本文關(guān)鍵詞： 膽管癌 差異表達(dá)基因 蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò) 細(xì)胞凋亡 細(xì)胞周期 細(xì)胞增殖　出處：《蘇州大學(xué)》2015年博士論文　論文類型：學(xué)位論文

【摘要】：背景：膽管癌是最常見(jiàn)的肝膽系統(tǒng)惡性腫瘤之一,肝內(nèi)外膽管癌占所有肝膽惡性腫瘤的10%-25%,發(fā)病率僅次于肝細(xì)胞癌位于肝膽系統(tǒng)惡性腫瘤的第二位。膽管癌按照部位可劃分為肝內(nèi)膽管癌,肝門部膽管癌和肝外膽管癌。膽管癌的發(fā)病率有相當(dāng)大的地理和人群差異。其既定的風(fēng)險(xiǎn)因素包括寄生蟲(chóng)感染原發(fā)性硬化性膽管炎,膽管囊腫,肝內(nèi)膽管結(jié)石等。本研究通過(guò)分析膽管癌相關(guān)基因芯片數(shù)據(jù)篩選與膽管癌發(fā)病機(jī)制相關(guān)的重要基因和通路,并對(duì)篩選出的基因進(jìn)行實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證,探索這些基因在膽管癌的發(fā)生發(fā)展中的作用。方法：從GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中下載數(shù)據(jù)GSE34166,該數(shù)據(jù)集共有10個(gè)樣本(包括4個(gè)良性膽管狹窄和6個(gè)惡性膽管狹窄樣本),采用R軟件包做數(shù)據(jù)預(yù)處理和差異表達(dá)分析,選取差異表達(dá)基因。然后對(duì)差異表達(dá)基因進(jìn)行生物信息學(xué)分析,首先上傳至String 8.3在線分析工具獲得差異表達(dá)基因的蛋白一蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)統(tǒng)計(jì)網(wǎng)絡(luò)中各個(gè)節(jié)點(diǎn)的度,挑選出最關(guān)鍵的hub基因,再篩選hub基因在所有人類基因范圍內(nèi)的互作網(wǎng)絡(luò)(score0.9),對(duì)網(wǎng)絡(luò)中的基因進(jìn)行通路富集分析。利用基于文本挖掘方法的在線免費(fèi)工(EpiTect ChIP qPCR Primers)搜索hub基因的轉(zhuǎn)錄因子。通過(guò)RT-PCR方法檢測(cè)重要差異表達(dá)基因在膽管癌細(xì)胞中的表達(dá)變化。構(gòu)建GSTA1過(guò)表達(dá)載體,在膽管癌細(xì)胞中瞬時(shí)轉(zhuǎn)染載體,過(guò)表達(dá)GSTA1;用siRNA干擾的方法沉默EPHB2。分別用Annexin V-FITC/PI雙染、流式細(xì)胞儀和MTT的方法檢測(cè)GST TA1過(guò)表達(dá)和EPHB2沉默對(duì)膽管癌細(xì)胞凋亡、細(xì)胞周期和細(xì)胞增殖的影響。結(jié)果：1.篩選到377個(gè)差異表達(dá)基因,其中212個(gè)上調(diào)基因,165個(gè)下調(diào)基因。研究發(fā)現(xiàn)HOXB6,HOXA10和EPHB2等基因上調(diào)差異倍數(shù)較大,SLC4A4和GSTA1等基因下調(diào)差異倍數(shù)較大。2.利用GSTA1基因建立的由25個(gè)基因(其中包括1個(gè)差異表達(dá)的基因GSTA3)組成的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò),在網(wǎng)絡(luò)中hub基因GSTA1和GSTA3,主要與CYP家族基因有密切的相互聯(lián)系。蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中基因主要富集的信號(hào)通路是細(xì)胞色素P450外源性物質(zhì)代謝作用通路,藥物代謝作用通路和谷胱甘肽代謝作用通路。調(diào)控hub基因G STA1的轉(zhuǎn)錄因子主要是：Sp-1, Ap-1, c-Jun和c-Fos。3. RT-PCR實(shí)驗(yàn)檢測(cè)發(fā)現(xiàn)：HOXB6、HOXA10和SLC4A4在體外實(shí)驗(yàn)中檢測(cè)得到的表達(dá)結(jié)果與生物信息學(xué)方法得到的結(jié)果不完全一致而EPHB2和GSTA1的結(jié)果與生信分析的結(jié)果是一致的。4.GS TA1過(guò)表達(dá)對(duì)HCCC-9810膽管癌細(xì)胞的細(xì)胞凋亡、細(xì)胞周期和細(xì)胞增殖沒(méi)有明顯影響。5.沉默EPHB2基因后,RBE細(xì)胞凋亡未受到顯著影響,而細(xì)胞周期和細(xì)胞增殖受到了影響。結(jié)論：這些研究結(jié)果說(shuō)明EPHB2和GSTA1基因在膽管癌中確實(shí)發(fā)生了差異表達(dá),其中EPHB2基因?qū)?xì)胞周期和細(xì)胞活性都產(chǎn)生了明顯影響。這些重要的基因?qū)⒂型蔀樵\斷和治療膽管癌新的生物學(xué)標(biāo)志物。本文的研究為探討膽管癌發(fā)病的分子機(jī)制提供了新信息,為研究新的治療策略提供了理論基礎(chǔ)和實(shí)驗(yàn)基礎(chǔ)。
[Abstract]:......
【學(xué)位授予單位】：蘇州大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：R735.8

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本文編號(hào)：1502754