rich in cell membrane. Involved in signal transduction, cell response to stimuli and other biological processes, P53 / Wnt signaling pathway EP300 knockout significantly reduced the migration and invasion of KYSE-150 cell lines. We used bioinformatics to identify differentially expressed genes associated with histone modified gene mutations. The mutation of histone modified gene in esophageal squamous cell carcinoma may be related to the down-regulation of tumor suppressor gene, the up-regulation of redox pressure and the imbalance of angiogenesis, and may promote the occurrence and development of esophageal squamous cell carcinoma through these pathways.
【學位授予單位】：北京協(xié)和醫(yī)學院
【學位級別】：博士
【學位授予年份】：2016
【分類號】：R735.1

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本文編號：1673253