本文關(guān)鍵詞：幽門螺桿菌外膜蛋白o(hù)ipA、babA、sabA、homB基因多態(tài)性與幽門螺桿菌相關(guān)疾病關(guān)系初探

  更多相關(guān)文章： H.pylori oipA babA sabA hom B 基因多態(tài)性

【摘要】：研究背景與目的:幽門螺桿菌(Helicobacter pylori,H.pylori)是一種持久定植于人體胃黏膜的革蘭氏陰性菌。其定植會(huì)導(dǎo)致胃粘膜炎癥的發(fā)生,并與消化性潰瘍、胃癌和胃粘膜相關(guān)淋巴樣組織(MALT)淋巴瘤的發(fā)生密切相關(guān)。全球有過半的人感染了H.pylori,其中60~70%無癥狀,15~25%有消化不良癥狀,15%發(fā)生消化性潰瘍,1%發(fā)生胃惡性腫瘤。這些不同結(jié)局的發(fā)生主要受細(xì)菌因素、宿主因素和環(huán)境因素三者的影響,其中細(xì)菌基因的高度多態(tài)性在H.pylori感染臨床轉(zhuǎn)歸的多樣性中起重要作用,H.pylori的外膜蛋白與消化系疾病的關(guān)系也是最近研究的熱點(diǎn)。幽門螺桿菌外膜蛋白B(HomB)、前炎性外膜蛋白A(OipA)、血型抗原結(jié)合黏附素(BabA)和唾液酸結(jié)合黏附素(SabA)與H.pylori的定植、胃黏膜的損傷、炎性介質(zhì)的分泌和中性粒細(xì)胞的浸潤等有著密切關(guān)系,在H.pylori的致病中起重要作用。本文選取了188株江西地區(qū)臨床分離的H.pylori菌株,觀察4個(gè)基因的基因序列特征,分析序列的高風(fēng)險(xiǎn)突變位點(diǎn),以期分析這4個(gè)基因的基因多態(tài)性與消化系疾病之間的關(guān)系。方法:1.H.pylori菌株:來自2012年1月-2013年12月期間在江西地區(qū)南昌大學(xué)第一附屬醫(yī)院消化內(nèi)鏡中心行胃鏡檢查患者的胃黏膜內(nèi)分離培養(yǎng)的H.pylori 188分離株。來自慢性胃炎51株,十二指腸潰瘍79株,胃潰瘍20株,胃癌38株。其中胃炎、胃潰瘍和胃癌患者取胃黏膜進(jìn)行了病理學(xué)檢查,共105株H.pylori有患者的組織病理學(xué)結(jié)果,其中來自慢性淺表性胃炎42株、腸化和不典型增生25株、胃癌38株。2.H.pylori菌株的復(fù)蘇與培養(yǎng):對(duì)前期分離的188株臨床H.pylori分離株進(jìn)行復(fù)蘇、培養(yǎng)和鑒定。3.基因全長測(cè)序:提取基因組DNA,并對(duì)H.pylori外膜蛋白o(hù)ipA、babA、sabA及homB基因進(jìn)行PCR擴(kuò)增,并將陽性產(chǎn)物送于華大生物公司測(cè)序。4.生物信息學(xué)分析(1)對(duì)比校對(duì)4種基因DNA序列。(2)對(duì)單個(gè)基因在4種疾病分類和3種病理分型下使用mega5.0做了聚類分析。(3)拼接得出4個(gè)基因在4種疾病和3種病理分型中的一致性序列。(4)比較不同疾病及不同病理分型間一致性序列之間的差異。(5)不同疾病和病理分型之間平均突變率的分析。(6)找出每一種疾病群體序列中的高風(fēng)險(xiǎn)突變點(diǎn)。結(jié)果:1.測(cè)序pcr結(jié)果:前期分離的188株h.pylori已成功提取dna,經(jīng)過pcr擴(kuò)增、測(cè)序,成功獲取oipa基因序列179株、baba基因序列166株、saba基因序列169株、homb基因序列175株。2.分析4個(gè)基因與臨床疾病、病理之間的聚類聯(lián)系發(fā)現(xiàn)4個(gè)基因與4種臨床疾病以及4種基因與3種病理分型之間并不存在明顯相關(guān)性。3.一致性序列的對(duì)比分析結(jié)果對(duì)于3種不同病理(胃癌、病理淺表型胃炎、腸化和不典型增生),發(fā)現(xiàn)在oipa基因里,胃癌的相對(duì)突變率最高,達(dá)14.46%;在saba基因里,胃癌、腸化和不典型增生的相對(duì)突變率也較高,分別為17.28%和9.87%。而對(duì)于homb和baba基因來說,在病理分型中,他們的突變率差別不大。對(duì)于4種不同的疾病(胃炎、胃癌、十二指腸潰瘍、胃潰瘍),在oipa基因里,胃癌的相對(duì)突變率最高,達(dá)13.11%;在saba基因,十二指腸潰瘍、胃潰瘍、胃癌均有相對(duì)高的突變率,分別為12.86%、11.25%和19.10%,但是胃癌與前兩種疾病差別不大。