本文關(guān)鍵詞：乳腺癌基因表達譜數(shù)據(jù)的相關(guān)性研究　出處：《南京醫(yī)科大學(xué)》2015年碩士論文　論文類型：學(xué)位論文

  更多相關(guān)文章： 乳腺癌 基因表達譜 可重復(fù)性 相關(guān)系數(shù) FDR 功能富集 通路

【摘要】：基于蛋白質(zhì)和基因表達譜等高通量數(shù)據(jù)識別與癌癥發(fā)生和發(fā)展相關(guān)的差異表達基因是癌癥研究的一個重要方面。盡管相關(guān)研究已經(jīng)取得很大的進展,但也發(fā)現(xiàn)了這樣的問題:同一種癌癥不同研究得到的基因表達譜數(shù)據(jù)中發(fā)現(xiàn)的差異表達基因僅有少部分是重疊的,即重復(fù)性低。可重復(fù)性低這一問題急需得到解決,否則將會使高通量技術(shù)受到質(zhì)疑,進一步的臨床應(yīng)用也將受到影響。分析原因,數(shù)據(jù)擾動是引起重復(fù)性低的重要原因�；虮磉_譜數(shù)據(jù)的擾動由實驗誤差和生物學(xué)誤差組成。實驗誤差可以通過實驗手段和技術(shù)的提高改進,儀器設(shè)備的更新完善等來控制,而生物學(xué)誤差來源于基因表達調(diào)控的多樣性與單核苷酸多態(tài)性,無法避免,占擾動誤差的主要部分。因此,提出少受數(shù)據(jù)擾動誤差影響的篩選差異表達基因的新統(tǒng)計方法來提高可重復(fù)性,具有重要的意義。研究發(fā)現(xiàn),由不同研究篩選的癌癥差異表達基因重疊率雖然較低,但它們在表達相關(guān)的意義上一致性較高,這提示我們有可能通過相關(guān)性方面的研究來提高篩選的癌癥差異表達基因重疊率。本文選取乳腺癌的表達譜數(shù)據(jù)為研究對象,通過研究數(shù)據(jù)之間的相關(guān)性,進而提出篩選差異表達基因的改進方法。1.目前在基因表達譜數(shù)據(jù)篩選差異表達基因中,多使用FDR(false discovery rate)方法,該方法在傳統(tǒng)t檢驗的基礎(chǔ)上,通過用ALSU(adaptive 1inear step-up)控制程序進行基因篩選。本文定義和計算了乳腺癌表達譜數(shù)據(jù)中基因的各種相關(guān)系數(shù),發(fā)現(xiàn)隨著FDR調(diào)整的P值增大,基因的總相關(guān)系數(shù)呈下降趨勢。通過差異基因的功能富集分析發(fā)現(xiàn),顯著性富集通路中差異基因的平均相關(guān)系數(shù),大部分要高于全體差異基因的平均相關(guān)系數(shù)。這說明功能一致的差異表達基因,它們之間的相關(guān)性越強。利用計算機產(chǎn)生不同誤差的模擬數(shù)據(jù),分別計算和比較平均相關(guān)系數(shù)和t檢驗P值的均方根誤差,前者要小于后者。這表明表達譜數(shù)據(jù)的相關(guān)性受擾動的影響要小于傳統(tǒng)t檢驗方法。2.本文在FDR方法基礎(chǔ)上,提出一種結(jié)合相關(guān)性的改進方法來篩選乳腺癌的差異表達基因。結(jié)果表明,改進方法篩選出的差異基因重復(fù)率要高于FDR方法的基因重復(fù)率,其中的重復(fù)基因含有的已知乳腺癌相關(guān)基因也要多于FDR方法。同時,功能富集的結(jié)果也更優(yōu)于FDR篩選出差異基因的功能富集結(jié)果,改進方法能夠選出更多的與乳腺癌密切相關(guān)的通路。由此可見,基于相關(guān)性的改進方法是魯棒和穩(wěn)定的,效果比傳統(tǒng)FDR方法更好。綜上所述,本文對乳腺癌基因表達譜數(shù)據(jù)的相關(guān)性進行了研究,提出了結(jié)合相關(guān)性對FDR方法進行改進的方法用于篩選差異表達基因,提高了不同研究的癌癥表達譜數(shù)據(jù)可重復(fù)性,對利用高通量技術(shù)研究癌癥的發(fā)生發(fā)展,解決臨床問題有積極意義。
[Abstract]:This paper presents a new statistical method for screening differential expression genes in breast cancer .

