發(fā)布時間：2017-12-16 15:07

  本文關鍵詞：賁門腺癌TP53和MUC6基因突變及生存分析

  更多相關文章： 賁門腺癌 全基因組外顯子測序 TP53 MUC6 生存分析

【摘要】：研究背景和目的賁門腺癌(Gastric cardia adenocarcinoma)是我國北方常見的消化道惡性腫瘤之一,預后差,五年生存率低。在我國,賁門腺癌與食管癌具有相似的流行病學特征,體現(xiàn)在顯著的地區(qū)分布和明顯的家族聚集性,即在食管癌高發(fā)的地區(qū),賁門腺癌也高發(fā)；均呈現(xiàn)明顯的食管賁門癌家族聚集現(xiàn)象,因此,又稱為“姐妹癌”。全基因組外顯子測序(whole-exome sequence, WES),又稱為靶向外顯子捕獲,主要針對人類基因組編碼區(qū),探測疾病相關基因,由于目標基因僅占人類基因組的1%,因此具有較高的覆蓋率和深度。目前,WES研究方法是學術界公認的發(fā)現(xiàn)疾病致病基因的有效方法,以往食管癌測序已經(jīng)發(fā)現(xiàn)食管癌致病基因,但對于賁門腺癌致病分子機制尚不清楚。因此,本次研究對我們課題組賁門腺癌全基因組外顯子測序的部分結果進行總結。TP53是人體重要的抑癌基因,人類TP53基因定位于染色體17P13.1,全長20kb,由11個外顯子和10個內含子組成,編碼393個氨基酸蛋白,分子量為50KDa,在惡性腫瘤患者常會發(fā)生突變導致蛋白功能改變。MUC6編碼胃黏蛋白,人類MUC6定位于11p15.5染色體,包含33個外顯子,腫瘤組織中MUC6多出現(xiàn)異常表達。綜上,本次研究主要對賁門腺癌TP53和MUC6突變特征及與賁門腺癌臨床病理特征和預后的關系進行分析,為臨床上責門腺癌的精準治療提供分子基礎。材料與方法2.1賁門腺癌TP53和MUC6基因突變研究2.1.1研究對象本組69例賁門腺癌病例均來自鄭州大學第一附屬醫(yī)院河南省食管癌重點開放實驗室1973至2015年50萬例食管癌和賁門癌臨床信息和生物樣本資料庫。其中男性56例,平均年齡62.5±6.7歲,女性13例,平均年齡62.5±4.3歲。2.1.2研究方法醫(yī)院收集賁門腺癌術后標本,液氮保存,繼而轉入-80℃冰箱保存?zhèn)溆�；同時核對患者姓名、性別、年齡、聯(lián)系方式和地址,補充臨床信息和病理信息。采用電話或入戶面談等方法,定期隨訪,記錄患者生存狀況、去世時間、去世原因等。用QIAGEN試劑盒提取新鮮冰凍組織基因組DNA；用NanoDrop 2000精確測定每份待標化DNA樣本濃度,要求濃度不低于50ng/μl, OD值在1.7～2.0之間；用瓊脂糖凝膠電泳檢測DNA樣品純度,要求DNA樣品條帶清晰。采用全基因組外顯子測序方法研究賁門腺癌TP53和MUC6基因突變,采用BWA(Burrows-Wheeler Aligner)、GATK(The Genome Analysis Toolkit 1.6)等軟件進行基因序列比對分析,以人類基因組為模板,癌和癌旁基因組分別與之比對,在癌組織突變中去掉正常組織突變部分,即為賁門腺癌體細胞突變結果。統(tǒng)計分析選擇SPSS21.0軟件,用率、構成比對資料進行描述,用Spearman秩相關進行關聯(lián)性分析,用Kappa檢驗進行一致性檢測。P0.05為差異具有統(tǒng)計學意義。2.2賁門腺癌TP53和MUC6基因突變生存分析2.2.1研究對象入組的病例與本次研究第一部分病例相同,其中男性56例,平均年齡62.5±6.7歲,女性13例,平均年齡62.5±4.3歲。2.2.2研究方法資料收集和隨訪方法與TP53和MUC6基因突變研究一致,采用SPSS21.0軟件進行統(tǒng)計分析,用率、構成比對資料進行描述,用卡方檢驗和Fisher確切概率法進行各組間比較,用Kaplan-Meier、Log-rank和Cox模型進行生存分析。P0.05為差異具有統(tǒng)計學意義。結果3.1 賁門腺癌TP53和MUC6基因突變研究3.1.1 69例賁門腺癌基因突變69例賁門腺癌WES檢測顯示,共發(fā)現(xiàn)80016個體細胞突變事件,包含70458個SNP(88.05%),5394個Deletion(6.74%)和4164個Insertion(5.21%)。70458個SNP中,錯義突變22.01%(15507/70458)：5394個Deletion和4164個Insertion中,均為3'UTR突變最高,分別為29.61%(1597/5394)和40.25%(1676/4164)。3.1.2賁門腺癌TP53基因突變69例賁門腺癌中,29例出現(xiàn)TP53突變,突變率42.0%。共發(fā)現(xiàn)30個突變。