目的:探討NLRP3(NLR family pyrin domain containing 3或Nod-like receptor protein 3)基因位點rs3806265、rs4612666和rs10754558單核苷酸多態(tài)性(SNP)與HP(Helicobacter pylori)感染、慢性胃炎、胃腺癌遺傳易感性的關(guān)系。方法:收集胃腺癌患者124例、慢性胃炎患者153例和健康體檢者119例,其中HP陽性106例、HP陰性162例。采用AxyPrep試劑盒法對各組全血樣本DNA提取,PCR擴增后,采用SNapshot測序技術(shù)對各組患者的NLRP3基因的3個SNP位點的等位基因和基因型進行檢測分析。采用SPSS23.0進行卡方檢驗分析各基因型和等位基因頻率在各組分布之間的差異。通過在線軟件SHEsis構(gòu)建NLRP3基因rs3806265、rs4612666和rs10754558三個SNP位點與HP感染、慢性胃炎和胃腺癌的遺傳易患性相關(guān)的單倍體。結(jié)果:rs3806265的C和T兩種堿基,在HP感染組與未感染組的比較中并未發(fā)現(xiàn)其等位基因頻率和基因型與HP感染的相關(guān)性(P0.05)。C和T兩種堿基在健康對照組的分布頻率分別為38.2%和61.8%;其在慢性胃炎組中的分布頻率分別為38.2%和61.8%;其在胃腺癌組中的分布頻率分別為39.1%和60.9%,三組間兩兩比較無統(tǒng)計差異(P0.05)。rs3806265三種基因型CC、CT和TT,在健康對照組和胃腺癌組中僅出現(xiàn)CT和TT兩種基因型。在健康對照組中,CT基因型分布頻率為76.5%,而TT基因型分布頻率為23.5%;胃腺癌組中,CT基因型分布頻率為78.2%,而TT基因型分布頻率為21.8%。而在慢性胃炎組中,CC基因型分布頻率為5.2%(僅發(fā)現(xiàn)于慢性胃炎組,且全部為HP陽性),CT基因型分布頻率為66.0%,而TT基因型分布頻率則為28.8%。胃腺癌組與健康對照組相比基因型分布頻率無統(tǒng)計學差異(P0.05)。但慢性胃炎組與其余兩組相比,基因型頻率分布有統(tǒng)計學差異(P0.05)。rs4612666存在C和T兩種堿基,在HP感染組與未感染組的比較中并未發(fā)現(xiàn)其等位基因頻率和基因型與HP感染的相關(guān)性(P0.05)。C和T兩種堿基在健康對照組的分布頻率分別為50.0%和50.0%;其在慢性胃炎組中的分布頻率分別為55.2%和44.8%;其在胃腺癌組中的分布頻率分別為39.1%和60.9%。慢性胃炎組與健康對照組的等位基因頻率比較無統(tǒng)計差異(P0.05)。胃腺癌組與健康對照組和慢性胃炎組比較,等位基因頻率存在統(tǒng)計學差異(P0.05)。三種基因型CT、TT和CC,在健康對照組中,CT基因型分布頻率為28.6%,TT基因型分布頻率為42.9%,而CC基因型分布頻率為28.6%;在慢性胃炎組中,CT基因型分布頻率為34.0%,TT基因型分布頻率為42.5%,而CC基因型分布頻率則為23.5%;胃腺癌組中,CT基因型分布頻率為26.6%,TT基因型分布頻率為51.6%,而CC基因型分布頻率為21.8%。三組間NLRP3基因位點rs4612666基因型兩兩比較未出現(xiàn)統(tǒng)計學差異(P0.05)。rs10754558存在C和G兩種堿基,在HP感染組與未感染組的比較中并未發(fā)現(xiàn)其等位基因頻率和基因型與HP感染的相關(guān)性(P0.05)。C和G兩種堿基在健康對照組的分布頻率分別為65.1%和34.9%;在慢性胃炎組中的分布頻率分別為61.4%和38.6%;在胃腺癌組中的分布頻率分別為64.5%和35.5%。三個研究組的NLRP3基因位點rs10754558等位基因頻率構(gòu)成比組間比較無統(tǒng)計學差異(P0.05)。該位點存在CC、CG和GG三種基因型。在健康對照組中,CC基因型分布頻率為43.7%,CG基因型分布頻率為42.9%,而GG基因型分布頻率為13.4%;在慢性胃炎組中,CC基因型分布頻率為41.2%,CG基因型分布頻率為40.5%,而GG基因型分布頻率則為18.3%;胃腺癌組中,CC基因型分布頻率為42.7%,CG基因型分布頻率為43.5%,而GG基因型分布頻率為13.7%。三個研究組的NLRP3基因位點rs10754558基因型CC、CG、GG構(gòu)成比組間比較亦無統(tǒng)計學差異(P0.05)。NLRP3基因三個SNP位點rs3806265、rs4612666和rs10754558構(gòu)建的單倍體與慢性胃炎和胃腺癌的遺傳易感性無關(guān);單倍體TCC、TTG可能是HP感染低風險單倍型(OR值分別為0.580[0.389~0.865]、0.034[0.003~0.374]),而TCG則是HP感染的高風險單倍型(OR值1.551[1.020~2.357])。結(jié)論:NLRP3基因三個SNP位點rs3806265、rs4612666和rs10754558構(gòu)建的單倍體TCC、TTG可能是HP感染低風險單倍型,而TCG則可能是HP感染的高風險單倍型。rs3806265、rs4612666和rs10754558等位基因頻率與HP感染、慢性胃炎遺傳易患性無關(guān)。rs4612666和rs10754558基因型與HP感染、慢性胃炎遺傳易患性無關(guān)。NLRP3基因位點rs3806265基因型CC只出現(xiàn)在慢性胃炎中,提示該基因型屬于慢性胃炎的易患因素。rs3806265和rs10754558等位基因頻率與胃腺癌遺傳易患性無關(guān)。rs4612666等位基因頻率與胃腺癌的遺傳易感性相關(guān),野生型堿基T頻率較高更易患胃腺癌。rs3806265、rs4612666和rs10754558基因型與胃腺癌的遺傳易患性無關(guān)。
【學位單位】：廣西醫(yī)科大學
【學位級別】：碩士
【學位年份】：2019
【中圖分類】：R573.3;R735.2
【部分圖文】：