【學(xué)位授予單位】：南京醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號】：R737.9

【相似文獻】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 黃嘯原;用“印度閱兵”形容乳腺癌合適嗎?[J];診斷病理學(xué)雜志;2001年02期

2 張嘉慶,王殊,喬新民;乳腺癌的現(xiàn)狀和遠景[J];中華外科雜志;2002年03期

3 張維彬,汪波,石靈春;中醫(yī)藥在現(xiàn)代乳腺癌治療中的運用[J];中國中西醫(yī)結(jié)合急救雜志;2002年01期

4 薛志勇;食物與乳腺癌[J];山東食品科技;2002年04期

5 王旬果,王建軍,鄭國華;乳腺癌相關(guān)標(biāo)志物的研究進展[J];山東醫(yī)藥;2002年33期

6 陸尚聞;;男人也患乳腺癌[J];環(huán)境;2003年12期

7 ;新技術(shù)清晰拍攝早期乳腺癌細胞[J];上海生物醫(yī)學(xué)工程;2005年04期

8 田富國;郭向陽;張華一;;乳腺癌診治研究新進展[J];腫瘤研究與臨床;2005年S1期

9 馬濤,谷俊朝;血管內(nèi)皮生長因子與乳腺癌的臨床研究進展[J];國外醫(yī)學(xué)(外科學(xué)分冊);2005年01期

10 郭慶良,谷俊朝;乳腺癌和瘦素相關(guān)性研究進展[J];國外醫(yī)學(xué).外科學(xué)分冊;2005年03期

相關(guān)會議論文 前10條

1 于永利;;抗乳腺癌免疫治療融合蛋白[A];中國免疫學(xué)會第四屆學(xué)術(shù)大會會議議程及論文摘要集[C];2002年

2 郭紅飛;;中醫(yī)治療乳腺癌的策略[A];江西省中醫(yī)、中西醫(yī)結(jié)合腫瘤學(xué)術(shù)交流會論文集[C];2012年

3 龐朋沙;伍會健;;乳腺癌治療靶標(biāo)的研究進展[A];北方遺傳資源的保護與利用研討會論文匯編[C];2010年

4 陸勁松;邵志敏;吳炅;韓企夏;沈鎮(zhèn)宙;;新型維甲酸抑制乳腺癌細胞的生長及誘導(dǎo)凋亡的機制研究[A];2000全國腫瘤學(xué)術(shù)大會論文集[C];2000年

5 劉愛國;胡冰;;乳腺癌臨床治療進展[A];安徽省抗癌協(xié)會第四次代表大會暨乳腺癌、肺癌專業(yè)委員會成立會議、安徽省腫瘤防治進展學(xué)術(shù)研討會論文匯編[C];2001年

6 張嘉慶;王殊;喬新民;;乳腺癌的現(xiàn)狀和遠景[A];第一屆全國中西醫(yī)結(jié)合乳腺疾病學(xué)術(shù)會議論文匯編[C];2002年

7 劉清俊;;乳腺癌綜合治療的新進展[A];山西省抗癌協(xié)會第六屆腫瘤學(xué)術(shù)交流會論文匯編[C];2003年

8 邵志敏;;21世紀(jì)乳腺癌治療的展望[A];第三屆中國腫瘤學(xué)術(shù)大會教育論文集[C];2004年

9 陳松旺;張明;;乳腺癌治療的回顧與展望[A];西部地區(qū)腫瘤學(xué)學(xué)術(shù)會議論文匯編[C];2004年

10 白霞;傅建新;丁凱陽;王兆鉞;阮長耿;;組織因子途徑抑制物-2在乳腺癌細胞中的表達研究[A];第10屆全國實驗血液學(xué)會議論文摘要匯編[C];2005年

相關(guān)重要報紙文章 前10條

1 ;血檢有望揭示乳腺癌治療效果[N];醫(yī)藥經(jīng)濟報;2004年

2 記者 鄭曉春;乳腺癌細胞擴散基因被找到[N];科技日報;2007年

3 中國軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院腫瘤中心主任 宋三泰;乳腺癌有了新療法[N];中國婦女報;2002年

