針對(duì)疾病表型、基因調(diào)控、藥物相互作用等生物、生化過程的網(wǎng)絡(luò)性質(zhì),本文利用網(wǎng)絡(luò)傳播法和關(guān)聯(lián)挖掘法,探討了疾病-基因關(guān)聯(lián)預(yù)測(cè)、疾病-microRNA(miRNA)關(guān)聯(lián)預(yù)測(cè)、藥物相互反應(yīng)預(yù)測(cè),以及中醫(yī)與胰腺對(duì)應(yīng)的概念等。確定疾病的相關(guān)基因是醫(yī)學(xué)研究的重要內(nèi)容。疾病表型的相似性可以反映其在分子水平上的聯(lián)系,因此表型比較也被用來預(yù)測(cè)疾病的候選基因。在線孟德爾遺傳(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)是人類遺傳病和相關(guān)基因的權(quán)威數(shù)據(jù)庫,其中疾病的表型是用自由文本來描述的,因此,在比較疾病的表型之前需要將其標(biāo)準(zhǔn)化。研究者既往已采用不同的標(biāo)準(zhǔn)化方法,構(gòu)建了若干疾病的表型網(wǎng)絡(luò),其中兩個(gè)網(wǎng)絡(luò)對(duì)于表型相似性的分析尤其重要:一個(gè)是最常用的網(wǎng)絡(luò)mimMiner,通過醫(yī)學(xué)主題詞進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化,而另一個(gè)網(wǎng)絡(luò)resnikHPO則率先基于人類表型本體論對(duì)其進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。本文在蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)上運(yùn)用網(wǎng)絡(luò)傳播算法PRINCE(PRIoritizatioN and Complex Elucidation),通過大規(guī)模的留一交叉驗(yàn)證實(shí)驗(yàn),首次對(duì)這兩種網(wǎng)絡(luò)在基因預(yù)測(cè)方面的準(zhǔn)確性進(jìn)行了評(píng)估。...

【文章頁數(shù)】：124 頁

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

圖１．１?一個(gè)無標(biāo)度網(wǎng)絡(luò)的例子??Ｆｉｇ．?１．１?Ａｎ?ｅｘａｍｐｌｅ?ｆｏｒ?ｓｃａｌｅ－ｆｒｅｅ?ｎｅｔｗｏｒｋ??

網(wǎng)絡(luò)研究迅速發(fā)展。統(tǒng)計(jì)物理學(xué)家把服從冪次分布的現(xiàn)象稱為無標(biāo)度現(xiàn)象。無標(biāo)度網(wǎng)絡(luò)的特??點(diǎn)是結(jié)點(diǎn)之間的連接不是隨機(jī)的，有些結(jié)點(diǎn)與更多的結(jié)點(diǎn)相連，形成樞紐結(jié)點(diǎn)（Ｈｕｂ）；而新??結(jié)點(diǎn)的加入更傾向于連接樞紐結(jié)點(diǎn)，導(dǎo)致所謂“富者更富”的現(xiàn)象。在圖１．１中，藍(lán)色的結(jié)點(diǎn)??即為樞紐結(jié)點(diǎn)。??圖....

圖１．２疾病組的主要構(gòu)成要素??Ｆｉｇ．?１．２?Ｔｈｅ?ｍａｉｎ?ｃｏｍｐｏｎｅｎｔｓ?ｏｆ?Ｄｉｓｅａｓｏｍｅ??

研宄人員針對(duì)疾病也提出了疾病組（Ｄｉｓｅａｓｏｍｅ）?［４＿１７］的概念。??疾病組構(gòu)建是一個(gè)不斷集成新數(shù)據(jù)的演進(jìn)過程［１３］，涉及致病的分子因素（基因、蛋白質(zhì)、??共表達(dá)、代謝等）和環(huán)境因素、疾病的表型（Ｐｈｅｎｏｔｙｐｅ）、治療的藥物等多個(gè)方面。圖１．２顯??示了疾病組的一些....

圖１．４研宂內(nèi)容、主要線索及數(shù)據(jù)庫的關(guān)聯(lián)??Ｆｉｇ．?１．４?Ｔｈｅ?ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎｓ?ｏｆ?ｒｅｓｅａｒｃｈ?ｃｏｎｔｅｎｔｓ，?ｍａｉｎ?ｃｌｕｅｓ?ａｎｄ?ｄａｔａｂａｓｅｓ??

關(guān)聯(lián)及藥物相互反應(yīng)。在本文的最后部分，應(yīng)用現(xiàn)有數(shù)據(jù)挖掘平臺(tái)與方法，結(jié)合中醫(yī)理論研??宄了胰腺先天綜合征，拓展了中醫(yī)關(guān)于胰腺的概念。??本文研宄內(nèi)容、主要線索及數(shù)據(jù)庫的關(guān)聯(lián)如圖１．４所示。??－６?－??

圖３．１?ＰＭＢＰ預(yù)測(cè)疾�。恚椋遥危亮鲌D??Ｆｉｇ．?３．１?Ｆｌｏｗ－ｃｈａｒｔ?ｏｆ?ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ?ｄｉｓｅａｓｅ?ｍｉＲＮＡｓ?ｗｉｔｈ?ＰＭＢＰ??３．?２．?３估標(biāo)準(zhǔn)??

通過剩余的種子集合，預(yù)測(cè)被移除的關(guān)聯(lián)；如果疾病必僅與一個(gè)ｍｉＲＮＡ關(guān)聯(lián)，則將此關(guān)??聯(lián)移除后，通過其他疾病與該疾病的表型相似性，預(yù)測(cè)是否可以恢復(fù)被移除的關(guān)聯(lián)。??本研宄中，ｍｉＲＮＡ預(yù)測(cè)分為三步，如圖３．１。??步驟１：提取待預(yù)測(cè)疾�。磁cｍｉＲＮＡ關(guān)聯(lián)的先驗(yàn)信息ｙ。??ｒ是一個(gè)行....

本文編號(hào)：3979005