【摘要】：研究目的1.調(diào)查了解廣東省鼠形動物中巴爾通體的流行分布情況和遺傳進(jìn)化特征,為巴爾通體疾病的防控提供依據(jù);2.利用高通量測序技術(shù)對巴爾通體菌株測序,獲得巴爾通體全基因組序列信息,初步分析其功能基因,并對巴爾通體毒力基因和致病機(jī)制進(jìn)行初步探討。研究方法1.本研究依據(jù)廣東省地理方位,選取省內(nèi)中東西分布的7個地區(qū)進(jìn)行捕鼠,采集鼠肝臟標(biāo)本提取總核酸。2.利用聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)檢測巴爾通體核酸,先對樣本通過Real-time PCR方法檢測巴爾通體非編碼RNA(ssrA)基因,對擴(kuò)增陽性的樣本進(jìn)行分離培養(yǎng),并進(jìn)一步用普通PCR擴(kuò)增枸櫞酸合成酶基因(gltA),長度約379bp;和RNA聚合酶亞單位基因(rpoB),長度大小約866bp,將擴(kuò)增產(chǎn)物送至公司測序。3.對ssrA、gltA、rpoB測序所得序列在NCBI中進(jìn)行同源性比對,利用Mega 6.0軟件測試選取構(gòu)建拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)的最適模型,通過鄰近法(Neighbor-joining Method)和最大似然法(Maximum Likelihood Method)構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹,分析進(jìn)化關(guān)系。用SPSS19.0對統(tǒng)計數(shù)據(jù)進(jìn)行處理,不同組間感染率的比較用χ2檢驗和Fisher's概率確切法。4.通過Ion Torrent PGM測序平臺對兩株巴爾通體進(jìn)行全基因組測序,用RAST平臺對基因功能進(jìn)行注釋,獲得全基因組精細(xì)圖,并對功能基因和毒力基因進(jìn)行對比分析。研究結(jié)果1.本研究在廣東省惠州,佛市,茂名,云浮,潮州,揭陽、河源7個地區(qū),共采集鼠肝臟組織樣本495份,隸屬2目3科6屬8種。檢測鼠形動物巴爾通體總感染率為12.52%。感染鼠種有褐家鼠、黃胸鼠、屋頂鼠、黃毛鼠、板齒鼠和食蟲目動物臭，

本文編號：2625683