【摘要】：背景和目的:原發(fā)性膽汁性膽管炎(primary biliary cholangitis,PBC)是一種慢性進(jìn)行性膽汁淤積性自身免疫性肝病,以肝內(nèi)小膽管病變?yōu)橹?可進(jìn)展為肝硬化和肝衰竭。PBC的確切病因未明,可能和遺傳易感性以及環(huán)境因素有關(guān)。近年來在PBC的病因和發(fā)病機(jī)制方面已經(jīng)有了很多進(jìn)步,有針對PBC遺傳易感性方面的研究:如應(yīng)用候選基因法發(fā)現(xiàn)許多與PBC有關(guān)的重要易感SNPs(single nucleotide polymorphism);關(guān)于PBC和HLA(human leukocyte antigen)單倍體相關(guān)性的研究;GWASs(Genome-wide association study,全基因組關(guān)聯(lián)分析)研究試圖闡明PBC患者的基因易感性;表觀遺傳學(xué)研究。但是針對本病在基因和免疫異常發(fā)面仍有很多未知,有待深入研究。抗線粒體抗體是本病特異的血清學(xué)標(biāo)志物,存在于95%PBC患者,但是1%的健康成人也可出現(xiàn)該抗體,此外,小部分PBC患者抗線粒體抗體陰性,發(fā)現(xiàn)新的免疫學(xué)標(biāo)志物對抗線粒體抗體陰性的PBC患者具有重要作用。PBC治療藥物主要是熊去氧膽酸,盡管應(yīng)用熊去氧膽酸可以明顯改善PBC的預(yù)后,但是仍有約40%PBC患者對熊去氧膽酸的治療反應(yīng)欠佳,疾病進(jìn)展風(fēng)險大。因此發(fā)現(xiàn)針對特定免疫效應(yīng)機(jī)制的新藥物有很大的前景和需要。本研究旨在應(yīng)用高通量測序技術(shù)RNA-seq對原發(fā)性膽汁性膽管炎患者外周血單個核細(xì)胞(PBMC)和肝組織標(biāo)本分別進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究,建立轉(zhuǎn)錄組表達(dá)譜,篩選差異表達(dá)基因,以期為尋找參與PBC發(fā)病的關(guān)鍵分子和治療的新靶點(diǎn)提供基礎(chǔ)研究。方法:收集5個PBC患者的PBMC和肝組織標(biāo)本,1個PBC患者的肝組織標(biāo)本,8個性別年齡嚴(yán)格匹配的健康人群的PBMC作為對照,2個正常肝組織標(biāo)本(因其它肝臟疾病行肝臟手術(shù))作為對照。對上述標(biāo)本提取RNA(其中1個PBC肝組織標(biāo)本提取的RNA不合格),進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組高通量測序,對測序結(jié)果進(jìn)行信息學(xué)分析,mRNA測序分析:篩選差異表達(dá)基因,對差異表達(dá)基因進(jìn)行GO功能注釋和KEGG生物通路分析,差異表達(dá)基因蛋白互作網(wǎng)絡(luò)分析,篩選差異可變剪接基因,檢測融合基因;lncRNA(long non-coding RNA,長鏈非編碼RNA)測序分析:篩選差異表達(dá)lncRNA,差異表達(dá)lncRNA與mRNA共表達(dá)分析。結(jié)果:mRNA高通量測序分析:PBC組和對照組PBMC轉(zhuǎn)錄組深度測序發(fā)現(xiàn)6個差異表達(dá)基因,其中2個為上調(diào)差異表達(dá)基因,4個為下調(diào)差異表達(dá)基因;差異表達(dá)基因GO功能富集分析發(fā)現(xiàn)沒有顯著富集的GO功能條目;差異表達(dá)基因KEGG生物通路富集分析發(fā)現(xiàn)差異表達(dá)基因顯著富集到3條信號通路上(q0.05):同源重組,蛋白酶體,非洲錐蟲病。PBC組和對照組肝組織轉(zhuǎn)錄組深度測序發(fā)現(xiàn)差異表達(dá)基因有52個,其中上調(diào)差異表達(dá)基因43個,下調(diào)差異表達(dá)基因9個;PBC組和對照組肝組織差異表達(dá)基因GO功能顯著富集在(q0.05):(1)細(xì)胞組分:核染色體端粒區(qū)、核小體、DNA包裝復(fù)合體、染色體端粒區(qū)、蛋白-DNA復(fù)合體、染色體區(qū),(2)分子功能:組蛋白結(jié)合,(3)生物學(xué)過程:造血祖細(xì)胞分化的負(fù)性調(diào)節(jié)、DNA復(fù)制依賴的核小體組裝、DNA復(fù)制依賴的核小體組織等;差異表達(dá)基因KEGG生物通路富集分析發(fā)現(xiàn)差異表達(dá)基因顯著富集到:系統(tǒng)性紅斑狼瘡,酒精中毒,病毒致癌,Notch信號通路,氰基氨基酸代謝,牛磺酸和亞�；撬岽x,硫辛酸代謝(q0.05)。在PBC組和對照組肝組織差異表達(dá)基因蛋白互作網(wǎng)絡(luò)圖中,HIST1H4C是構(gòu)成這個差異表達(dá)基因蛋白互作網(wǎng)絡(luò)的核心,連通度最高,其次為H2AFY、ZNF79、TCEA2、HIST3H3;對連通度最高的3個基因進(jìn)行KEGG信號通路富集性分析,發(fā)現(xiàn)主要富集到:系統(tǒng)性紅斑狼瘡信號通路,酒精中毒信號通路(q0.05)。PBC組和對照組PBMC各種類型差異可變剪接基因檢測結(jié)果如下:(1)A3SS:9個;(2)A5SS:6個;(3)MXE:6個;(4)RI:5個;(6)SE:193個。PBC組和對照組肝組織各種類型差異可變剪接基因檢測結(jié)果如下:(1)A3SS:3個;(2)A5SS:3個;(3)MXE:0個;(4)RI:5個;(5)SE:18個。lncRNA高通量測序分析:PBC組和對照組PBMC差異表達(dá)lncRNA有270個,其中68個上調(diào)表達(dá),202個下調(diào)表達(dá);PBC組和對照組肝組織差異表達(dá)lncRNA有1013個,其中442個上調(diào)表達(dá),571個下調(diào)表達(dá)。PBC組和對照組PBMC差異表達(dá)lncRNA與mRNA共表達(dá)分析顯示NONHSAG021923.2與HBA2存在共表達(dá);PBC組和對照組肝組織差異表達(dá)lncRNA與mRNA共表達(dá)分析顯示存在較多的差異表達(dá)lncRNA與mRNA共表達(dá),其中連接度最高的5個差異表達(dá)mRNA依次是HIST1H4C、RBPJL、PSMA6、OVCA2、CEBPD。結(jié)論:通過對PBC組和對照組的PBMC和肝組織進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組學(xué)高通量測序,本研究初步建立了PBC在PBMC和肝組織上的轉(zhuǎn)錄組表達(dá)譜;篩選PBC組和對照組之間PBMC和肝組織轉(zhuǎn)錄組的差異表達(dá)mRNA、差異可變剪接基因和差異表達(dá)lncRNA;差異表達(dá)基因在KEGG生物通路上有顯著富集,部分通路已被其它研究發(fā)現(xiàn)可能參與肝病的發(fā)病;為深入探討差異表達(dá)基因、差異可變剪接基因和差異表達(dá)lncRNA在PBC發(fā)病中的作用和作為治療新靶點(diǎn)的可能性提供轉(zhuǎn)錄組學(xué)基礎(chǔ)。
【圖文】：