P3 基因位點 rs3806265、rs4612666 和 rs10754558DNA 擴增起：M 泳道為 DNA marker，1-8 泳道為 1-8 號樣本擴增產(chǎn)擴增電泳條帶從上至下為 rs4612666、rs3806265 和 rs10754ctrophoresis results of NLRP3 locus rs3806265, rs4612666 and rcts (from left: M lane is DNAmarker, lanes 1-8 are sample amplplification electrophoresis bands were rs4612666, rs3806265 andto bottom. rs3806265 擴增產(chǎn)物進行 snapshot 測序的結(jié)

2-2 NLRP3 位點 rs3806265 堿基擴增測序峰圖，C 堿基在 52.5bp 位置處出現(xiàn)黑色標志的峰圖堿基在 54.1bp 處出現(xiàn)紅色峰圖。Figure 2-2 NLRP3 locus rs3806265 base amplification sequencing peak map, the C base appears at th52.5 bp position of the black marker peak map, the T base appears at 54.1 bp red peak map.

2-3 NLRP3 位點 rs4612666 堿基擴增測序峰圖，G 堿基在 52.0 位置處出現(xiàn)藍色標志的峰圖，堿基在 52.6 處出現(xiàn)綠色峰圖。igure 2-3 NLRP3 locus rs4612666 base amplification sequencing peak map, G base at the 52.0 positiothe blue marker peak map,Abase at 52.6 green peak map..3 NLRP3 位點 rs10754558 擴增產(chǎn)物進行 snapshot 測序的結(jié)果，如圖 2-

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本文編號：2815611