系統(tǒng)藥理學(xué)方法解析龍血竭在缺血性中風(fēng)預(yù)后中的分子機(jī)制
【學(xué)位授予單位】:西北大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2019
【分類號(hào)】:R285
【圖文】:
圖 1 工作流程Figure 1 Workflow2.1 龍血竭分子數(shù)據(jù)庫(kù)生物構(gòu)建通過文獻(xiàn)調(diào)研匯總及 TCMSP (http://lsp.nwu.edu.cn/)[111]數(shù)據(jù)庫(kù)來(lái)富集龍血竭含的化合物,TCMSP 平臺(tái)是 2014 年由本課題組開發(fā)的、每年更新的、免費(fèi)的用索富集中藥所含化合物分子的數(shù)據(jù)庫(kù),搜集并下載后用于計(jì)算其生物學(xué)活性,然
系統(tǒng)藥理學(xué)解析與體外實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的蛋白靶點(diǎn)進(jìn)行聚類分析,使得每個(gè)富集項(xiàng)之間的關(guān)系網(wǎng)絡(luò)可視化,基于相似性這控制條件進(jìn)行分析,其中具有相似性大于 0.3 的生物學(xué)過程項(xiàng)通過邊連接。我們從 個(gè)集群中的每個(gè)集群中選擇具有最佳 p 值的項(xiàng),其約束條件是每個(gè)集群不超過 15 項(xiàng),總計(jì)不超過 250 個(gè)項(xiàng); Metascape 內(nèi)部架構(gòu)的 Cytoscape 軟件作圖反應(yīng)各物學(xué)過程之間的聯(lián)系,其中每一個(gè)節(jié)點(diǎn)代表一個(gè)獨(dú)立的生物學(xué)過程,如果相近或相(滿足相似性大于 0.3)則用相同顏色著色。在網(wǎng)絡(luò)圖中能夠反映出 p 值較高的 20 生物學(xué)過程之間具有高度緊密的聯(lián)系,能夠表明我們所富集到的這 58 個(gè)蛋白在機(jī)內(nèi)表現(xiàn)出較高相關(guān)性,同時(shí)在缺血性中風(fēng)發(fā)生的病理過程中也起到一定作用。
西北大學(xué)碩士專業(yè)學(xué)位論文.1.3 “缺血性中風(fēng)通路”的整合與分析如表2所示,基于DAVID進(jìn)行分類分析,我們?cè)O(shè)定聚類分析條件的p-value 0此為條件我們篩選出與這 20 個(gè)主要聚類強(qiáng)烈相關(guān)的信號(hào)通路。主要包括鈣離、cAMP 通路、cGMP-PKG 通路、細(xì)胞周期和血小板活化等。
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