【摘要】：目的:應(yīng)用RT-qPCR技術(shù)檢測(cè)大鼠挫傷骨骼肌中與損傷修復(fù)相關(guān)的Abhd2、Prr3、Trit1、Arid5a、Ier3、Rcc1 Rae1、Impact、Tmem45b、Lin37、Dennd5a、Fam210a、Myg1及Lrrc41的14個(gè)基因相對(duì)表達(dá)量,利用多元統(tǒng)計(jì)分析方法建立損傷時(shí)間推斷數(shù)學(xué)模型,通過判別及回歸分析用以提高損傷時(shí)間推斷的準(zhǔn)確性。方法:78只雄性成年Sprague-Dewley大鼠,隨機(jī)分為正常對(duì)照組和損傷組(4h-、8h-、12h-、16h-、20h-、24h-、28h-、32h-、36h-、40h-、44h-和48h-)。以100g重力錘自由落體方式造成大鼠右后肢肌群損傷,制備大鼠骨骼肌挫傷模型。以Rpl13和Rpl32作為內(nèi)參基因,利用RT-qPCR技術(shù)檢測(cè)挫傷骨骼肌組織14個(gè)高度相關(guān)基因的Ct值,采用2~-△△~(Ct)法計(jì)算各基因的相對(duì)表達(dá)量。通過偏最小二乘判別(PLS-DA)、Fisher判別(FDA)及偏最小二乘回歸(PLSR)三種多元分析方法對(duì)14個(gè)基因在不同時(shí)間點(diǎn)的相對(duì)表達(dá)量進(jìn)行數(shù)學(xué)建模,分析不同時(shí)間段分組下的損傷時(shí)間推斷的可行性及準(zhǔn)確性。另外增加30只大鼠作為外部驗(yàn)證(隨機(jī)分為正常對(duì)照組6只,損傷組2只/組),采用同樣的方法進(jìn)行mRNA的相對(duì)表達(dá)量檢測(cè),將數(shù)據(jù)帶入上述回歸及判別模型進(jìn)行預(yù)測(cè)準(zhǔn)確性分析。結(jié)果:實(shí)驗(yàn)選取與損傷修復(fù)相關(guān)的14個(gè)基因在損傷后相對(duì)表達(dá)量變化均有顯著差異,表現(xiàn)出與損傷時(shí)間良好的相關(guān)性。結(jié)合法醫(yī)學(xué)實(shí)踐將損傷后時(shí)間劃分為2個(gè)階段和3個(gè)階段。根據(jù)時(shí)間段重新分組對(duì)78個(gè)樣本進(jìn)行PLS-DA判別分析,結(jié)果顯示:傷后兩階段時(shí)正常對(duì)照組與4-24h及28-48h組組間差異顯著,Fisher判別結(jié)果顯示內(nèi)部驗(yàn)證的正確率為97.4%,外部驗(yàn)證的正確率為76.7%,其中正常對(duì)照組樣本被全部正確分類,4-24h組外部驗(yàn)證的正確率達(dá)83.3%,28-48h正確率為58.3%;傷后3階段時(shí)正常對(duì)照組與4-12h、16-24h及28-48h組建立Fisher判別模型采用留一法交叉驗(yàn)證的正確率為94.9%,外部驗(yàn)證整體正確率為76.7%,其中各組正確率分別為100%,83.3%,83.3%和58.3%。說明FDA判別模型對(duì)4-24h組的判別具有較高的準(zhǔn)確性,更適合于早期損傷時(shí)間的推斷。最后,采用PLS回歸模型進(jìn)行內(nèi)部交叉驗(yàn)證的相關(guān)系數(shù)(R2)為0.71,均方根誤差(RMSEcv)為8h,未知樣本的預(yù)測(cè)的誤差為11h(RMSEp=11h),預(yù)測(cè)相關(guān)系數(shù)(R2)為0.52。結(jié)論:本研究利用14個(gè)基因在損傷后不同時(shí)間的表達(dá)差異,結(jié)合數(shù)學(xué)模型多元分析技術(shù),建立了Fisher判別模型及偏最小二乘回歸(PLS)模型推斷損傷時(shí)間,從模型對(duì)未知樣本的預(yù)測(cè)能力來看,FDA判別模型比PLS回歸模型更適合用于損傷時(shí)間的推斷,為損傷時(shí)間推斷提供了新的研究思路及方法。
【學(xué)位授予單位】：山西醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2019
【分類號(hào)】：D919.4
【圖文】：

回歸分析：利用 Unscrambler X (ver.10.4; CAMO SoftwareAS, Oslo, Norway)軟件建立偏最小二乘回歸模型對(duì)損傷時(shí)間進(jìn)行推斷。內(nèi)部驗(yàn)證（留一法）及外部驗(yàn)證（從另外增加的 30 只老鼠中獲得的數(shù)據(jù)）的均方根誤差（root mean squared error，RMSEc和 RMSEp）來評(píng)估模型對(duì)未知樣本的檢驗(yàn)?zāi)芰Α? 結(jié) 果2.1 目的基因的表達(dá)情況2.1.1 總 RNA 的質(zhì)量利用 Infinite M200 Pro 酶標(biāo)儀來檢測(cè)總 RNA 的純度，實(shí)驗(yàn)樣本的 OD260/280 值均在 1.8-2.2 之間，通過 Agilent 2100 來測(cè)量實(shí)驗(yàn)樣本 RNA 的完整性，RNAintegritynumber（RIN）值均大于 7.0，說明 RNA 的純度及完整性均較好，均可用于后續(xù)實(shí)驗(yàn)。

圖214個(gè)基因在不同損傷時(shí)間點(diǎn)的表達(dá)量

不同分組的PLS-DA判別結(jié)果

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1 官大威;趙銳;王林林;;法醫(yī)學(xué)損傷時(shí)間推斷:過去、現(xiàn)在與未來[J];法醫(yī)學(xué)雜志;2019年02期

2 李廷富,肖復(fù)q

本文編號(hào)：2772642