全外顯子組測(cè)序探尋膽固醇結(jié)石致病基因及中藥單體預(yù)防膽固醇結(jié)石的實(shí)驗(yàn)研究
【學(xué)位授予單位】:天津醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【學(xué)位授予年份】:2019
【分類號(hào)】:R285.5
【圖文】:
天津醫(yī)科大學(xué)博士學(xué)位論文顯子組捕獲,Agilent 公司的全外顯子捕獲試劑盒(Agilent ll Exon v5 kit;50M )捕獲可達(dá) 50Mb。Illumina Hiseq 2000 作.1 基因組 DNA 文庫(kù)建立 Agilent v5(50M)捕獲平臺(tái)進(jìn)行全外顯子組捕獲,采用美國(guó)對(duì)基因組 DNA 樣本制備試劑盒,建立基因組 DNA 文庫(kù)。DN圖 1.1。
圖 1.2 全外顯子組測(cè)序信息分析流程圖1.1.4.7.3 數(shù)據(jù)過(guò)濾器為了確保測(cè)序數(shù)據(jù)的質(zhì)量、去除干擾測(cè)序數(shù)據(jù)的異質(zhì)性噪音, 首先對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行過(guò)濾。過(guò)濾方法如下:(1) 首先過(guò)濾除掉 reads 的接頭序列;(2) 當(dāng)單端測(cè)序結(jié)果 reads 內(nèi)含有低質(zhì)量堿基數(shù)目超過(guò)這條 reads 的一半時(shí),應(yīng)該刪除這一組 reads;(3) 當(dāng)單端測(cè)序結(jié)果 reads 內(nèi)含有的 N 堿基數(shù)目超過(guò)這條 reads 的十分之一時(shí),需要?jiǎng)h除這一組 reads;經(jīng)過(guò)過(guò)濾器后,得到"Clean data",并且對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析,內(nèi)容包括測(cè)序數(shù)目、數(shù)據(jù)產(chǎn)量和質(zhì)量值分布等。1.1.4.7.4 原始數(shù)據(jù)比對(duì)Burrows-Wheeler Aligner 數(shù)據(jù)比對(duì)軟件(BWA V0.7.15),采用 BWA-MEM的比對(duì)方法將 cleanreads 比對(duì)到人參考基因組上(GRCh37/HG19)。分別對(duì)每一個(gè)lane 的測(cè)序數(shù)據(jù)比對(duì),并且在比對(duì)的結(jié)果中添加 read group ID。使用 Picard-
天津醫(yī)科大學(xué)博士學(xué)位論文C3 296.2 50 14.81 合格,輕微降解H2 45.4 45 2.043 合格,輕微降解H1 92.8 45 4.176 合格,輕微降解H3 87.5 45 3.9375 合格,輕微降解G3 216.7 45 9.7515 合格,輕微降解G2 337.5 45 15.1875 合格,輕微降解G1 174.9 45 7.8705 合格,輕微降解F1 290 45 13.05 合格,輕微降解F4 223.3 45 10.0485 合格,輕微降解E2 210.2 45 9.459 合格,輕微降解E1 207.9 45 9.355 合格,輕微降解
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6 王君鳳 ,陸永德;脫氧膽酸與膽結(jié)石發(fā)病機(jī)制[J];國(guó)外醫(yī)學(xué)(消化系疾病分冊(cè));1989年01期
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8 袁景;周孝思;;膽結(jié)石非手術(shù)治療的進(jìn)展(文獻(xiàn)綜述)[J];國(guó)外醫(yī)學(xué).外科學(xué)分冊(cè);1989年03期
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2 張紅英;朱培庭;;膽固醇結(jié)石病初級(jí)預(yù)防的研究進(jìn)展[A];第七屆全國(guó)中西醫(yī)結(jié)合普通外科臨床及基礎(chǔ)研究學(xué)術(shù)會(huì)議論文匯編[C];2001年
3 王紅;韓俊泉;劉斌;曲鵬飛;王天麟;權(quán)沛沛;;基于“腸肝軸”途徑膽囊膽固醇結(jié)石形成機(jī)制及中藥防治的研究進(jìn)展[A];2013年中國(guó)中西醫(yī)結(jié)合普通外科學(xué)術(shù)會(huì)議論文匯編[C];2013年
4 邱艷;陳洪譚;虞朝輝;許國(guó)強(qiáng);;Caveolin-1在膽囊膽固醇結(jié)石形成中的作用[A];2012年浙江省內(nèi)科學(xué)年會(huì)論文集[C];2012年
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3 上海交通大學(xué)附屬瑞金醫(yī)院外科教授 韓天權(quán);遺傳 膽固醇結(jié)石重要成因[N];健康報(bào);2007年
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6 朱雷明;細(xì)菌在膽固醇結(jié)石形成中作用的研究[D];復(fù)旦大學(xué);2003年
7 張殿彩;膽固醇結(jié)石形成相關(guān)的比較蛋白質(zhì)組學(xué)研究及視黃醇結(jié)合蛋白的功能驗(yàn)證[D];復(fù)旦大學(xué);2008年
8 田雨;依折麥布預(yù)防飲食誘導(dǎo)的C57BL/6鼠膽囊膽固醇結(jié)石形成的實(shí)驗(yàn)研究[D];中國(guó)醫(yī)科大學(xué);2010年
9 楊林;骨橋蛋白在膽囊膽固醇結(jié)石形成中的作用及相關(guān)機(jī)制研究[D];復(fù)旦大學(xué);2011年
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2 隋春陽(yáng);膽囊膽固醇結(jié)石病人肝組織MDR3 mRNA表達(dá)的半定量研究[D];中國(guó)醫(yī)科大學(xué);2003年
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