目的探討運用手工裂解法和微生物試劑盒法對DNA提取的產(chǎn)率和純度的差異。分析自身免疫性肝病(AILD)各亞型肝組織中菌群豐度和多樣性的差異,并探究AILD患者及對照組肝組織是否存在特異性細菌,旨在為AILD發(fā)病機制的研究提供線索。方法納入2017年8月至2018年8月在天津醫(yī)科大學總醫(yī)院消化科就診的AILD患者,并無菌收取患者經(jīng)肝活組織穿刺檢查獲得的肝組織,進行肝臟菌群的16SrRNA基因測序分析。我們運用微生物試劑盒法,收集12例AILD患者(其中4例AIH,4例PBC,4例PBC-AIH OS)(以下簡稱OS)和4例肝囊腫患者(對照)的無菌肝穿刺組織標本。同時運用手工裂解法,收集18例AILD患者(10例AIH患者,8例OS患者)和2例肝囊腫患者(對照)的無菌肝組織標本。其中,有6個樣本同時運用了兩種方法進行16SrRNA基因測序,比較兩組方法對DNA提取濃度和純度的影響。進一步地,運用手工裂解法提取肝組織DNA進而比較AILD各組及正常對照肝臟菌群的豐度及多樣性的差異,基于線性判別分析效應量找出差異菌,Spearman相關(guān)性分析探討肝臟菌群與臨床指標的相關(guān)性,并對測得的16SrRN...

【文章頁數(shù)】：70 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
中文摘要
Abstract
縮略語/符號說明
前言
    研究現(xiàn)狀、成果
    研究目的、方法
一、手工裂解法及微生物試劑盒法提取DNA 的差異性分析
    1.1 研究對象和研究方法
        1.1.1 研究目的
        1.1.2 研究對象
        1.1.3 研究方法
            1.1.3.1 手工裂解法步驟
            1.1.3.2 微生物試劑盒法步驟
        1.1.4 統(tǒng)計方法
    1.2 結(jié)果
        1.2.1 手工裂解法和微生物試劑盒法對DNA提取濃度和純度的影響
        1.2.2 手工裂解法和微生物試劑盒法對OTU數(shù)量的影響
        1.2.3 手工裂解法和微生物試劑盒法對肝組織菌群豐度和多樣性的影響
        1.2.4 手工裂解法和微生物試劑盒法對不同分類水平上菌群結(jié)構(gòu)的影響
    1.3 討論
    1.4 小結(jié)
二、手工裂解法提取肝組織DNA的特異性細菌分析
    2.1 研究對象和研究方法
        2.1.1 研究目的
        2.1.2 研究對象
        2.1.3 研究方法
            2.1.3.1 微生物總DNA提取
            2.1.3.2 目標片段PCR擴增
            2.1.3.3 擴增產(chǎn)物回收純化
            2.1.3.4 擴增產(chǎn)物熒光定量
        2.1.4 統(tǒng)計方法
    2.2 結(jié)果
        2.2.1 AILD及對照組肝組織菌群豐度及多樣性分析
        2.2.2 AIH患者肝組織的菌群特異性分析
        2.2.3 OS患者肝組織的菌群特異性分析
        2.2.4 對照組肝組織的菌群特異性分析
    2.3 討論
    2.4 小結(jié)
三、肝臟菌群測序的差異菌與臨床指標的關(guān)系
    3.1 研究對象和研究方法
        3.1.1 研究目的
        3.1.2 研究對象
        3.1.3 研究方法
        3.1.4 統(tǒng)計方法
    3.2 結(jié)果
        3.2.1 冗余分析分析肝臟特異性細菌與臨床指標的關(guān)系
        3.2.2 屬水平上差異菌與給定臨床指標的相關(guān)性
        3.2.3 種水平上差異菌與給定臨床指標的相關(guān)性
        3.2.4 血脂水平與脂質(zhì)代謝子功能通路的相關(guān)性
    3.3 討論
    3.4 小結(jié)
四、肝臟菌群代謝功能的預測分析
    4.1 研究對象和研究方法
        4.1.1 研究目的
        4.1.2 研究對象
        4.1.3 研究方法
        4.1.4 統(tǒng)計學方法
    4.2 結(jié)果
        4.2.1 六種代謝通路上菌群代謝功能的組間差異性分析
        4.2.2 KEGG直系同源基因簇水平上菌群代謝功能的差異分析
    4.3 討論
    4.4 小結(jié)
結(jié)論
參考文獻
發(fā)表論文和參加科研情況說明
綜述 腸道微生態(tài)與自身免疫性肝病
    綜述參考文獻
致謝
個人簡歷



本文編號：3948436