本文選題：乙肝病毒　切入點(diǎn)：感染　出處：《浙江大學(xué)》2017年博士論文　論文類型：學(xué)位論文

【摘要】：乙肝病毒(Hepatitis B virus,HBV)感染是一種嚴(yán)重影響人類健康的疾病。據(jù)估計(jì),全世界目前約有2.4億HBV感染者。雙生子研究發(fā)現(xiàn),宿主的遺傳組成是影響乙肝相關(guān)性肝病的重要因素之一。最近,全基因組關(guān)聯(lián)性研究(Genome-wide association study,GWAS)報(bào)道了STAT 基因多態(tài)性與乙肝感染及其相關(guān)性肝癌顯著關(guān)聯(lián),在功能上該基因參與了機(jī)體的免疫反應(yīng)過(guò)程,揭示STAT4是乙肝相關(guān)性疾病的一個(gè)候選基因。在本論文的第一部分內(nèi)容,我們探討了在中國(guó)漢族人群中STAT4基因多態(tài)性與乙肝相關(guān)性肝病的關(guān)聯(lián)性。我們首先基于HapMap數(shù)據(jù)庫(kù)挑選出位于STAT4上的13個(gè)SNP位點(diǎn),并在3033個(gè)個(gè)體中對(duì)它們進(jìn)行基因分型。我們發(fā)現(xiàn)rs7574865位點(diǎn)與乙肝病毒感染(OR= 1.15,95%CI = 1.00-1.31,P=0.046),以及病毒清除顯著關(guān)聯(lián)(OR= 1.17,95%CI= 1.02-1.33,P=0.028)。為了增加該結(jié)論的可靠性,我們從數(shù)據(jù)庫(kù)上發(fā)表的文章中分別收集了 8944個(gè)慢性乙肝病毒感染者(Chronic hepatitis B virus infection,CHBVI)患者,8451 個(gè)健康人群和2081個(gè)病毒清除者進(jìn)行Meta分析,同樣發(fā)現(xiàn)rs7574865位點(diǎn)和HBV感染(固定效應(yīng)模型和隨機(jī)效應(yīng)模型下:pooled OR =1.14,pooled P = 3.8 ×10-5)與病毒清除(固定效應(yīng)模型下:pooled OR = 1.20,pooled P=0.002;隨機(jī)效應(yīng)模型下:pooled OR =1.25,pooled P = 0.044)有著顯著的關(guān)聯(lián)關(guān)系。進(jìn)一步的單倍型分析發(fā)現(xiàn),由 rs8179673,rs7574865,rs4274624,rs11889341 和 rs10168266 組成的單倍型CTCTT,不僅與 HBV 感染顯著關(guān)聯(lián)(OR = 0.87,95%CI = 0.76-0.99,P = 0.022),而且還與病毒清除有明顯相關(guān)(OR = 0.86,95%CI = 0.75-0.99,P= 0.018)。利用生物信息學(xué)方法對(duì)這個(gè)單倍型內(nèi)的SNP位點(diǎn)進(jìn)行功能預(yù)測(cè),發(fā)現(xiàn)它們均可能與STAT4基因表達(dá)調(diào)節(jié)有關(guān),但這需要進(jìn)一步的功能驗(yàn)證。綜上,我們的研究首次證明了在中國(guó)漢族人群中STAT4不僅與HBV感染相關(guān),而且還與感染后病毒的清除也顯著關(guān)聯(lián)。然而,通過(guò)GWAS發(fā)現(xiàn)的SNP位點(diǎn),到目前為止也只能解釋疾病遺傳的一小部分,提示還有許多與疾病相關(guān)的基因有待進(jìn)一步發(fā)現(xiàn)。在本論文的第二部分,我們采用了新的研究策略來(lái)尋找與HBV感染相關(guān)的易感位點(diǎn)。我們首先在300對(duì)同胞對(duì)和3087個(gè)病例-對(duì)照人群樣本中進(jìn)行遺傳關(guān)聯(lián)性研究,發(fā)現(xiàn)了位于31個(gè)基因上的36個(gè)SNP位點(diǎn)在兩個(gè)樣本人群中均名義上與HBV感染相關(guān),且方向一致。對(duì)于這些基因,我們挑選SEC24D作為候選基因進(jìn)一步研究,主要原因?yàn)?第一,來(lái)自乙肝病毒感染的原代肝細(xì)胞表達(dá)譜分析發(fā)現(xiàn),SEC24D表達(dá)水平隨著病毒感染時(shí)間的推移而不斷升高(P=4.0×10-4);第二,SEC24D基因多態(tài)性位點(diǎn)rs76459466顯著與乙肝病毒感染風(fēng)險(xiǎn)呈負(fù)相關(guān)(ORmeta = 0.82,Pmeta= 2.0 ×10-3);遺傳關(guān)聯(lián)分析結(jié)果和表達(dá)數(shù)據(jù)提示我們SEC24D可能是與HBV感染相關(guān)的一個(gè)潛在易感基因。基于此,我們?cè)O(shè)計(jì)了體外實(shí)驗(yàn)從細(xì)胞學(xué)上探討該基因與HBV感染的相關(guān)性。結(jié)果發(fā)現(xiàn),當(dāng)SEC24D表達(dá)水平升高時(shí),HBV感染相關(guān)標(biāo)記物顯著下降;而當(dāng)抑制該基因的表達(dá)水平時(shí),HBV感染相關(guān)標(biāo)記物顯著升高;提示SEC24D基因起到抵抗乙肝病毒復(fù)制的作用。另外,在土撥鼠動(dòng)物模型中,我們發(fā)現(xiàn)在病毒感染組中,肝細(xì)胞SEC24D基因表達(dá)水平顯著低于非感染組(P=2.0 × 10-3),支持了上述細(xì)胞學(xué)研究的結(jié)果。綜上所述,我們認(rèn)為SEC24D是新的與HBV感染相關(guān)的一個(gè)潛在易感基因�？偠灾�,我們不但首次在中國(guó)漢族人群中驗(yàn)證了 STAT4基因多態(tài)性與HBV感染顯著相關(guān),而且還發(fā)現(xiàn)其與病毒清除也存在明顯關(guān)聯(lián)。此外,我們還利用新的遺傳研究手段,采用整合功能基因組學(xué)的方法發(fā)現(xiàn)了新的與HBV感染相關(guān)的基因SEC24D。但是,這些發(fā)現(xiàn)還需要進(jìn)一步功能學(xué)實(shí)驗(yàn),以深入其內(nèi)在機(jī)制。
[Abstract]:Hepatitis B virus (Hepatitis B, virus, HBV) infection is a serious disease affecting human health. It is estimated that the world currently has about 240 million people infected with HBV. The twin study found that host genetic composition is one of the important factors affecting the liver. Recently, whole genome association studies (Genome-wide association study, GWAS) reported that the STAT gene polymorphism and hepatitis B infection and associated hepatocellular carcinoma was significantly associated in function, the genes involved in the immune response of the organism, reveals that STAT4 is a candidate for the base of hepatitis B related diseases. In the first part of this thesis, we investigate the China in Han population STAT4 gene polymorphism and the liver Association. We firstly based on HapMap from a database of 13 SNP sites located in STAT4, which 3033 individuals were genotyped. They found the site of rs7574865 and hepatitis B virus infection (OR= 1.15,95%CI = 1.00-1.31, P=0.046), and viral clearance