【摘要】：戊型肝炎病毒(Hepatitis E Virus, HEV)是戊型肝炎(以下簡稱“戊肝”)的病原體,主要通過糞-口途徑傳播,在人群中可引起散發(fā)、暴發(fā)和流行。哺乳動(dòng)物HEV至少可分為4種基因型,即基因1型、2型、3型和4型HEV(以下分別簡稱HEV-1、HEV-2、HEV-3和HEV-4)。HEV-1和HEV-2僅見于人,HEV-3和HEV-4為人畜共患型,可感染人、豬、鹿、貓鼬等,其中豬是其主要的動(dòng)物宿主。 我國是戊肝的高發(fā)地區(qū),1986年～1988年,在我國新疆地區(qū)曾發(fā)生戊肝的大暴發(fā),共發(fā)病119280例,罹患率2.96%。近年來,我國雖再無戊肝的大規(guī)模暴發(fā)和流行,但根據(jù)全國法定傳染病報(bào)告結(jié)果,戊肝病例數(shù)呈逐年上升趨勢。戊肝已經(jīng)成為一個(gè)重要的公共衛(wèi)生問題。 為了解我國華東和華南地區(qū)人和豬群中HEV的三間分布、基因型和分子進(jìn)化特征,本研究以華東地區(qū)(上海市、浙江省德清縣、安徽省安慶市、江蘇省海門市)和華南地區(qū)(廣西省南寧市)為研究現(xiàn)場,收集2005年～2009年共357份散發(fā)性戊肝患者血清、252份商品豬糞便和3000份商品豬膽汁標(biāo)本。所有樣本均采用巢氏逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction, RT-PCR)方法檢測HEV開放式閱讀框架(Opening Reading Frame, ORF)1區(qū)域內(nèi)RNA依賴的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase, RDRp) 821nt序列。雙向測序后進(jìn)行比對(duì),并計(jì)算不同宿主和地區(qū)間核苷酸序列同源性。使用最大似然法構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹,分析人與豬群中HEV基因型和系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系。結(jié)合本研究獲得的303條HEV序列和GenBank中下載的134條參考HEV序列,分析HEV的特異性突變位點(diǎn)、進(jìn)化壓力、分子進(jìn)化率、進(jìn)化時(shí)間和遷移事件等進(jìn)化特征。 散發(fā)性戊肝患者中,男性居多,男女性別比為2.10：1,平均年齡為(49.2±15.9)歲;發(fā)病呈季節(jié)性,多數(shù)位于2月～4月。在上海、浙江、安徽、江蘇和廣西患者中,HEV分離率分別為48.09%、43.48%、46.59%、77.11%和28.13%,地區(qū)間分離率不完全相同(X2=30.77,v=4,P0.001)。人樣本HEV序列與HEV-1～4參考序列的核苷酸同源性分別為66.54%～70.49%、63.50%～67.65%、69.45%～72.74%和83.68%～85.63%。人樣本HEV株均屬于基因HEV-4。上海、浙江、安徽、江蘇和廣西商品豬群中,HEV分離率分別為5.00%、2.44%、4.00%、6.40%和1.50%,地區(qū)間分離率不完全相同(X2=19.18,v=4,P=0.001)。商品豬HEV的分離率未觀察到有季節(jié)性差異。豬樣本HEV序列與HEV-1～4參考序列的核苷酸同源性分別為66.47%～70.42%、63.74%～67.87%、69.69%～72.96%和83.55%～85.52%。豬樣本HEV株中,除2株(江蘇株pCN08Jiangsu32和浙江株pCN06Zhejiang7)為HEV-3外,其余HEV株均為HEV-4。人、豬HEV核苷酸替換模式均以TIM2+G模型擬合最優(yōu),Gamma分布的形狀參數(shù)α分別為0.1550和0.1670。 上海、浙江、安徽、江蘇和廣西同地區(qū)人樣本HEV序列的核苷酸同源性分別為84.61%、91.23%、86.83%、88.56%和94.38%,除浙江和廣西外,同地區(qū)內(nèi)的HEV序列核苷酸同源性不一定比地區(qū)間的核苷酸同源性高,提示廣西和浙江人HEV有地區(qū)聚集性。上海、浙江、安徽、江蘇和廣西同地區(qū)內(nèi)豬樣本HEV序列的核苷酸同源性分別為88.48%、83.83%、87.43%、89.12%和90.84%,除廣西外,同地區(qū)內(nèi)的HEV序列核苷酸同源性不一定比地區(qū)間的核苷酸同源性高,提示廣西豬HEV有地區(qū)聚集性。人和豬兩物種HEV組內(nèi)的的核苷酸同源性不比組間的核苷酸同源性高,說明人、豬兩物種HEV親緣關(guān)系很近,可能并無物種聚集現(xiàn)象。系統(tǒng)進(jìn)化樹結(jié)果顯示,華南地區(qū)廣西HEV株有聚集趨勢,而華東各地區(qū)HEV株參差分布于各進(jìn)化分支上,無明顯的地區(qū)聚集趨勢；人和豬HEV錯(cuò)落分布,無明顯物種聚集現(xiàn)象。以上結(jié)果提示：上述華東和華南5市(縣)中,廣西HEV株有地區(qū)聚集趨勢,而華東地區(qū)HEV株無明顯的地區(qū)聚集趨勢,且各地區(qū)人、豬HEV無物種聚集趨勢,HEV在兩物種間有跨物種傳播的可能。 本研究發(fā)現(xiàn)HEV RDRp 821nt序列不同密碼子位點(diǎn)的突變率有所差別,第三密碼子的突變率最高,同義密碼子在使用過程中存在密碼子使用偏倚。在RDRp 821nt區(qū)域,HEV-3、HEV-4點(diǎn)突變模式和高頻突變位置基本一致,但兩者在516-618nt區(qū)域的突變具有基因型特異性；人畜共患的HEV-3～4在進(jìn)化過程中主要受中性選擇的作用。HEV分子進(jìn)化速率約為(2.07～4.66)×10-3/位點(diǎn)/年。HEV-1、HEV-3和HEV-4各自的型內(nèi)進(jìn)化分歧時(shí)間分別為1958年、1921年和1933年；納入分析的HEV株的最近共同祖先出現(xiàn)的時(shí)間(Time to the most recent common ancestor, tMRCA)可追溯到1860年。根據(jù)華東地區(qū)人樣本HEV株的系統(tǒng)進(jìn)化特征,該研究發(fā)現(xiàn)了6組遷移事件：安徽→江蘇,江蘇→安徽,江蘇→上海,上�！K,上�！憬蜕虾！不�。
【圖文】：

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本文編號(hào)：2690614