這些分泌性抗體保留了抑制 PDC 酶功能的作用。約 90%PBC 患者可檢測到針對 OGDC E2 成分的抗體，50%PBC 患者可檢測到針對 BCOADC E2 成分的抗體[6, 109, 113]。所有復(fù)合體的 E2 成分，和 PDC 的 E3BP 成分折疊成數(shù)個不同的亞基，，由富含丙氨酸和脯氨酸的松散多肽區(qū)域連接，這種松散性對于復(fù)合體的催化功能是必須的。E2 和 E3BP 均有核心區(qū)域，負(fù)責(zé)與其它 E2/E3BP 多肽結(jié)合。

1.2 PBC 患者中免疫介導(dǎo)的 BEC 損傷模型。模型中導(dǎo)致 BEC 是細(xì)胞毒性 T 細(xì)胞誘導(dǎo)的凋亡。潛在的促凋亡信號包括 Fas-e B.細(xì)胞毒性 T 細(xì)胞的活化由 APC 誘導(dǎo)[160]。圖 1.3 引起 PBC 膽管損傷的因素[69]C 的臨床特點(diǎn)和自身免疫性抗體的檢測易感性 環(huán)境因素 免疫耐受被打破膽管高危等位（MHC，IL12RB2），疫（IgM 高應(yīng)性）細(xì)菌模擬，有害化學(xué)物質(zhì)有缺陷的調(diào)節(jié)性T 細(xì)胞，AMAs，CD4/CD8T 細(xì)胞對PDC-E2 出現(xiàn)自身免疫反應(yīng)免疫反凋亡AMAs，細(xì)
【學(xué)位授予單位】：吉林大學(xué)
【學(xué)位級別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2019
【分類號】：R575.7

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本文編號：2634924