事件,包含24個SNP和6個Deletion。24個SNP中,錯義突變最高,66.67%(16/24)。6個Deletion主要以移碼突變?yōu)橹?83.33%(5/6)。本組賁門腺癌TP53突變主要發(fā)生在第7、第5、第6、第8、第4和第9外顯子,其錯義突變發(fā)生在第5、第6、第7和第8外顯子；無義突變主要發(fā)生在第6外顯子；移碼突變在第5、第6、第8、第9外顯子均有發(fā)生。3.1.3責門腺癌MUC6基因突變69例賁門腺癌中,52例出現(xiàn)MUC6突變,突變率75.4%。共發(fā)現(xiàn)175個突變事件,包含167個SNP,4個Deletion和4個Insertion。167個SNP中錯義突變占最高,61.68%(103/167)。4個Deletion以移碼缺失為主,75.00%(3/4)。4個Insertion均為移碼插入。本組賁門腺癌MUC6突變主要發(fā)生在第31外顯子,103個錯義突變、3個移碼缺失、4個移碼插入、1個非移碼缺失和1個沉默突變均發(fā)生在第31外顯子。此外,第24外顯子上發(fā)生1例沉默突變。3.1.4 TP53和MUC6關聯(lián)性分析本組資料中,TP53和MUC6均發(fā)生突變19例(27.5%)；TP53突變10例(14.5%)；MUC6突變33例(47.8%)；二者均未突變7例(10.1%)。Spearman秩相關顯示兩種基因突變無明顯關聯(lián)(r=-0.195,P=0.109)；Kappa一致性檢測顯示,兩種基因突變一致性較差。3.2賁門腺癌TP53和MUC6基因突變生存分析3.2.1賁門腺癌TP53變異與臨床病理特征分析69例賁門腺癌組織中,29例發(fā)生TP53基因突變,突變率42.0%(29/69)。淋巴結轉移陽性組TP53突變率顯著高于陰性組(51.0%vs16.7%),P=0.013。3.2.2賁門腺癌MUC6變異與臨床病理特征分析69例賁門癌組織中,52例發(fā)生MUC6突變,突變率75.4%(52/69)。MUC6在賁門腺癌各臨床病理特征均具有較高突變率,但組間差異不顯著。3.2.3賁門腺癌TP53和MUC6突變與臨床病理特征分析本組資料顯示,各臨床病理指標中MUC6突變組均高于其他三組,在不同年齡組間(P=0.050)和不同淋巴結轉移組間(P=0.017)差異顯著。3.2.4賁門腺癌TP53突變與生存分析本組69例賁門腺癌患者,隨訪成功62例,成功率89.9%。TP53突變組,患者5年生存率為40%；而未突變組患者為54%。Kaplan-Meier和Log-rank分析顯示TP53基因正常組患者生存率高于突變組,但無顯著差異。3.2.5賁門腺癌MUC6突變與生存分析62例隨訪成功的賁門腺癌患者,MUC6突變組,5年生存率為46%；而未突變組為57%。Kaplan-Meier和Log-rank分析顯示MUC6基因正常組患者生存率高于突變組,但無顯著差異。3.2.6賁門腺癌TP53和MUC6變異與生存分析本組隨訪成功62例患者中,TP53和MUC6均發(fā)生突變,TP53突變,MUC6突變及均未突變四組間生存曲線無明顯差異(χ2=1.912,P=0.591)；兩兩比較,各組生存亦無統(tǒng)計學差異。3.2.7賁門腺癌臨床病理特征與生存的關系隨訪成功的62例賁門腺癌患者,不同性別、年齡、高低發(fā)區(qū)、城市農(nóng)村、大體類型、腫瘤最長徑、分化程度、T分期、N分期、TNM分期及不同腫瘤家族史間,患者生存均無顯著統(tǒng)計學差異。3.2.8賁門腺癌Cox多因素回歸分析本組資料顯示,賁門腺癌TP53突變(OR=1.326, P=0.600,95%CI= (0.462-3.809))和MUC6突變(OR=1.851, P=0.345,95%CI= (0.515-6.650))可能與賁門腺癌患者死亡風險有關,但本組差異無統(tǒng)計學意義。結論4.1 賁門腺癌TP53和MUC6突變本組賁門腺癌TP53和MUC6均具有較高突變率,以SNP突變?yōu)橹鳎籘P53突變主要發(fā)生在第7、第5、第6、第8、第4和第9外顯子。MUC6突變主要發(fā)生在第31外顯子。Spearman秩相關顯示兩種基因突變無明顯關聯(lián)；Cappa一致性檢測顯示,兩種基因突變一致性較差。4.2賁門腺癌P53和MUC6突變與臨床病理特征和生存分析本組賁門腺癌TP53和MUC6變異與淋巴結轉移顯著相關,未突變組患者生存期優(yōu)于突變組,TP53和MUC6突變可能與患者死亡風險有關。
【學位授予單位】：鄭州大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2016
【分類號】：R735.2