4 王艷紅;抑制ＤＮＡ修補可消滅乳腺癌細胞[N];醫(yī)藥經(jīng)濟報;2005年

5 詹建;乳腺癌飲食 兩個時期不一樣[N];中國中醫(yī)藥報;2006年

6 辛君;乳腺癌擴散基因“浮出水面”[N];大眾衛(wèi)生報;2009年

7 記者 毛黎;美發(fā)現(xiàn)有效抑制乳腺癌細胞生長的分子[N];科技日報;2010年

8 記者 吳春燕　通訊員 王麗霞;乳腺癌治療將有新途徑[N];光明日報;2011年

9 王樂　沈基飛;我科學(xué)家發(fā)現(xiàn)導(dǎo)致乳腺癌耐藥的新標(biāo)志物[N];科技日報;2011年

10 劉霞;一種天然分子能阻止乳腺癌惡化[N];科技日報;2011年

相關(guān)博士學(xué)位論文 前10條

1 柴紅燕;疾病狀態(tài)下CYP4Z1和4A的生物學(xué)行為及其藥物干預(yù)研究[D];武漢大學(xué);2012年

2 李凱;ID(inhibitor of DNA binding)家族蛋白調(diào)控乳腺細胞的分化并影響乳腺癌的預(yù)后[D];復(fù)旦大學(xué);2014年

3 江一舟;乳腺癌新輔助化療前后基因變異檢測及其功能論證[D];復(fù)旦大學(xué);2014年

4 馬邵;酪氨酸去磷酸化增強表皮生長因子受體在乳腺癌治療中靶向性的研究[D];山東大學(xué);2015年

5 姚若斯;精氨酸甲基轉(zhuǎn)移酶PRMT7誘導(dǎo)乳腺癌細胞發(fā)生表皮—間質(zhì)轉(zhuǎn)換及轉(zhuǎn)移的作用機制研究[D];東北師范大學(xué);2015年

6 侯培鋒;α-酮戊二酸二甲酯(DM-2KG)上調(diào)缺氧誘導(dǎo)因子-1α(HIF-1α)誘發(fā)高致瘤性干細胞樣乳腺癌細胞機制研究[D];福建醫(yī)科大學(xué);2014年

7 李麗麗;分泌蛋白SHON調(diào)控乳腺癌細胞EMT的分子機制研究[D];東北師范大學(xué);2015年

8 陳麗艷;PI3K抑制劑聯(lián)合組蛋白去乙�；敢种苿⿲θ橄侔﹨f(xié)同殺傷作用的分子機制研究[D];延邊大學(xué);2015年

9 樸俊杰;乳腺癌差異基因篩選及PAIP1對其生物學(xué)行為的影響[D];延邊大學(xué);2015年

10 汪[?如;染色體6q25.1區(qū)域基因多態(tài)性與乳腺癌遺傳易感性的關(guān)聯(lián)研究[D];南方醫(yī)科大學(xué);2015年

相關(guān)碩士學(xué)位論文 前10條

1 杜文英;乳腺癌分子亞型的臨床與病理特點[D];鄭州大學(xué);2011年

2 單系金;Mfn2磷酸化修飾對其調(diào)控乳腺癌細胞增殖功能的重要性的研究[D];河北聯(lián)合大學(xué);2014年

3 徐晶;缺氧對乳腺癌細胞miR-210表達及侵襲能力的影響[D];河北聯(lián)合大學(xué);2014年

4 李麗;Mfn2對乳腺癌細胞MCF-7侵襲遷移能力的影響及機制探究[D];河北聯(lián)合大學(xué);2014年

5 楊洋;醌氧化還原酶及其抑制劑在乳腺癌增殖與遷移中的作用研究[D];延邊大學(xué);2015年

6 張秀娟;免疫組化與熒光原位雜交檢測乳腺癌Her-2表達的對比研究及17號染色多體對檢測結(jié)果的影響[D];泰山醫(yī)學(xué)院;2014年

7 韓晶;納米脂質(zhì)體多西他賽抑制乳腺癌細胞增殖降低骨髓毒性的機制[D];安徽大學(xué);2015年

8 鐘顯峰;乳腺癌的分子亞型與淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的關(guān)系研究[D];泰山醫(yī)學(xué)院;2014年

9 張碩穩(wěn);MTDH、IκB、NF-κB P65在乳腺癌組織中的表達及意義[D];河北醫(yī)科大學(xué);2015年

10 謝少利;RNAi阻低UBE3A后對乳腺癌細胞MDA-MB-231生物學(xué)行為的影響及其機制研究[D];川北醫(yī)學(xué)院;2015年

，

本文編號：1367326