基于16S rDNA序列的1株滅螺微生物的分子鑒定
發(fā)布時(shí)間:2018-04-26 19:22
本文選題:釘螺 + 微生物; 參考:《江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué)》2017年01期
【摘要】:從湖南省汨羅市血吸蟲(chóng)防治基地土壤中分離得到1株滅螺活性較強(qiáng)的微生物菌株B59,以B59菌株的總DNA為模板,采用細(xì)菌16S rDNA通用引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增并測(cè)其核酸序列,得到1條約1 500 bp的片段。通過(guò)Blast軟件在Gen Bank中進(jìn)行同源性檢索,將其與同源性較高的菌株的ITS序列進(jìn)行Clustal X序列差異和同源性分析,分別使用MEGA 6.0軟件中的鄰接法、Phylip軟件中的最大簡(jiǎn)約法及最大似然法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)。結(jié)果顯示,3種方法構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)基本一致,B59菌株與Bacillus cereus的親緣關(guān)系最近,聚為一支,相似度達(dá)100%。
[Abstract]:A microorganism strain B59 was isolated from the soil of Schistosoma japonicum control base in Miluo City, Hunan Province. Using the total DNA of strain B59 as template, the 16s rDNA primers were used for PCR amplification and nucleic acid sequencing. The fragment of 1 500 BP was obtained. The homology was searched in Gen Bank by Blast software, and the difference and homology of Clustal X sequence were analyzed with the ITS sequence of high homology strain. A phylogenetic tree was constructed by using the maximum minimization method and the maximum likelihood method in MEGA 6.0. The results showed that the phylogenetic tree constructed by the three methods was closely related to Bacillus cereus, and the similarity was 100%.
【作者單位】: 長(zhǎng)治醫(yī)學(xué)院微生物教研室;中南大學(xué)湘雅醫(yī)學(xué)院病原生物教研室;長(zhǎng)沙金城醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)所有限公司;
【基金】:國(guó)家自然科學(xué)基金(編號(hào):81271862) 國(guó)家科技支撐計(jì)劃(編號(hào):2009BAI78B05)
【分類(lèi)號(hào)】:R184.38
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,本文編號(hào):1807340
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