發(fā)布時間：2018-03-27 21:10

  本文選題：食管鱗癌　切入點：表觀遺傳學(xué)　出處：《北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院》2016年博士論文

【摘要】：目的：發(fā)現(xiàn)食管鱗癌中組蛋白修飾基因突變組和野生型組之間差異表達(dá)的基因,探究其可能的功能；研究組蛋白修飾基因突變對食管鱗癌細(xì)胞功能的影響。方法：獲取癌癥基因組圖譜(TCGA)計劃公布的食管鱗癌體細(xì)胞突變和基因表達(dá)數(shù)據(jù),綜合使用4款生物信息學(xué)軟件辨識組蛋白修飾基因突變組和野生型組間差異表達(dá)的基因,并分析其功能；使用本實驗室前期構(gòu)建的KYSE-150 EP300 KO細(xì)胞系,以EP300為代表,研究組蛋白修飾基因突變對食管鱗癌細(xì)胞增殖、遷移、侵襲功能的影響。結(jié)果：綜合4款生物信息學(xué)軟件,共發(fā)現(xiàn)了兩組間差異表達(dá)的129個基因,主要富集與細(xì)胞膜,參與信號傳導(dǎo)、細(xì)胞對刺激反應(yīng)等生物過程,涉及p53、Wnt等信號通路；EP300敲除顯著降低了KYSE-150細(xì)胞系的遷移和侵襲能力。討論：本實驗使用生物信息學(xué)的方法辨識了與組蛋白修飾基因突變相關(guān)的差異表達(dá)基因,食管鱗癌中組蛋白修飾基因的突變可能與抑癌基因的下調(diào)、處理氧化還原壓力的能力上調(diào)、血管新生調(diào)節(jié)失衡有關(guān),并可能通過以上途徑促進(jìn)食管鱗癌的發(fā)生發(fā)展。
[Abstract]:Objective: to find the differentially expressed genes between histone modified gene mutation group and wild type group in esophageal squamous cell carcinoma and to explore its possible function. Effects of protein-modified gene mutations on the function of esophageal squamous cell carcinoma cells. Methods: somatic mutation and gene expression data of esophageal squamous cell carcinoma were obtained from the cancer genome map (TCGA) project. Four bioinformatics softwares were used to identify differentially expressed genes between mutant group and wild type group of histone modified gene, and to analyze their functions. EP300 was used as the representative of KYSE-150 EP300 KO cell line constructed in our laboratory. The effect of protein-modified gene mutation on the proliferation, migration and invasion of esophageal squamous cell carcinoma cells was studied. Results: 129 differentially expressed genes were found in four bioinformatics software groups, which were mainly rich in cell membrane. Involved in signal transduction, cell response to stimuli and other biological processes, P53 / Wnt signaling pathway EP300 knockout significantly reduced the migration and invasion of KYSE-150 cell lines. We used bioinformatics to identify differentially expressed genes associated with histone modified gene mutations. The mutation of histone modified gene in esophageal squamous cell carcinoma may be related to the down-regulation of tumor suppressor gene, the up-regulation of redox pressure and the imbalance of angiogenesis, and may promote the occurrence and development of esophageal squamous cell carcinoma through these pathways.
【學(xué)位授予單位】：北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院
【學(xué)位級別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：R735.1

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本文編號：1673253