本文關(guān)鍵詞：癌癥相關(guān)信號通路分析研究

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【摘要】：隨著生態(tài)環(huán)境的惡化以及其它的一些問題,全球范圍內(nèi)癌癥的發(fā)病率一直持續(xù)上升尤其是中國。全球半數(shù)癌癥病例在亞洲,而亞洲大部分的癌癥患者集中在中國。大量的研究表明,許多癌癥的發(fā)生與信號通路的功能障礙有關(guān)。確定癌癥相關(guān)的信號通路可以幫助研究者研究治療癌癥的靶向藥物。本文主要從兩個方面研究了癌癥相關(guān)信號通路的識別。首先,已有的信號通路影響分析方法中僅僅將基因之間的左右關(guān)系簡單的歸結(jié)為激活(+1)和抑制(-1),而沒有考慮在實際細胞網(wǎng)絡(luò)中基因之間的相互作用強度。針對這一問題,我們研究了基于皮爾森相關(guān)系數(shù)或互信息的信號通路影響分析方法。在結(jié)腸癌數(shù)據(jù)集、肺癌數(shù)據(jù)集和胰腺癌數(shù)據(jù)集上的結(jié)果表明,基于皮爾森相關(guān)系數(shù)的信號通路影響分析方法與基于互信息的信號通路影響分析方法都能明顯提高原信號通路影響分析方法識別癌癥相關(guān)通路的能力,而且基于互信息的方法性能比基于皮爾森相關(guān)系數(shù)的方法更好。其次,近年來研究人員認為癌癥的發(fā)生發(fā)展并不一定是整個通路發(fā)生了故障,而更有可能是一個通路中局部區(qū)域——子通路的功能發(fā)生了變化。因此子通路的分析方法引起了研究人員的關(guān)注,現(xiàn)有的子通路分析方法對于子通路的定義并不統(tǒng)一,有的將子通路定義為一個富集差異基因的團或簇,有的定義為一個線性信號路徑。由于在KEGG數(shù)據(jù)庫中,大部分通路的末端都指向一些功能明確的生物功能,本文將指向一個特定功能的所有節(jié)點構(gòu)成的子網(wǎng)絡(luò)定義為功能子通路,進而研究了基于這種功能子通路的癌癥相關(guān)通路的識別。在腸癌數(shù)據(jù)集、肺癌數(shù)據(jù)集和胰腺癌數(shù)據(jù)集上的結(jié)果表明,這一方法明顯提高了癌癥相關(guān)子通路的識別精度,而且,我們發(fā)現(xiàn)在這些功能中,有一些功能在三種癌癥中都顯著差異,而又另一些功能則僅僅富集于特定的癌癥。這一研究對于進一步認識生物通路的功能與癌癥的關(guān)系提供了重要的指導(dǎo)意義。
【學位授予單位】：溫州大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2016
【分類號】：TP311.13;R730.5

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