發(fā)布時(shí)間：2021-07-07 19:30

　　本文主要研究疾病與miRNA的關(guān)聯(lián)預(yù)測(cè)。為了讓生物學(xué)家提高發(fā)現(xiàn)疾病與miRNA更新的關(guān)聯(lián),我們對(duì)miRNA功能相似性計(jì)算、相似性的并行計(jì)算、人類疾病關(guān)聯(lián)miRNA預(yù)測(cè)等問題進(jìn)行了深入的研究,提高了對(duì)任意給定疾病的可能miRNA候選的預(yù)測(cè)準(zhǔn)確性。主要包括以下三方面的內(nèi)容:（I）研究了疾病術(shù)語語義相似性、miRNA功能相似性的并行計(jì)算方法。目前的疾病術(shù)語語義相似性、miRNA功能相似性計(jì)算方法耗時(shí)較長(zhǎng)。我們?cè)谘芯啃碌南嗨菩杂?jì)算方法時(shí),在每次改變計(jì)算策略后,需要較長(zhǎng)時(shí)間等待實(shí)驗(yàn)結(jié)果。為了加快相似性的計(jì)算,本文提出了基于MapReduce的疾病術(shù)語相似性、miRNA功能相似性的并行計(jì)算方法。對(duì)比串行算法,我們將相似性計(jì)算時(shí)間降低到可接受的范圍內(nèi),并且單個(gè)節(jié)點(diǎn)運(yùn)行該算法也有一定的加速效果。（2）研究了 miRNA功能相似性的計(jì)算方法。本文提出了一種基于分組比較的miRNA功能相似性計(jì)算方法。通過去除同組內(nèi)部的疾病術(shù)語間的重疊信息,使用比較兩組疾病術(shù)語的信息含量的方法來計(jì)算miRNA間的功能相似性。與現(xiàn)有的方法比,本文的方法計(jì)算出的同家族及同分簇的miRNA間功能相似性具有更高相似性的特點(diǎn),符合生... 

【文章來源】：黑龍江大學(xué)黑龍江省

【文章頁(yè)數(shù)】：72 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖２－１疾�。茫酰簦椋�?Ｌａｘａ的有向無環(huán)圖??Ｆｉｇ．?２－１?Ｔｈｅ?ｄｉｓｅａｓｅ?ＤＡＧ?ｏｆ?Ｃｕｔｉｓ?Ｌａｘａ??，

加準(zhǔn)確地度量?jī)蓚�(gè)ｍｉＲＮＡ之間的功能相似性，我們應(yīng)該關(guān)聯(lián)的疾病術(shù)語集合中相同疾病術(shù)語的作用。為了體現(xiàn)這？點(diǎn)，一個(gè)疾病術(shù)語和一組疾病術(shù)語的相似性，設(shè)々是一個(gè)疾病術(shù)語語，例如，治２，．．．，ｄｋ｝，—個(gè)疾病術(shù)語說和一組疾病術(shù)定義為它們所有組合的最大值：??５?（ｄｔ，?ＤＴ）?＝?ｍａｘ?（＾Ｓ?［ｄｔ，?ｄｔ：））為一組疾�。虻募膊⌒g(shù)語個(gè)數(shù)。例如，疾病術(shù)語ｚ和疾病術(shù)，?Ｂ）?＝?〇＿８，５（Ａ，Ｃ）?＝?０．９。的相似性為?＜Ｓ（Ａ，Ｔ）?＝?ｍａｘ（Ｓ（Ａ，Ｂ），風(fēng)．９〇??個(gè)ｍｉＲＮＡ?Ｍ／?Ｍ２，它們分別關(guān)聯(lián)的疾病術(shù)語組為ＤＴ！和／）乃，術(shù)語，有《個(gè)疾病術(shù)語，兩個(gè)ｍｉＲＮＡ間的功能相似性就語義相似性，形式化定義為??Ｙ．Ｓｉｄ＾ＤＴ＾＋ＹＳｉｄ＾Ｄｌ］）??

由最左側(cè)的兩個(gè)ｍｉＲＮＡ?Ｗ和５，根據(jù)他們關(guān)聯(lián)的兩組疾病，通過??式（２－４）兩兩進(jìn)行相似性計(jì)算，得到第四列的數(shù)據(jù)。再使用式（２－５）就得到了兩個(gè)??ｍｉＲＮＡ的功能相似性ＭＩＳ丨Ｍ〇４，?５）的值。??例如ｍｉＲＮＡ?Ｍｉ關(guān)聯(lián)疾病術(shù)語組Ｒ?＝?｛Ａ，?Ｂ｝，ｍｉＲＮＡ?Ｍ２關(guān)聯(lián)疾病術(shù)語組Ｔ?＝??｛Ｂ，Ｃ｝，Ｓ（Ａ，?Ｂ）?＝?０．８，Ｓ（Ａ，Ｃ）?＝?０．９，代入式（２－５），則?Ｍ１Ｓ１Ｍ（Ｍ／，Ｍ２）為??—?２?＋?２??０．９?＋?１＋１?＋?０．９??—?２?＋?２??＝?０．９５??我們的目標(biāo)是計(jì)算所有疾病術(shù)語間的相似性及所有ｍｉＲＮＡ間的相似性，因此??－１４－??


本文編號(hào)：3270234