而對(duì)于homb和baba基因來說,在疾病分類中,他們的突變率差別不大。綜合來看,如果僅僅從一致性序列比較,只有oipa基因可以有效地區(qū)分胃癌和其他非參照疾病。4.平均突變率的分析結(jié)果對(duì)于3種病理分型(胃癌、病理淺表型胃炎、腸化和不典型增生),就病理分型來說,胃癌在4個(gè)基因中的平均突變率是3種病理分型中最高的。就4個(gè)基因來說,homb基因在3種病理分型中的平均突變率最高,oipa基因在3種病理分型中的平均突變率最低。對(duì)于4種疾病分類(胃炎、十二指腸潰瘍、胃潰瘍、胃癌),胃癌在oipa、saba、homb這3個(gè)基因中的平均突變率是4種疾病分類中最高的;而在baba基因中,十二指腸潰瘍的平均突變率是4種疾病分類中最高的。5.分析每一種疾病群體序列中的高風(fēng)險(xiǎn)突變點(diǎn)(1)對(duì)于3個(gè)病理分型,①在oipa基因中,來自淺表性胃炎的前10個(gè)突變率最大的位點(diǎn)有部分非常集中在42-49位點(diǎn)之間;來自腸化和不典型增生的前10個(gè)突變率最大的位點(diǎn)較為分散;來自胃癌的前10個(gè)突變率最大的位點(diǎn)大多集中在1436-1477位點(diǎn)之間。②在baba基因中,來自淺表性胃炎、腸化和不典型增生的前10個(gè)突變率最大的位點(diǎn)較為分散;來自胃癌的前10個(gè)突變率最大的位點(diǎn)較為集中在1459-1638位點(diǎn)之間。③在saba基因中,來自淺表性胃炎、腸化和不典型增生的前10個(gè)突變率最大的位點(diǎn)較為分散;來自胃癌的前10個(gè)突變率最大的位點(diǎn)大多集中在2715-2806位點(diǎn)之間。④在homb基因中,來自淺表性胃炎的前10個(gè)突變率最大的位點(diǎn)大多集中在3196-3216位點(diǎn)之間;來自腸化和不典型增生的前10個(gè)突變率最大的位點(diǎn)較為分散;來自胃癌的前10個(gè)突變率最大的位點(diǎn)大多集中在3102-3215位點(diǎn)之間。(2)對(duì)于4個(gè)疾病分類,①在oipa基因中,來自胃炎和胃潰瘍的前10個(gè)突變率最大的位點(diǎn)較為分散;來自十二指腸潰瘍的前10個(gè)突變率最大的位點(diǎn)有部分大多集中在41-51位點(diǎn)之間;來自胃癌的前10個(gè)突變率最大的位點(diǎn)大多集中在50-55和1462-1505位點(diǎn)之間。②在baba基因中,來自胃炎的前10個(gè)突變率最大的位點(diǎn)較為集中在1315-1346位點(diǎn)之間;來自胃潰瘍的前10個(gè)突變率最大的位點(diǎn)大多集中在1315-1345位點(diǎn)之間;來自十二指腸潰瘍和胃癌的前10個(gè)突變率最大的位點(diǎn)較為分散。③在saba基因中,來自胃炎的前10個(gè)突變率最大的位點(diǎn)大多集中在2396-2431和2959-2986位點(diǎn)之間;來自胃潰瘍的前10個(gè)突變率最大的位點(diǎn)大多集中在2401-2441位點(diǎn)之間;來自十二指腸潰瘍的前10個(gè)突變率最大的位點(diǎn)較為分散;來自胃癌的前10個(gè)突變率最大的位點(diǎn)大多非常集中在2896-2985位點(diǎn)之間。④在homb基因中,來自胃炎的前10個(gè)突變率最大的位點(diǎn)大多集中在2121-2138位點(diǎn)之間;來自胃潰瘍的前10個(gè)突變率最大的位點(diǎn)較為分散;來自十二指腸潰瘍的前10個(gè)突變率最大的位點(diǎn)大多集中在255-510位點(diǎn)之間;來自胃癌的前10個(gè)突變率最大的位點(diǎn)非常集中在247-510位點(diǎn)之間。結(jié)論:雖然聚類分析表明H.pylori外膜蛋白o(hù)ipA、babA、sabA及homB的基因多態(tài)性在4種不同臨床疾病和3種不同病理組織學(xué)改變中不存在明顯聚類關(guān)系,但每一基因的平均突變率和高風(fēng)險(xiǎn)突變位點(diǎn)在不同的疾病和不同的病理組織學(xué)改變中存在差異。提示oipA、babA、sabA及homB的基因多態(tài)性可能在H.pylori感染臨床轉(zhuǎn)歸的多樣性中起作用。
【關(guān)鍵詞】：H.pylori oipA babA sabA hom B 基因多態(tài)性
【學(xué)位授予單位】：南昌大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：R573
【目錄】：