【相似文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 李湘洲,管立學,高麗,胡德宏,王敬先,王瑞麗,杜欣瑩,李海波;國人P53基因CD72 Arg/Pro多態(tài)性與賁門腺癌發(fā)病相關[J];世界華人消化雜志;2004年08期

2 江生,藍斌,羅友雄,李木泉,陳恕,方忠民;賁門腺癌外科治療的臨床分析[J];河北醫(yī)學;2005年07期

3 劉廣民;;賁門腺癌105例外科治療的臨床分析[J];中外醫(yī)療;2009年11期

4 鄧一靜;吳本儼;王剛石;;賁門腺癌研究進展及治療前景[J];軍醫(yī)進修學院學報;2009年02期

5 鄭斌;李永鋒;胡yN;傅劍華;;輔助治療在賁門腺癌治療中的價值[J];廣東醫(yī)學;2010年02期

6 ;體重指數(shù)與食營賁門腺癌[J];中國腫瘤;1998年06期

7 顧澤苗,黃耿雄,張曉忠;賁門腺癌術中綜合治療對預后的影響[J];醫(yī)藥世界;2005年07期

8 顧澤苗;黃耿雄;張曉忠;;賁門腺癌術中綜合治療對預后的影響[J];臨床和實驗醫(yī)學雜志;2006年01期

9 王國清;魏文強;張俊會;;17例早期賁門腺癌患者的自然生存狀況追蹤分析[J];癌癥;2007年11期

10 彭學宏;陳暖;許建衡;焦曉陽;;賁門腺癌經(jīng)典多藥耐藥機制的研究[J];中國實用醫(yī)藥;2008年26期

中國重要會議論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 程妍;張軍;王燕;;運用激光捕獲顯微切割獲取的賁門腺癌細胞的蛋白質組研究[A];中華醫(yī)學會第七次全國消化病學術會議論文匯編（下冊）[C];2007年

2 郭煒;董稚明;楊植彬;鄺鋼;于鳳玲;高國棟;;賁門腺癌中E-鈣粘蛋白基因甲基化狀況研究[A];全國腫瘤流行病學和腫瘤病因學學術會議論文集[C];2007年

3 溫登瑰;鄒文娣;張立瑋;王小玲;王士杰;;高發(fā)區(qū)部位別上消化道癌家族史、發(fā)生年齡、多原發(fā)癌及性別比的比較-食管鱗癌與賁門腺癌遺傳易感性比較研究[A];全國腫瘤流行病學和腫瘤病因學學術會議論文集[C];2011年