was significantly associated (OR= 1.17,95%CI= 1.02-1.33, P=0.028). In order to increase the reliability of the conclusion, we published from database articles were collected from 8944 patients with chronic hepatitis B virus infection (Chronic hepatitis B virus infection, CHBVI) patients, 8451 healthy people and 2081 virus clearance were analyzed by Meta, rs7574865 and HBV also found that the sites of infection (fixed effect model and random effect model: pooled OR = 1.14, pooled = 3.8 * 10-5 P) with viral clearance (fixed effect model: pooled OR = 1.20, pooled P=0.002; random effects model: pooled OR =1.25 pooled, P = 0.044) have a significant relationship. Further haplotype analysis identified by rs8179673, rs7574865, rs4274624, rs11889341 and rs1016826 6 haplotype CTCTT, not only significantly associated with HBV infection (OR = 0.87,95%CI = 0.76-0.99, P = 0.022), but also with viral clearance was significantly correlated (OR = 0.86,95%CI = 0.75-0.99, P= 0.018). Using bioinformatics methods of this haplotype within the SNP locus was predicted, and found that they are likely to STAT4 gene expression regulation, but it needs further verification. In summary, our study has demonstrated that STAT4 is not only associated with HBV infection in China Han population, but also clear and virus infection was significantly associated. However, SNP loci detected by GWAS, so far only explain a small fraction of there are many genetic diseases, suggesting that genes associated with disease remains to be found. In the second part of this paper, we adopted a new strategy to find related to HBV infection and a susceptible We first point. In 300 sib pairs and 3087 case-control genetic association studies of population samples, found in the 36 SNP loci of 31 genes in a sample of two people were nominally associated with HBV infection, and the same direction. For these genes, we choose SEC24D as a further study the candidate gene, main reasons: first, primary hepatocyte expression analysis found that hepatitis B virus infection, the expression level of SEC24D increased continuously with the infection time (P=4.0 * 10-4); second, SEC24D gene polymorphism sites were rs76459466 and hepatitis B virus infection was inversely related to the risk (ORmeta = 0.82. Pmeta= 2 x 10-3); genetic correlation analysis results and expression data indicates that SEC24D may be related to HBV infection and a potential susceptible gene. Based on this, we designed in vitro cytological study The correlation between the gene and HBV infection. The results showed that the expression level of SEC24D, HBV infection markers decreased significantly; while inhibiting the expression level of the gene, HBV infection markers were significantly increased; suggesting that the SEC24D gene plays a role in the resistance of hepatitis B virus replication. In addition, the woodchuck animal model we found that, in the virus infection group, the liver cells SEC24D gene expression level was significantly lower than the non infection group (P=2.0 * 10-3), support the cytological results. In summary, we believe that the new SEC24D is related to HBV infection and a potential susceptible gene. In short, we not only for the first time in China Han population verify the STAT4 gene polymorphism is significantly correlated with HBV infection, but also found that there are obvious correlation with viral clearance. In addition, we also use genetic research a new method, using the integration function Genomics approaches the discovery of a new gene SEC24D. associated with HBV infection, but these findings also require further functional experiments in order to penetrate into the internal mechanism.

【學(xué)位授予單位】：浙江大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2017
【分類號(hào)】：R512.62

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本文編號(hào)：1625951