• 摘要3-7
• ABSTRACT7-14
• 第1章 前言14-18
• 第2章 材料與方法18-24
• 2.1 材料18-19
• 2.1.1 菌株來源18
• 2.1.2 主要試劑18-19
• 2.1.3 主要儀器19
• 2.2 方法19-24
• 2.2.1 主要溶液的配制19-20
• 2.2.2 H.pylori的復(fù)蘇、培養(yǎng)與鑒定20
• 2.2.3 H.pylori基因組DNA的提取20-21
• 2.2.4 引物設(shè)計(jì)21
• 2.2.5 測(cè)序PCR反應(yīng)21-22
• 2.2.6 序列比對(duì)與分析22-24
• 第3章 結(jié)果24-45
• 3.1 測(cè)序PCR結(jié)果24-26
• 3.1.1 oipA測(cè)序PCR結(jié)果24
• 3.1.2 babA測(cè)序PCR結(jié)果24-25
• 3.1.3 sabA測(cè)序PCR結(jié)果25
• 3.1.4 homB測(cè)序PCR結(jié)果25-26
• 3.2 生物信息學(xué)分析結(jié)果26-45
• 3.2.1 多態(tài)性及聚類分析26-34
• 3.2.2 一致性序列分析結(jié)果34-36
• 3.2.3 平均突變率的分析36
• 3.2.4 序列位點(diǎn)突變頻率分析結(jié)果36-45
• 第4章 討論45-48
• 第5章 結(jié)論48-49
• 第6章 不足和展望49-50
• 致謝50-51
• 參考文獻(xiàn)51-55
• 綜述55-62
• 參考文獻(xiàn)59-62

【參考文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 Lino E Torres;Karelia Melián;Arlenis Moreno;Jordis Alonso;Carlos A Sabatier;Mayrín Hernández;Ludisleydis Bermúdez;Boris L Rodríguez;;Prevalence of vacA, cagA and babA2 genes in Cuban Helicobacter pylori isolates[J];World Journal of Gastroenterology;2009年02期

中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前2條

1 王可;幽門螺桿菌CagA、VacA及外膜蛋白HomA、HomB多態(tài)性與疾病的關(guān)系[D];南昌大學(xué);2014年

2 李冬宏;幽門螺桿菌sabA基因的克隆表達(dá)及江西地區(qū)幽門螺桿菌外膜蛋白的序列特征[D];南昌大學(xué);2012年

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本文編號(hào)：726182