4 董稚明;何明;郭煒;郭艷麗;楊植彬;王士杰;;賁門腺癌中HLTF基因甲基化狀態(tài)及其對表達的影響[A];第五屆全國中醫(yī)藥免疫學術研討會——暨環(huán)境·免疫與腫瘤防治綜合交叉會議論文匯編[C];2009年

5 董稚明;郭煒;林新文;郭艷麗;楊植彬;鄺鋼;;賁門腺癌中RKIP基因的異常甲基化[A];中國科協(xié)第十四屆年會第十七分會場環(huán)境危害與健康防護研討會論文集[C];2012年

6 程鵬;龔均;劉貴生;汪濤;陳杰;常英;;賁門腺癌和食管腺癌基因表達譜的比較[A];中華醫(yī)學會第七次全國消化病學術會議論文匯編（下冊）[C];2007年

7 郭艷麗;郭煒;鄺鋼;楊植彬;董稚明;;賁門腺癌中DKK3基因甲基化狀態(tài)與VEGF-C、D表達的關系[A];中國環(huán)境誘變劑學會第14屆學術交流會議論文集[C];2009年

8 郭艷麗;郭煒;鄺鋼;楊植彬;董稚明;;賁門腺癌中DKK3基因甲基化狀態(tài)與VEGF-C、D表達的關系[A];第五屆全國中醫(yī)藥免疫學術研討會——暨環(huán)境·免疫與腫瘤防治綜合交叉會議論文匯編[C];2009年

9 王修杰;袁淑蘭;李昌平;飯?zhí)镏弊?小田秀明;相磯成敏;石川隆俊;;中國西南賁門癌高發(fā)區(qū)賁門腺癌中少見p53基因突變和表達[A];2000全國腫瘤學術大會論文集[C];2000年

10 郭煒;單保恩;董稚明;郭艷麗;楊植彬;鄺鋼;;賁門腺癌中TSP1高甲基化與TGF-β1表達的相關性分析[A];中國環(huán)境誘變劑學會第14屆學術交流會議論文集[C];2009年

中國重要報紙全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 ;美國專家揭示引起消化道癌癥的主要因素[N];中國中醫(yī)藥報;2003年

中國博士學位論文全文數(shù)據(jù)庫 前2條

1 郭煒;TGF-β/Smads信號轉導通路關鍵基因在賁門腺癌發(fā)生發(fā)展中的作用機理研究[D];河北醫(yī)科大學;2011年

2 薛麗英;賁門腺癌與遠端胃腺癌免疫表型及p14~（AFR）和p16~（INK4a）基因變化的對比研究[D];河北醫(yī)科大學;2010年

中國碩士學位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 韓渭麗;賁門腺癌TP53和MUC6基因突變及生存分析[D];鄭州大學;2016年

2 林新文;賁門腺癌RKIP基因啟動子區(qū)甲基化及表達[D];河北醫(yī)科大學;2011年

3 黃景陶;賁門腺癌術式選擇的研究[D];天津醫(yī)科大學;2004年

4 沈素朋;賁門腺癌中IGFBP7基因甲基化狀態(tài)及其蛋白表達[D];河北醫(yī)科大學;2012年

5 趙培培;IFIT2在賁門腺癌中的表達及臨床意義[D];新鄉(xiāng)醫(yī)學院;2014年

6 王小祥;凋亡抑制蛋白PED/PEA-15在賁門腺癌中的表達及其臨床意義[D];河北醫(yī)科大學;2013年

7 劉瀟;不同分化程度賁門腺癌臨床病理特征變化及生存分析[D];鄭州大學;2015年

8 潘盼;賁門腺癌中SOX17基因異常甲基化及其表達[D];河北醫(yī)科大學;2012年

9 谷麗娜;黑色素瘤相關抗原MAGE-A家族在食管鱗癌和賁門腺癌中的表達及其意義[D];河北醫(yī)科大學;2015年

10 賈瑞諾;PLCE1、C20orf54基因多態(tài)性與賁門腺癌病理分級相關研究[D];河南科技大學;2011年

，

本文編號：1296459